PDB-8z2b: Crystal structure of apo Aspergillus terreus glutamate dehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z2b

タイトル

Crystal structure of apo Aspergillus terreus glutamate dehydrogenase (AtGDH) in the partially closed conformation (form II)

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glutamate dehydrogenase / allostery / cooperativity / Aspergillus / cryo-EM / domain dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate biosynthetic process / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus terreus (カビ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Godsora, B.K.J. / Bhaumik, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci / 年: 2025
タイトル: Conformational flexibility associated with remote residues regulates the kinetic properties of glutamate dehydrogenase.
著者: Barsa Kanchan Jyotshna Godsora / Parijat Das / Prasoon Kumar Mishra / Anjali Sairaman / Sandip Kaledhonkar / Narayan S Punekar / Prasenjit Bhaumik /

要旨: Glutamate dehydrogenase (GDH) is a pivotal metabolic enzyme in all living organisms, and some of the GDHs exhibit substrate-dependent homotropic cooperativity. However, the mode of allosteric ...

履歴

登録	2024年4月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z2b.cif.gz	523.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z2b.ent.gz	420.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z2b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/8z2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/8z2b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	39722C 39730C 39731C 39732C 39744C 8z1cC 8z1mC 8z1nC 8z1oC 8z29C 8z2aC 8z2cC 8z2fC 5xviS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

295 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.690, 101.690, 271.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 460 / Label seq-ID: 1 - 460

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 49247.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: gdhA, ATETN484_0007063400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T2D1F5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 7, and 10% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.2556
pseudo-merohedral	2	2	K, H, -L	2	0.2478
pseudo-merohedral	3	3	-h,-k,l	3	0.2463
pseudo-merohedral	4	4	-K, -H, -L	4	0.2503

反射

解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 73339 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.65 % / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

解像度: 2.85→2.95 Å / Num. unique obs: 7224 / CC_1/2: 0.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XVI

5xvi

解像度: 2.85→29.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.876 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.773 / SU B: 12.687 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2677	3769	5.139 %
R_work	0.1919	69568	-
all	0.196	-	-
obs	-	69568	99.955 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.117 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.363 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.363 Å²	-0 Å²
3-	-	-	10.725 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→29.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20802	0	0	23	20825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	21266
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	20082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.654	1.803	28788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.585	1.751	46173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.835	5	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.258	5	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.858	10	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.418	10	931
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	25792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4980
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	5402
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	21474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	10818
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	11775
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.086	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.493	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.409	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.713	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.247	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.032	4.833	11061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.032	4.833	11061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.666	8.678	13824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.666	8.678	13825
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.145	4.759	10205
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.145	4.759	10206
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.396	8.836	14958
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.396	8.836	14959
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.355	61.347	91224
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.354	61.347	91225
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.191	0.05	12809
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.2	0.05	12578
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.212	0.05	12329
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.207	0.05	12336
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.197	0.05	12574
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.198	0.05	12706
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.206	0.05	12497
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.205	0.05	12457
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.199	0.05	12693
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.208	0.05	12483
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.209	0.05	12324
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.2	0.05	12565
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.211	0.05	12231
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.212	0.05	12309
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.207	0.05	12313

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.19123	0.05006
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.19123	0.05006
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20044	0.05006
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20044	0.05006
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.21208	0.05006
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.21208	0.05006
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20696	0.05006
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20696	0.05006
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.19681	0.05006
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.19681	0.05006
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.19762	0.05006
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.19762	0.05006
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20614	0.05006
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20614	0.05006
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20515	0.05006
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20515	0.05006
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.19867	0.05006
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.19867	0.05006
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20827	0.05006
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20827	0.05006
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20937	0.05006
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20937	0.05006
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1998	0.05006
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1998	0.05006
13	25	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.21079	0.05006
13	26	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.21079	0.05006
14	27	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.21245	0.05006
14	28	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.21245	0.05006
15	29	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20681	0.05006
15	30	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.20681	0.05006

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-2.923	0.416	272	0.236	5111	X-RAY DIFFRACTION	99.4458
2.923-3.002	0.335	178	0.211	5109	X-RAY DIFFRACTION	99.9811
3.002-3.089	0.329	266	0.179	4862	X-RAY DIFFRACTION	100
3.089-3.183	0.249	284	0.184	4621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.183-3.286	0.269	238	0.164	4576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.286-3.4	0.275	260	0.164	4413	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.526	0.256	232	0.169	4266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.526-3.668	0.253	252	0.161	4074	X-RAY DIFFRACTION	100
3.668-3.828	0.233	178	0.151	3918	X-RAY DIFFRACTION	100
3.828-4.012	0.229	232	0.159	3736	X-RAY DIFFRACTION	100
4.012-4.225	0.226	186	0.161	3622	X-RAY DIFFRACTION	100
4.225-4.476	0.224	156	0.206	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
4.476-4.777	0.27	178	0.201	3166	X-RAY DIFFRACTION	100
4.777-5.149	0.248	194	0.193	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
5.149-5.623	0.331	154	0.214	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
5.623-6.26	0.241	130	0.196	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
6.26-7.176	0.34	111	0.214	2220	X-RAY DIFFRACTION	100
7.176-8.664	0.212	122	0.241	1860	X-RAY DIFFRACTION	100
8.664-11.769	0.319	90	0.239	1463	X-RAY DIFFRACTION	99.8714

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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