PDB-8yx1: CD40 in complex with Bleselumab Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yx1

タイトル

CD40 in complex with Bleselumab Fab

要素

Bleselumab, heavy chain
Bleselumab, light chain
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CD40 / Dacetuzumab / Bleselumab / agonist activity / tumor necrosis factor

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to erythropoietin / B cell mediated immunity / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein kinase C signaling / varicosity / CD40 signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of endothelial cell apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Caaveiro, J.M.M. / Fernandez-Perez, J. / Tsumoto, K.

資金援助

日本, 2件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21H05090, 20H03228, 19H05766, 20H02531	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20mk0101170, JP223fa627001, JP223fa727002	日本

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Crystal structures of human CD40 in complex with monoclonal antibodies dacetuzumab and bleselumab.
著者: Asano, R. / Nakakido, M. / Perez, J.F. / Ise, T. / Caaveiro, J.M.M. / Nagata, S. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2024年4月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yx1.cif.gz	579 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yx1.ent.gz	366.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yx1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yx1_validation.pdf.gz	472.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yx1_full_validation.pdf.gz	484 KB	表示
XML形式データ	8yx1_validation.xml.gz	39.4 KB	表示
CIF形式データ	8yx1_validation.cif.gz	54.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/8yx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/8yx1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yx9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (5)

登録構造単位

H: Bleselumab, heavy chain

L: Bleselumab, light chain

R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

A: Bleselumab, heavy chain

B: Bleselumab, light chain

C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

135 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Bleselumab, heavy chain

L: Bleselumab, light chain

R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
67.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Bleselumab, heavy chain

B: Bleselumab, light chain

C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

登録者が定義した集合体
67.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.565, 116.002, 121.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.713, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Bleselumab, heavy chain 分子量: 24351.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Antibody / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Bleselumab, light chain 分子量: 23104.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Antibody / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 / B-cell surface antigen CD40 / Bp50 / CD40L receptor / CDw40 分子量: 20016.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD40, TNFRSF5 / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25942
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.52 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium chloride 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→45.56 Å / Num. obs: 37822 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.143 / R_pim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.941 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4604 / CC_1/2: 0.824 / R_pim(I) all: 0.537 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS	20210323	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→45.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 37.372 / SU ML: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.158 / ESU R Free: 0.361 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2651	1858	4.915 %
R_work	0.204	35944	-
all	0.207	-	-
obs	-	37802	99.865 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.149 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.872 Å²	0 Å²	-1.951 Å²
2-	-	2.942 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.952 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8812	0	0	25	8837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	9042
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.56	1.807	12317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.537	1.736	18992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.502	5	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.349	5	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.614	10	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.886	10	349
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10484
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	7486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	4851
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.046	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.093	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.014	3.142	4646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.013	3.142	4646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.262	5.639	5790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.262	5.639	5791
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.158	3.284	4396
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.158	3.284	4397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.538	5.965	6527
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.538	5.965	6528
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.088	30.434	9323
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.089	30.436	9323

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.394	142	0.328	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.846	0.362	130	0.305	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.9252
2.846-2.928	0.362	148	0.284	2519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.928-3.017	0.35	134	0.272	2370	X-RAY DIFFRACTION	99.8803
3.017-3.116	0.37	128	0.269	2401	X-RAY DIFFRACTION	100
3.116-3.225	0.335	117	0.247	2247	X-RAY DIFFRACTION	99.9577
3.225-3.346	0.291	120	0.237	2202	X-RAY DIFFRACTION	99.957
3.346-3.482	0.297	112	0.222	2133	X-RAY DIFFRACTION	99.9555
3.482-3.636	0.29	91	0.216	2042	X-RAY DIFFRACTION	100
3.636-3.812	0.251	84	0.212	2001	X-RAY DIFFRACTION	99.9521
3.812-4.016	0.249	117	0.195	1803	X-RAY DIFFRACTION	100
4.016-4.258	0.191	67	0.154	1766	X-RAY DIFFRACTION	100
4.258-4.549	0.227	98	0.137	1654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.549-4.91	0.188	104	0.138	1527	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.372	0.204	52	0.143	1434	X-RAY DIFFRACTION	99.9327
5.372-5.996	0.23	61	0.162	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
5.996-6.903	0.198	57	0.181	1153	X-RAY DIFFRACTION	100
6.903-8.407	0.295	47	0.187	986	X-RAY DIFFRACTION	99.9033
8.407-11.692	0.161	35	0.167	761	X-RAY DIFFRACTION	99.7494
11.692-45.56	0.22	14	0.264	440	X-RAY DIFFRACTION	93.8017

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9764	-0.2822	0.494	0.5211	-0.3161	1.8666	-0.0442	-0.2562	-0.0256	0.1044	0.0934	-0.0498	-0.1878	-0.0899	-0.0492	0.033	0.0015	-0.0022	0.1591	-0.0298	0.022	-12.1287	-4.0107	6.4857
2	0.8058	-0.0783	0.4411	0.8791	-0.9339	2.5621	-0.014	-0.1048	-0.1498	0.0702	-0.0097	-0.0828	0.1574	0.1979	0.0237	0.0452	0.0466	-0.0067	0.2012	-0.0323	0.0593	0.6094	-17.3093	3.1815
3	1.4976	-1.5661	-1.9228	1.6765	2.0545	2.5798	-0.113	-0.1033	-0.1746	0.0785	-0.0273	0.2041	0.0069	-0.0114	0.1403	0.2655	0.0047	0.0383	0.3749	0.0271	0.2127	-32.4585	18.0663	-10.7092
4	0.9629	0.0266	-0.3285	0.6188	-0.3938	2.0751	-0.0089	0.2837	-0.1155	-0.1588	-0.026	-0.0257	0.1527	-0.0425	0.0349	0.0942	0.0555	-0.0736	0.262	-0.1198	0.1388	-34.8494	-5.86	-67.2428
5	1.1562	0.2185	-0.01	0.4922	-0.0693	2.4411	-0.0223	0.2773	0.1891	-0.1492	-0.0337	0.08	-0.322	0.1498	0.056	0.1082	0.0402	-0.0563	0.2388	-0.0512	0.1061	-22.1551	7.7601	-65.2113
6	2.7518	2.2668	3.0689	1.8908	2.5035	3.4596	0.0373	-0.1735	0.1345	-0.0449	-0.1617	0.1654	0.144	-0.234	0.1244	0.2949	-0.0048	-0.0887	0.4749	-0.0543	0.4035	-57.8885	-26.8963	-50.466

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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