PDB-8yes: Crystal structure of adenosylcobinamide kinase / adenosylcobinami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yes

タイトル

Crystal structure of adenosylcobinamide kinase / adenosylcobinamide phosphate guanylyltransferase complexed with adenosylcobinamide-phosphate

要素

Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

キーワード

TRANSFERASE / Biosynthesis of cobalamin / kinase / guanylyltransferase / X-ray crystalligraphy / Methylocapsa palsarum

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylcobinamide kinase activity / adenosylcobinamide kinase / adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase / cobinamide phosphate guanylyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / GTP binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylocapsa palsarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Nam, Y. / Do, H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: A structure-based mechanism of adenosylcobinamide kinase/adenosylcobinamide phosphate guanylyltransferase (MpaCobU) from Methylocapsa palsarum.
著者: Nam, Y. / Ahn, Y.Y. / Kim, B.M. / Kim, K. / Lee, J.H. / Do, H.

履歴

登録	2024年2月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2025年1月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_ref / struct_ref_seq Item: _atom_site.label_entity_id / _cell.Z_PDB ..._atom_site.label_entity_id / _cell.Z_PDB / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yes.cif.gz	234.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yes.ent.gz	183.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yes.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yes_validation.pdf.gz	8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yes_full_validation.pdf.gz	8.1 MB	表示
XML形式データ	8yes_validation.xml.gz	51.3 KB	表示
CIF形式データ	8yes_validation.cif.gz	61.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/8yes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/8yes	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yepC 8yk8C 8ykcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

B: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

C: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

D: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

E: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

F: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

ヘテロ分子

127 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

B: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

C: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.7 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

ヘテロ分子

E: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

ヘテロ分子

F: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.213, 102.922, 129.228
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein 分子量: 19383.207 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylocapsa palsarum (バクテリア) 遺伝子: SAMN05444581_106172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1I3YTB1, adenosylcobinamide kinase, adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE 分子量: 251.242 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.15 M Sodium Chloride, 0.1 M Bis-Tris: HCl, pH 6.5, 1.3 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97942 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→47.964 Å / Num. obs: 41344 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.71 Å / Num. unique obs: 4610 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→47.964 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 13.72 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.741 / ESU R Free: 0.33 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2633	2119	5.13 %
R_work	0.1931	39185	-
all	0.197	-	-
obs	-	41304	99.761 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.423 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.013 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.015 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.964 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8116	0	610	27	8753

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	8894
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	8670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.18	1.729	12230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.223	1.647	19750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.824	5	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.493	19.617	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.774	15	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.102	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10036
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	8109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	4649
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.646	6.768	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.641	6.768	4273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.145	10.143	5332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.145	10.145	5333
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.396	7.318	4619
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.366	7.317	4564
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.386	10.696	6897
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.37	10.689	6814
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.676	129.006	33680
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.675	129.005	33681

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.668	0.314	146	0.285	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.8667
2.668-2.741	0.343	137	0.285	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.7956
2.741-2.82	0.372	156	0.263	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.7565
2.82-2.907	0.316	128	0.248	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.856
2.907-3.002	0.3	147	0.232	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.8892
3.002-3.107	0.294	131	0.225	2492	X-RAY DIFFRACTION	99.8858
3.107-3.224	0.311	131	0.224	2368	X-RAY DIFFRACTION	99.7207
3.224-3.356	0.282	142	0.22	2280	X-RAY DIFFRACTION	99.9175
3.356-3.505	0.298	127	0.195	2214	X-RAY DIFFRACTION	99.872
3.505-3.676	0.28	116	0.193	2141	X-RAY DIFFRACTION	99.8231
3.676-3.874	0.258	97	0.196	2024	X-RAY DIFFRACTION	99.9529
3.874-4.109	0.268	97	0.182	1931	X-RAY DIFFRACTION	99.7541
4.109-4.392	0.216	97	0.15	1799	X-RAY DIFFRACTION	99.8946
4.392-4.743	0.216	122	0.15	1668	X-RAY DIFFRACTION	99.8884
4.743-5.195	0.244	82	0.195	1551	X-RAY DIFFRACTION	99.0898
5.195-5.806	0.244	72	0.208	1428	X-RAY DIFFRACTION	99.4036
5.806-6.7	0.298	89	0.202	1244	X-RAY DIFFRACTION	99.925
6.7-8.197	0.199	45	0.14	1101	X-RAY DIFFRACTION	99.9128
8.197-11.553	0.171	42	0.126	863	X-RAY DIFFRACTION	99.3414
11.553-47.964	0.364	15	0.239	523	X-RAY DIFFRACTION	97.6406

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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