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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yrj | ||||||
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タイトル | Mouse Fc epsilon RI | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / IgE / high-affinity IgE receptor / allergy | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / serotonin secretion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / negative regulation of mast cell apoptotic process / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / T cell differentiation involved in immune response ...Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / serotonin secretion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / negative regulation of mast cell apoptotic process / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / T cell differentiation involved in immune response / high-affinity IgE receptor activity / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / mast cell apoptotic process / mast cell activation / Fc-gamma receptor III complex / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of interleukin-3 production / FCERI mediated NF-kB activation / serotonin secretion by platelet / positive regulation of mast cell cytokine production / Cell surface interactions at the vascular wall / neutrophil activation involved in immune response / positive regulation of mast cell degranulation / regulation of platelet activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / positive regulation of type III hypersensitivity / IgE binding / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of protein localization to cell surface / leukotriene biosynthetic process / : / positive regulation of type I hypersensitivity / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / IgG binding / mast cell degranulation / phagocytosis, engulfment / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / regulation of immune response / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / neutrophil chemotaxis / positive regulation of calcium-mediated signaling / SH2 domain binding / Neutrophil degranulation / osteoclast differentiation / integrin-mediated signaling pathway / establishment of localization in cell / protein localization to plasma membrane / phosphoprotein binding / calcium-mediated signaling / receptor internalization / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of immune response / cell surface receptor signaling pathway / endosome / defense response to bacterium / immune response / protein heterodimerization activity / membrane raft / external side of plasma membrane / innate immune response / protein kinase binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Yui, M. / Ohto, U. / Shimizu, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Mouse Fc epsilon RI 著者: Zhang, Z. / Yui, M. / Ohto, U. / Shimizu, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yrj.cif.gz | 100.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8yrj.ent.gz | 73.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yrj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8yrj_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8yrj_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8yrj_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8yrj_validation.cif.gz | 36.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/8yrj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/8yrj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 39543MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31646.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fcer1a, Fce1a / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20489 | ||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11890.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fcer1g, Fce1g / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20491 #3: タンパク質 | | 分子量: 27166.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ms4a2, Fce1b, Fcer1b, Ms4a1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20490 #4: 多糖 | #5: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mouse Fc epsilon RI / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97368 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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