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- PDB-8ynq: ATP-grasp peptide ligase from Streptomyces -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ynq
タイトルATP-grasp peptide ligase from Streptomyces
要素ATP-grasp peptide ligase
キーワードLIGASE / ATP-grasp enzymes / peptide ligase / Amide synthase
機能・相同性ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Streptomyces albogriseolus 1-36 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Xu, M.J. / Yan, Y.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Structural Insights into the Substrate Recognition Mechanism of an ATP-Grasp Peptide-Ligase Producing Diverse Dipeptides Containing Unnatural Amino Acids
著者: Yan, Y.Q. / Li, S.Y. / Wu, X.N. / Zhou, T. / Li, J.X. / Huang, S.X. / Zheng, J.T. / Xu, J. / Da, L.T. / Xu, M.J.
履歴
登録2024年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: ATP-grasp peptide ligase
D: ATP-grasp peptide ligase
A: ATP-grasp peptide ligase
B: ATP-grasp peptide ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,19124
ポリマ－196,7754
非ポリマー3,41720
水5,855325
1
C: ATP-grasp peptide ligase
D: ATP-grasp peptide ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,43412
ポリマ－98,3872
非ポリマー2,04610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area33220 Å2
手法PISA
2
A: ATP-grasp peptide ligase
B: ATP-grasp peptide ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,75812
ポリマ－98,3872
非ポリマー1,37010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area33260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.856, 97.518, 101.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 CDAB

#1: タンパク質
ATP-grasp peptide ligase


分子量: 49193.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SRA: SRR28004724
由来: (組換発現) Streptomyces albogriseolus 1-36 (バクテリア)
遺伝子: Alb28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 7種, 345分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MgCl2.6H2O, Tris, PEG smear High, Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: STFC Large Pixel Detector / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 68197 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.941 / CC star: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.184 / Χ2: 0.819 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 219848
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.492.70.49533160.7930.940.3360.60.68497.8
2.49-2.542.90.45933850.8130.9470.3030.5520.64699.2
2.54-2.5930.4533870.8560.960.2930.5390.67199.4
2.59-2.643.10.44633540.830.9520.2890.5340.68199.3
2.64-2.73.10.41133980.830.9530.2680.4920.70399.7
2.7-2.763.10.34633920.90.9730.2290.4170.73999.9
2.76-2.833.30.31734260.910.9760.2030.3780.75799.8
2.83-2.93.20.30333870.8870.970.1980.3630.80399.7
2.9-2.993.40.2734230.9180.9780.1720.3210.81699.9
2.99-3.093.40.24534100.910.9760.1550.2910.84699.9
3.09-3.23.40.22234090.9250.980.1410.2640.96199.7
3.2-3.323.30.19633850.9270.9810.1270.2350.99899.9
3.32-3.483.30.17934210.9260.9810.1160.2141.023100
3.48-3.663.20.16734060.9270.9810.110.21.09199.8
3.66-3.893.40.1534390.9520.9880.0950.1781.00199.9
3.89-4.193.40.14133890.9440.9860.090.1680.97199.9
4.19-4.613.30.13434610.9560.9890.0860.1590.999.8
4.61-5.283.30.12334300.9560.9890.0790.1460.777100
5.28-6.653.30.11334550.9520.9880.0730.1350.6599.9
6.65-503.20.09135240.970.9920.060.1090.53999.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PHENIX1.19.2-4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.45→47.93 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 37.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3188 2728 4.77 %
Rwork0.2337 --
obs0.2378 57209 83.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12595 0 219 325 13139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13817735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9831862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.490.4904770.3321018X-RAY DIFFRACTION30
2.49-2.540.451700.29671446X-RAY DIFFRACTION43
2.54-2.590.3362630.27951641X-RAY DIFFRACTION48
2.59-2.650.35321090.29511957X-RAY DIFFRACTION57
2.65-2.710.3786890.31142268X-RAY DIFFRACTION66
2.71-2.780.4531110.31082668X-RAY DIFFRACTION77
2.78-2.860.38271450.30773008X-RAY DIFFRACTION88
2.86-2.940.39581430.30853205X-RAY DIFFRACTION93
2.94-3.030.39781270.27313420X-RAY DIFFRACTION98
3.03-3.140.39992000.26853336X-RAY DIFFRACTION98
3.14-3.270.32651630.25983418X-RAY DIFFRACTION98
3.27-3.420.33182120.24063325X-RAY DIFFRACTION98
3.42-3.60.33242010.23223357X-RAY DIFFRACTION98
3.6-3.820.31491850.21653340X-RAY DIFFRACTION98
3.82-4.120.27641840.19663385X-RAY DIFFRACTION98
4.12-4.530.25122270.19153344X-RAY DIFFRACTION98
4.53-5.190.28661960.20033387X-RAY DIFFRACTION98
5.19-6.530.29911490.23033475X-RAY DIFFRACTION99
6.53-47.930.2666770.19743483X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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