PDB-8ykc: Crystal structure of adenosylcobinamide kinase / adenosylcobinami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ykc

タイトル

Crystal structure of adenosylcobinamide kinase / adenosylcobinamide phosphate guanylyltransferase complexed with GDP

要素

Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

キーワード

TRANSFERASE / Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein / adenosylcobinamide kinase / adenosylcobinamide phosphate guanylyltransferase / CobU / Methylocapsa palsarum / adenosylcobinamide-phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylcobinamide kinase activity / adenosylcobinamide kinase / adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase / cobinamide phosphate guanylyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / GTP binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylocapsa palsarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.921 Å

データ登録者

Nam, Y. / Do, H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: A structure-based mechanism of adenosylcobinamide kinase/adenosylcobinamide phosphate guanylyltransferase (MpaCobU) from Methylocapsa palsarum.
著者: Nam, Y. / Ahn, Y.Y. / Kim, B.M. / Kim, K. / Lee, J.H. / Do, H.

履歴

登録	2024年3月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ykc.cif.gz	123.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ykc.ent.gz	90.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ykc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/8ykc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/8ykc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yepC 8yesC 8yk8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

B: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

C: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

ヘテロ分子

61.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, analytical ultracentrifugation assay

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.920, 73.960, 130.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein 分子量: 20078.975 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylocapsa palsarum (バクテリア) 遺伝子: SAMN05444581_106172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1I3YTB1, adenosylcobinamide kinase, adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: .2 M ammonium chloride, pH 6.3 and 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→28.212 Å / Num. obs: 41759 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 34
反射シェル	解像度: 1.92→1.97 Å / Num. unique obs: 46479 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.921→28.212 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / WR_factor R_free: 0.266 / WR_factor R_work: 0.216 / SU B: 4.333 / SU ML: 0.126 / Average fsc free: 0.8853 / Average fsc work: 0.9049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	2073	4.964 %
R_work	0.2207	39684	-
all	0.223	-	-
obs	-	41757	99.089 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.318 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.005 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.921→28.212 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3941	0	65	331	4337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	3998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.678	1.664	5530
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.311	1.587	9138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.923	5	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.276	19.598	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.292	15	665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.121	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	750
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.022	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.057	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.059	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.262	2.639	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.26	2.638	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.343	3.941	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.343	3.941	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.951	3.101	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.896	3.097	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.528	4.501	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.491	4.495	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.325	31.913	4391
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.302	31.752	4330

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.921-1.97	0.426	123	0.277	2736	X-RAY DIFFRACTION	93.1877
1.97-2.024	0.284	141	0.228	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.024-2.083	0.327	134	0.21	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.9656
2.083-2.147	0.27	146	0.219	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.147-2.217	0.309	131	0.247	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.217-2.295	0.485	126	0.421	2395	X-RAY DIFFRACTION	94.4549
2.295-2.382	0.267	125	0.207	2442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.382-2.479	0.3	130	0.205	2336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.479-2.589	0.277	122	0.211	2272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.589-2.715	0.29	119	0.213	2152	X-RAY DIFFRACTION	100
2.715-2.861	0.25	109	0.208	2069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.861-3.035	0.261	115	0.209	1932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.035-3.244	0.256	85	0.207	1870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.244-3.503	0.263	78	0.22	1748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.503-3.836	0.274	75	0.214	1600	X-RAY DIFFRACTION	99.8807
3.836-4.287	0.199	81	0.186	1450	X-RAY DIFFRACTION	99.8044
4.287-4.947	0.219	79	0.17	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
4.947-6.05	0.267	75	0.22	1089	X-RAY DIFFRACTION	100
6.05-8.519	0.256	51	0.213	884	X-RAY DIFFRACTION	100
8.519-28.212	0.158	28	0.202	515	X-RAY DIFFRACTION	96.2766

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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