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- PDB-8zbb: Cryo-EM structure of outward state Anhydromuropeptide permease (A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zbb
タイトルCryo-EM structure of outward state Anhydromuropeptide permease (AmpG) G50W/L269W
要素
  • Muropeptide transporter,Soluble cytochrome b562
  • anti-BRIL Fab Heavy chain
  • anti-BRIL Fab Light chain
  • anti-BRIL Fab Nanobody
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / transporter / ampg / cryo-em / permease
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
AmpG-like permease/Acetyl-coenzyme A transporter 1 / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anhydromuropeptide permease / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Yokenella regensburgei (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Yoo, Y. / Chang, N. / Kim, U. / Kim, H. / Cho, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural and functional insights of AmpG in muropeptide transport and multiple β-lactam antibiotics resistance.
著者: Nienping Chang / Hoyoung Kim / Uijin Kim / Yongju Cho / Youngki Yoo / Hyunsook Lee / Ji Won Kim / Min Sung Kim / Jaeho Lee / Young-Lag Cho / Kitae Kim / Dongeun Yong / Hyun-Soo Cho /
要旨: Anhydromuropeptide permease (AmpG) is a transporter protein located in the inner membrane of certain gram -negative bacteria, involved in peptidoglycan (PG) recycling and β-lactamase induction. ...Anhydromuropeptide permease (AmpG) is a transporter protein located in the inner membrane of certain gram -negative bacteria, involved in peptidoglycan (PG) recycling and β-lactamase induction. Decreased AmpG function reduces resistance of antibiotic-resistant bacteria to β-lactam antibiotics. Therefore, AmpG-targeting inhibitors are promising 'antibiotic adjuvants'. However, as the tertiary structure of AmpG has not yet been identified, the development of targeted inhibitors remains challenging. We present four cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures: the apo-inward and apo-outward state structures and the inward-occluded and outward states complexed with the substrate GlcNAc-1,6-anhMurNAc. Through functional analysis and molecular dynamics (MD) simulations, we identified motif A, which stabilizes the outward state, substrate-binding pocket, and protonation-related residues. Based on the structure of AmpG and our experimental results, we propose a muropeptide transport mechanism for AmpG. A deeper understanding of its structure and transport mechanism provides a foundation for the development of antibiotic adjuvants.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年6月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / em_entity_assembly / em_entity_assembly_molwt / em_entity_assembly_naturalsource / em_image_recording / em_imaging / em_single_particle_entity / em_software / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / space_group / space_group_symop / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
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解説: Model completeness
詳細: An additional chain was modeled into previously unoccupied map density, based on reviewer request, to improve model completeness.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 1.12025年6月11日Data content type: EM metadata
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data collection / Data processing ...Data collection / Data processing / Database references / Experimental summary / Other / Source and taxonomy / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: em_admin / em_entity_assembly ...em_admin / em_entity_assembly / em_entity_assembly_molwt / em_entity_assembly_naturalsource / em_image_recording / em_imaging / em_single_particle_entity / em_software / entity / entity_poly / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list ..._em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list / _em_entity_assembly.name / _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image / _em_imaging.microscope_model / _em_imaging.nominal_defocus_min / _em_software.category / _em_software.image_processing_id / _em_software.imaging_id / _em_software.name / _em_software.version
改定 2.12025年7月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muropeptide transporter,Soluble cytochrome b562
H: anti-BRIL Fab Heavy chain
K: anti-BRIL Fab Nanobody
L: anti-BRIL Fab Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,0454
ポリマ－124,0454
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Muropeptide transporter,Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 63770.863 Da / 分子数: 1 / 変異: G50W/L269W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yokenella regensburgei (バクテリア), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ampG, NCTC11967_01129, cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AB38FS76, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 anti-BRIL Fab Heavy chain


分子量: 23904.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体 anti-BRIL Fab Nanobody


分子量: 13159.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 抗体 anti-BRIL Fab Light chain


分子量: 23209.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AmpG(G50W/L269W)_BRIL_Fab_nanobody complex(Apo) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 124.8 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Yokenella regensburgei (バクテリア)158877
21Homo sapiens (ヒト)9606
31synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 11 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 236303 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.11 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0048925
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66112144
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.7771224
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421386
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051523

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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