PDB-8z8r: norbelladine 4'-O-methyltransferase S52T complexed with Mg and SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z8r

タイトル

norbelladine 4'-O-methyltransferase S52T complexed with Mg and SAH

要素

Norbelladine 4'-O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / NpN4OMT

機能・相同性

機能・相同性情報

norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases
著者: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H.

履歴

登録	2024年4月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8z8r.ent.gz	341.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8z8r_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z8r_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	8z8r_validation.xml.gz	46.9 KB	表示
CIF形式データ	8z8r_validation.cif.gz	69.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8xdoC 8xdpC 8xdqC 8xdrC 8xdsC 8xdtC 8xduC 8xdvC 8xdyC 8xe0C 8xe2C 8xe3C 8xe4C 8xe5C 8z8oC 8z8pC 8z8sC 8zfwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

B: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

C: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

D: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

111 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

D: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
55.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

C: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

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55.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.352, 79.723, 91.517
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.010, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Norbelladine 4'-O-methyltransferase / NpN4OMT 分子量: 27411.109 Da / 分子数: 4 / 変異: S52T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物) 遺伝子: N4OMT / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A077EWA5, norbelladine O-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1006 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.035 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.035 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→45.65 Å / Num. obs: 86494 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.89 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4513 / CC_1/2: 0.65 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→45.65 Å / SU ML: 0.1798 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.2613
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1887	2000	2.31 %
R_work	0.1578	84475	-
obs	0.1585	86475	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→45.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7776	0	12	1006	8794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0044	8169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7745	11146
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0502	1249
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	1434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.5484	3028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.83	0.2886	131	0.2468	5979	X-RAY DIFFRACTION	98.5
1.83-1.88	0.2531	165	0.2168	5917	X-RAY DIFFRACTION	98.91
1.88-1.94	0.2373	131	0.1902	6001	X-RAY DIFFRACTION	99.03
1.94-2	0.2216	130	0.1796	6017	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2-2.07	0.2405	153	0.178	6005	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.07-2.16	0.2181	136	0.1695	5995	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.16-2.26	0.2078	143	0.1603	6008	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.26-2.37	0.1961	143	0.1568	6053	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.37-2.52	0.2092	148	0.1589	6034	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.52-2.72	0.2073	139	0.1563	6047	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.72-2.99	0.1804	144	0.1614	6066	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.99-3.42	0.1695	148	0.1449	6067	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.42-4.31	0.1347	140	0.1241	6113	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.31-45.65	0.1612	149	0.148	6173	X-RAY DIFFRACTION	99.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0115420085451	0.0382664504403	-0.00156896531027	0.129260024255	0.0420426128186	0.0435859951923	-0.0299239060756	-0.177278804943	-0.33729677913	0.166673081779	0.0844114547049	-0.184500589395	0.103609811562	0.245998924836	7.25883487615E-5	0.206927324401	-0.00421682425678	-0.038409554455	0.252462867772	-0.034411995729	0.335045250289	10.8150585006	2.19328458754	46.3985097349
2	0.0655586461115	-0.0150450220021	-0.0305055125617	0.023196964483	-0.0745796538228	0.00259355815393	-0.0471684834863	-0.127172475173	0.0382231617193	0.143753781867	-0.02631963204	-0.0161768759479	-0.0181297335654	-0.0331079940843	-0.000144931340265	0.107062561532	0.0145386952848	-0.0133878316474	0.124814568718	-0.00495473805707	0.100406240659	-4.94655938168	-10.2413642294	50.8750359572
3	0.315285991517	-0.0799235440472	-0.0117522085141	0.0768463608458	-0.0855292336587	0.208919672068	-0.0142767171147	-0.382828620643	0.30337268398	-0.0790033190637	0.15638399429	0.0339859795656	0.0547131667706	0.0661369697198	0.0728588548759	0.094267188862	0.0166865559065	-0.00687108611781	0.166274376167	-0.0565862231801	0.115445698826	9.62429489066	-11.1875216305	52.836716914
4	0.0655610129652	0.0191735343367	-0.00297828386787	0.0288188794712	-0.0183179134783	0.0215214082965	-0.0391766555878	0.0438273724498	-0.05967001656	-0.00102241359681	0.0415291634926	-0.0497028472231	-0.0517817611474	0.00717315572521	-2.03683578019E-6	0.0941842432155	-0.008859832334	0.00436860163992	0.0874016508927	-0.00566010690951	0.110298592278	3.88069489593	-20.3051132266	37.3170693603
5	0.190515698656	0.0656969775685	-0.0776085312067	0.116410812897	0.0461108151954	0.120815161148	-0.0906536416849	-0.118171909482	-0.0373815085926	0.00904189619077	0.0419049954493	-0.0773428678063	-0.0016212429562	0.0391240016542	-0.0537463047522	0.0880158408734	0.0165861478642	-0.014462006857	0.102172511766	0.00481237031979	0.0971077595541	13.968790388	-20.6201392095	46.129088878
6	0.426863511159	-0.116044402077	0.035406397014	0.101732438933	0.0258225138216	0.0674142710273	-0.016050763184	0.146295399496	-0.0266742118809	-0.0103320556327	-0.00588300566522	-0.0679653839598	0.0334716685956	0.10289265303	0.00999512113562	0.066052122072	-0.00966354094723	0.0125174206551	0.110322517569	0.00520383444493	0.103682629509	17.8689912855	-18.3491408678	32.3023548944
7	0.336573941922	-0.0700374984433	0.0964503042965	0.065778741382	0.000651568104517	0.075624645239	-0.0354502167705	0.0403444740572	0.090953449453	-0.0375225021718	0.110712178709	-0.172989273702	-0.0542918820548	0.119112009494	0.0110755818724	0.0955586480277	-0.0248872695396	0.00455386136478	0.0661836581558	-0.0173770968437	0.123027990002	8.7332692711	-2.73209787963	33.9536020139
8	0.217988798873	-0.00597115568526	-0.0613534663057	0.0390753229388	-0.0335815832765	0.0394809395439	0.117937726539	0.116427552681	0.256178919902	-0.0614626331492	-0.0223915928999	-0.173001066641	-0.122452515714	0.0454104717827	0.0189899919061	0.115079443891	-0.016793266152	0.0201589805471	0.0886368740338	0.00493999796254	0.157230145766	12.4206952431	1.28713255203	30.6627665568
9	0.056694389636	-0.126454436084	0.0242359300791	0.0655844667258	-0.141275454807	0.149272674568	-0.0560833638263	0.0903107764462	0.0424329192346	0.0156262643644	-0.0491260955766	-0.0235352576793	0.0305968788756	-0.016354524859	-0.0619199800544	0.106667059808	-0.0154183531284	0.00256969736407	0.118553150285	-0.00697858554573	0.0669691172485	4.46872481472	-11.1076587381	26.6045297557
10	0.0842343039044	0.0412593236953	0.0365807689891	0.338799029069	-0.092520293589	-0.020374942778	-0.0630141759542	0.0157613781974	0.0263913203477	0.0794038234947	0.023362699413	-0.240357071609	-0.0714716678231	0.0364306212536	-0.00737852053648	0.115891842902	0.00535402596558	0.013681120643	0.105061306509	-0.00111511559028	0.143690891085	32.7838667481	-7.78360916614	89.1265805058
11	0.207807967922	-0.0299985155152	-0.195006227409	0.173436478107	-0.176961247487	0.305673014195	-0.0645953253519	-0.0283420196014	-0.00531072229064	-0.00261432526522	0.0655055637549	-0.0303104640966	-0.0369348364225	0.00225780171076	0.00938817614259	0.11530082938	-0.00142973869015	0.00690128767569	0.0793877783771	-0.0155866310074	0.0924609938036	33.5721088972	-19.8092725645	84.1237440055
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26	0.0839425769757	-0.119678063088	0.0765127873651	0.0520914496156	-0.0509751535902	0.12660573272	-0.032835530365	-0.00057973918186	-0.0620084643672	0.015176114975	0.0293926314866	-0.00540545606825	-0.0239144027269	0.0349677454952	-0.00997300819843	0.0869220283898	-0.00861048868503	0.0146255363472	0.0699858317385	-0.0150548629417	0.10683337762	3.48236087501	-58.9287614661	49.9825920937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 35 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 56 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 57 through 78 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 79 through 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 120 through 171 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 172 through 198 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 199 through 217 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 218 through 239 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid -2 through 35 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 36 through 92 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 93 through 171 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 172 through 239 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid -2 through 131 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 132 through 171 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 172 through 239 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid -2 through 18 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 19 through 35 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 36 through 56 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 57 through 78 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 79 through 119 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 120 through 142 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 143 through 171 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 172 through 198 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 199 through 217 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 218 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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