PDB-8ynd: ATP-grasp peptide ligase from Streptomyces

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ynd

タイトル

ATP-grasp peptide ligase from Streptomyces

要素

ATP-grasp peptide ligase

キーワード

LIGASE / ATP-grasp enzymes / Peptide ligase / Amide synthase

生物種

Streptomyces albogriseolus 1-36 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Xu, M.J. / Yan, Y.Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Structural Insights into the Substrate Recognition Mechanism of an ATP-Grasp Peptide-Ligase Producing Diverse Dipeptides Containing Unnatural Amino Acids
著者: Yan, Y.Q. / Li, S.Y. / Wu, X.N. / Zhou, T. / Li, J.X. / Huang, S.X. / Zheng, J.T. / Xu, J. / Da, L.T. / Xu, M.J.

履歴

登録	2024年3月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ynd.cif.gz	653.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ynd.ent.gz	538.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ynd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/8ynd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/8ynd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ynqC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-grasp peptide ligase

B: ATP-grasp peptide ligase

C: ATP-grasp peptide ligase

D: ATP-grasp peptide ligase

E: ATP-grasp peptide ligase

F: ATP-grasp peptide ligase

G: ATP-grasp peptide ligase

H: ATP-grasp peptide ligase

394 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ATP-grasp peptide ligase

B: ATP-grasp peptide ligase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
98.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: ATP-grasp peptide ligase

D: ATP-grasp peptide ligase

登録者が定義した集合体
98.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: ATP-grasp peptide ligase

F: ATP-grasp peptide ligase

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98.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: ATP-grasp peptide ligase

H: ATP-grasp peptide ligase

登録者が定義した集合体
98.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.928, 100.641, 131.555
Angle α, β, γ (deg.)	99.54, 101.88, 115.94
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ATP-grasp peptide ligase 分子量: 49193.633 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SRA: SRR28004724 由来: (組換発現) Streptomyces albogriseolus 1-36 (バクテリア) 遺伝子: Alb28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MgCl2.6H2O, Trisodium citrate dihydrate, Bis-Tris-Propane PH7.5, PEG Smear High

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: STFC Large Pixel Detector / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 188982 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.982 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.065 / R_rim(I) all: 0.123 / Χ²: 0.869 / Net I/σ(I): 5.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	3.4	0.734	9439	0.603	0.867	0.466	0.873	0.935	97.4
2.24-2.28	3.3	0.637	9317	0.662	0.892	0.416	0.765	0.95	97.4
2.28-2.32	3.5	0.579	9349	0.734	0.92	0.357	0.683	0.941	97.5
2.32-2.37	3.6	0.507	9436	0.801	0.943	0.31	0.596	0.951	97.6
2.37-2.42	3.6	0.489	9340	0.793	0.94	0.299	0.575	0.929	97.7
2.42-2.48	3.6	0.413	9380	0.847	0.958	0.254	0.486	0.946	97.8
2.48-2.54	3.6	0.355	9405	0.854	0.96	0.217	0.418	0.972	97.9
2.54-2.61	3.5	0.314	9402	0.87	0.965	0.196	0.371	0.936	98
2.61-2.69	3.3	0.256	9418	0.883	0.969	0.167	0.307	0.935	98.1
2.69-2.77	3.6	0.217	9480	0.942	0.985	0.133	0.255	0.937	98.3
2.77-2.87	3.5	0.181	9428	0.952	0.988	0.111	0.213	0.925	98.3
2.87-2.99	3.3	0.151	9448	0.958	0.989	0.097	0.181	0.916	98.5
2.99-3.12	3.6	0.124	9553	0.973	0.993	0.076	0.146	0.912	98.6
3.12-3.29	3.6	0.099	9401	0.981	0.995	0.06	0.116	0.896	98.7
3.29-3.49	3.6	0.078	9538	0.985	0.996	0.047	0.092	0.883	98.8
3.49-3.76	3.4	0.063	9485	0.984	0.996	0.04	0.074	0.84	99
3.76-4.14	3.5	0.055	9503	0.987	0.997	0.034	0.064	0.79	99.1
4.14-4.74	3.4	0.047	9543	0.988	0.997	0.03	0.056	0.712	99.2
4.74-5.97	3.5	0.045	9546	0.989	0.997	0.027	0.053	0.583	99.5
5.97-50	3.2	0.034	9571	0.991	0.998	0.022	0.041	0.456	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.19→50 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2628	8851	4.95 %	RANDOM
R_work	0.2114	-	-	-
obs	0.2139	178967	91.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25557	0	0	1455	27012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	26080
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.055	35419
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.148	3590
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	3979
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	4653

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.19-2.22	0.3352	125	0.2562	2168	X-RAY DIFFRACTION	36
2.22-2.24	0.3166	186	0.2512	3936	X-RAY DIFFRACTION	63
2.24-2.27	0.3318	197	0.2528	4025	X-RAY DIFFRACTION	65
2.27-2.3	0.3009	230	0.2545	4514	X-RAY DIFFRACTION	73
2.3-2.33	0.3242	270	0.249	5101	X-RAY DIFFRACTION	83
2.33-2.36	0.3585	276	0.2389	5440	X-RAY DIFFRACTION	89
2.36-2.4	0.3209	277	0.2523	5797	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4-2.43	0.3019	298	0.247	5780	X-RAY DIFFRACTION	95
2.43-2.47	0.3328	304	0.2437	5864	X-RAY DIFFRACTION	95
2.47-2.51	0.3143	302	0.2411	6016	X-RAY DIFFRACTION	96
2.51-2.55	0.3106	310	0.2371	5875	X-RAY DIFFRACTION	96
2.55-2.6	0.3079	296	0.2433	6003	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6-2.65	0.3064	313	0.2593	6152	X-RAY DIFFRACTION	98
2.65-2.7	0.3182	317	0.2623	6018	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7-2.76	0.3331	320	0.239	6030	X-RAY DIFFRACTION	98
2.76-2.83	0.2954	326	0.2297	6041	X-RAY DIFFRACTION	98
2.83-2.9	0.3073	307	0.2302	6058	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9-2.98	0.2893	338	0.2307	6100	X-RAY DIFFRACTION	98
2.98-3.06	0.2891	318	0.223	6042	X-RAY DIFFRACTION	99
3.06-3.16	0.2779	322	0.2248	6095	X-RAY DIFFRACTION	99
3.16-3.28	0.2679	312	0.2206	6088	X-RAY DIFFRACTION	99
3.28-3.41	0.2507	303	0.2074	6091	X-RAY DIFFRACTION	99
3.41-3.56	0.2512	341	0.2024	6094	X-RAY DIFFRACTION	99
3.56-3.75	0.2533	338	0.1958	6094	X-RAY DIFFRACTION	99
3.75-3.98	0.2232	329	0.1887	6081	X-RAY DIFFRACTION	99
3.98-4.29	0.2238	327	0.1868	6066	X-RAY DIFFRACTION	99
4.29-4.72	0.2105	322	0.172	6144	X-RAY DIFFRACTION	99
4.72-5.4	0.2357	322	0.1779	6124	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4-6.8	0.2355	319	0.2017	6152	X-RAY DIFFRACTION	99
6.8-39.53	0.2085	306	0.1927	6127	X-RAY DIFFRACTION	99

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