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万見
- PDB-8z9k: Crystal structure of LINE-1 ribozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z9k
タイトルCrystal structure of LINE-1 ribozyme
要素RNA (41-MER)
キーワードRNA / ribozyme / LINE-1
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Ren, Y. / Huang, L. / Lin, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171191 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: A general strategy for engineering GU base pairs to facilitate RNA crystallization.
著者: Ren, Y. / Lin, X. / Liao, W. / Peng, X. / Deng, J. / Zhang, Z. / Zhan, J. / Zhou, Y. / Westhof, E. / Lilley, D.M.J. / Wang, J. / Huang, L.
履歴
登録2024年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (41-MER)
B: RNA (41-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6277
ポリマ－26,5122
非ポリマー1155
水724
1
A: RNA (41-MER)
B: RNA (41-MER)
ヘテロ分子

A: RNA (41-MER)
B: RNA (41-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,25414
ポリマ－53,0244
非ポリマー23010
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area5630 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area26640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.247, 93.247, 262.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: RNA鎖 RNA (41-MER)


分子量: 13256.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo (哺乳類)
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.02 M Calcium Chloride dihydrate 0.1 M Sodium Acetate trihydrate pH 4.6 30% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.86→80.75 Å / Num. obs: 6885 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 18 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 3.86→4.06 Å / Num. unique obs: 863 / CC1/2: 0.976

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.86→36.67 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 45.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3457 337 4.98 %
Rwork0.3136 --
obs0.3151 6768 97.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.86→36.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1762 5 4 1771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0053072
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.756978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00782
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.86-4.860.31530.28693048X-RAY DIFFRACTION95
4.86-36.670.3541840.31933383X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.6508 Å / Origin y: 7.9415 Å / Origin z: -36.6024 Å
111213212223313233
T1.1175 Å2-0.264 Å2-0.4059 Å2-1.4667 Å20.0521 Å2--1.1691 Å2
L4.1203 °22.2326 °2-1.9748 °2-3.0691 °2-0.7477 °2--6.6586 °2
S-0.3305 Å °1.0644 Å °0.3248 Å °-0.9754 Å °0.5906 Å °0.619 Å °1.553 Å °-1.4458 Å °-0.4083 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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