PDB-8yvs: Crystal structure of GH65 alpha-1,2-glucosidase from Flavobacteri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yvs

タイトル

Crystal structure of GH65 alpha-1,2-glucosidase from Flavobacterium johnsoniae in complex with castanospermine

要素

Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase / GH65 / kojibiose / (alpha/alpha)6-barrel / inhibitor / glucosidase / dextran

機能・相同性

機能・相同性情報

kojibiose hydrolase / glycosyltransferase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Nakamura, S. / Miyazaki, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the inhibition mechanism of glucosidase inhibitors toward kojibiose hydrolase belonging to glycoside hydrolase family 65.
著者: Nakamura, S. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2024年3月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yvs.cif.gz	1.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yvs.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yvs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yvs_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yvs_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	8yvs_validation.xml.gz	92.8 KB	表示
CIF形式データ	8yvs_validation.cif.gz	126.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/8yvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/8yvs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

B: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

C: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

ヘテロ分子

231 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

B: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

C: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

ヘテロ分子

A: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

B: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

C: Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
462 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.991, 194.508, 112.19
Angle α, β, γ (deg.)	90, 117.214, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-1224- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 23 - 681 / Label seq-ID: 20 - 678

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65 / alpha-1 / 2-glucosidase 分子量: 76489.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア) 遺伝子: Fjoh_4428 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5FBJ5
#2: 化合物	ChemComp-CTS / CASTANOSPERMINE / (1S,6S,7R,8R,8AR)-1,6,7,8-TETRAHYDROXYINDOLIZIDINE 分子量: 189.209 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 300 mM ammonium citrate, pH 7.0-8.0, 10 mM TCEP, 12% PEG 3350 PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→48.674 Å / Num. obs: 306692 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.867 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 15161 / CC_1/2: 0.802 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→48.674 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.212 / WR_factor R_work: 0.192 / SU B: 5.839 / SU ML: 0.085 / Average fsc free: 0.955 / Average fsc work: 0.9619 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2234	15471	5.045 %
R_work	0.2016	291189	-
all	0.203	-	-
obs	-	306660	99.89 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.163 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.057 Å²	0 Å²	1.137 Å²
2-	-	-3.854 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.447 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.674 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15741	0	110	1204	17055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	16266
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	15145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.654	1.815	22084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.587	1.761	34962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.741	5	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.558	5	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.401	10	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.605	10	759
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	19060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	13933
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	7812
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	8237
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.159	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.308	1.458	7915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.308	1.458	7915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.894	2.617	9891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.894	2.617	9892
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.966	1.658	8351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.966	1.658	8352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.998	2.95	12188
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.998	2.95	12189
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.822	14.274	18527
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.792	14.23	18428
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.071	0.05	22664
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.06	0.05	22805
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.067	0.05	22795

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0714	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0714	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06034	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06034	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0665	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0665	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.642	0.309	1101	0.293	21563	0.294	22667	0.919	0.909	99.9868	0.275
1.642-1.686	0.266	1111	0.271	20951	0.27	22062	0.928	0.931	100	0.252
1.686-1.735	0.265	1052	0.255	20343	0.256	21474	0.93	0.942	99.6321	0.232
1.735-1.789	0.256	1108	0.241	19731	0.242	20843	0.942	0.952	99.9808	0.218
1.789-1.847	0.251	1051	0.229	19127	0.23	20184	0.946	0.958	99.9703	0.203
1.847-1.912	0.244	980	0.214	18637	0.215	19624	0.954	0.966	99.9643	0.188
1.912-1.984	0.229	916	0.196	18013	0.198	18936	0.961	0.972	99.963	0.172
1.984-2.065	0.224	889	0.196	17173	0.197	18066	0.963	0.973	99.9779	0.174
2.065-2.156	0.223	863	0.198	16616	0.199	17498	0.964	0.973	99.8914	0.176
2.156-2.262	0.211	848	0.19	15765	0.191	16618	0.968	0.976	99.9699	0.171
2.262-2.384	0.215	853	0.188	14954	0.19	15822	0.967	0.976	99.9052	0.17
2.384-2.528	0.224	721	0.19	14285	0.192	15019	0.966	0.976	99.9134	0.173
2.528-2.702	0.216	676	0.186	13429	0.188	14116	0.969	0.978	99.9221	0.172
2.702-2.918	0.217	668	0.184	12482	0.186	13166	0.97	0.978	99.8785	0.175
2.918-3.195	0.202	654	0.192	11403	0.192	12099	0.974	0.976	99.6529	0.187
3.195-3.57	0.216	586	0.198	10289	0.199	10933	0.972	0.977	99.4695	0.198
3.57-4.119	0.205	462	0.185	9230	0.186	9701	0.975	0.98	99.9072	0.194
4.119-5.035	0.191	421	0.168	7752	0.169	8177	0.979	0.984	99.9511	0.184
5.035-7.083	0.249	313	0.223	6030	0.225	6358	0.974	0.98	99.7641	0.241
7.083-48.674	0.253	198	0.253	3417	0.253	3621	0.974	0.974	99.8343	0.27

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4022	0.0488	-0.0107	1.0039	0.4155	0.4259	-0.0115	-0.0315	0.0047	-0.0053	-0.0507	0.218	-0.0228	-0.1033	0.0621	0.1134	0.0095	0.0335	0.169	0.0187	0.0626	-32.9259	-0.2762	12.3709
2	0.2443	-0.0267	0.0467	1.4487	-0.6446	0.8454	-0.0009	-0.129	0.0331	0.3353	-0.1296	-0.248	-0.1015	0.1254	0.1306	0.1723	-0.0208	-0.022	0.241	0.0061	0.0724	11.0298	0.6713	32.9865
3	1.1219	0.1082	0.021	0.428	-0.0867	0.2308	0.0312	-0.1085	-0.1251	0.1058	-0.0149	-0.0112	0.0582	-0.0187	-0.0163	0.1877	-0.0159	0.013	0.1524	0.009	0.0183	-10.2364	-42.3996	22.8297

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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