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万見
- PDB-8ypd: Cryo-EM structure of the LH1 complex from Allochromatium tepidum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ypd
タイトルCryo-EM structure of the LH1 complex from Allochromatium tepidum
要素
  • Beta subunit of light-harvesting 1 complex
  • LH1 alpha subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LH1 COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / SPIRILLOXANTHIN / Beta subunit of light-harvesting 1 complex
類似検索 - 構成要素
生物種Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Wang, G.-L. / Sun, S. / Yu, L.-J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Probing the Dual Role of Ca in the LH1-RC Complex by Constructing and Analyzing Ca-Bound and Ca-Free LH1 Complexes.
著者: Mei-Juan Zou / Shuai Sun / Guang-Lei Wang / Yi-Hao Yan / Wei Ji / Zheng-Yu Wang-Otomo / Michael T Madigan / Long-Jiang Yu /
要旨: The genome of the mildly thermophilic hot spring purple sulfur bacterium, (.) , contains a multigene family that encodes a series of α- and β-polypeptides, collectively forming a heterogeneous ...The genome of the mildly thermophilic hot spring purple sulfur bacterium, (.) , contains a multigene family that encodes a series of α- and β-polypeptides, collectively forming a heterogeneous light-harvesting 1 (LH1) complex. The LH1, therefore, offers a unique model for studying an intermediate phenotype between phototrophic thermophilic and mesophilic bacteria, particularly regarding their LH1 transition and moderately enhanced thermal stability. Of the 16 α-polypeptides in the LH1, six α1 bind Ca to connect with β1- or β3-polypeptides in specific Ca-binding sites. Here, we use the purple bacterium strain H2 as a host to express Ca-bound and Ca-free LH1-only complexes composed of α- and β-polypeptides that either contain or lack the calcium-binding motif WxxDxI; purified preparations of each complex were then used to test how Ca affects their thermostability and spectral features. The cryo-EM structures of both complexes were closed circular rings consisting of 14 αβ-polypeptides. The absorption maximum of Ca-bound LH1 (α1/β1 and α1/β3) was at 894 nm, while that of Ca-free (α2/β1) was at 888 nm, indicating that Ca imparts a transition of 6 nm. Crucially for the ecological success of , Ca-bound LH1 complexes were more thermostable than Ca-free complexes, indicating that calcium plays at least two major roles in photosynthesis by -improving photocomplex stability and modifying its spectrum.
履歴
登録2024年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
b: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
F: LH1 alpha subunit
A: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
B: LH1 alpha subunit
C: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
D: LH1 alpha subunit
E: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
G: LH1 alpha subunit
H: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
I: LH1 alpha subunit
J: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
K: LH1 alpha subunit
L: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
M: LH1 alpha subunit
N: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
O: LH1 alpha subunit
P: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
Q: LH1 alpha subunit
R: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
S: LH1 alpha subunit
T: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
U: LH1 alpha subunit
V: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
W: LH1 alpha subunit
X: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
Y: LH1 alpha subunit
Z: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
a: LH1 alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,16070
ポリマ－145,28128
非ポリマー33,87942
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Beta subunit of light-harvesting 1 complex


分子量: 5269.103 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
遺伝子: pufB
発現宿主: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)
参照: UniProt: O82943
#2: タンパク質・ペプチド
LH1 alpha subunit


分子量: 5108.121 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
発現宿主: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)
#3: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CRT / SPIRILLOXANTHIN / RHODOVIOLASCIN


分子量: 596.925 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H60O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LH1 COMPLEX / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Allochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
由来(組換発現)生物種: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 199061 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00512852
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.08117822
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.8532772
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441750
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051960

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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