PDB-8yk8: adenosylcobinamide kinase/adenosylcobinamide phosphate guanylyltr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yk8

タイトル

adenosylcobinamide kinase/adenosylcobinamide phosphate guanylyltransferase -C91S

要素

Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

キーワード

TRANSFERASE / C91S mutant / phosphorylation / guanylylation / ping-pong mechanism / ternary complex mechanism

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylcobinamide kinase activity / adenosylcobinamide kinase / adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase / cobinamide phosphate guanylyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / GTP binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylocapsa palsarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Do, H. / Nam, Y.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: A structure-based mechanism of adenosylcobinamide kinase/adenosylcobinamide phosphate guanylyltransferase (MpaCobU) from Methylocapsa palsarum.
著者: Nam, Y. / Ahn, Y.Y. / Kim, B.M. / Kim, K. / Lee, J.H. / Do, H.

履歴

登録	2024年3月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yk8.cif.gz	51.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yk8.ent.gz	33.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yk8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yk8_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yk8_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8yk8_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	8yk8_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/8yk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/8yk8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yepC 8yesC 8ykcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

ヘテロ分子

20.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

ヘテロ分子

A: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

ヘテロ分子

A: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
61.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.970, 60.970, 73.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein 分子量: 20078.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylocapsa palsarum (バクテリア) 遺伝子: SAMN05444581_106172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1I3YTB1, adenosylcobinamide kinase, adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.28 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.49M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.91M Potassium phosphate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→28.169 Å / Num. obs: 24858 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 33.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 1253 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→28.169 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 1.416 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	1273	5.126 %
R_work	0.2049	23561	-
all	0.207	-	-
obs	-	24834	99.968 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.346 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.169 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1316	0	15	87	1418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.905	1.637	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.541	1.579	3041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.365	5	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.251	19.863	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.342	15	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.646	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	676
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	674
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.269	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.988	2.198	694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.977	2.196	693
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.737	3.285	864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.738	3.286	865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.228	2.664	654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.241	2.669	643
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.541	3.851	965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.559	3.855	948
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.857	27.525	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.85	27.312	1436

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.28	75	0.233	1751	X-RAY DIFFRACTION	99.8906
1.539-1.581	0.284	108	0.222	1681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.627	0.259	94	0.209	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.627-1.677	0.212	91	0.191	1593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.677-1.732	0.229	53	0.216	1585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.732-1.793	0.266	98	0.209	1484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.793-1.86	0.228	75	0.205	1435	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.936	0.254	84	0.21	1380	X-RAY DIFFRACTION	100
1.936-2.022	0.249	66	0.213	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.022-2.12	0.229	76	0.209	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.235	0.241	62	0.21	1208	X-RAY DIFFRACTION	100
2.235-2.37	0.231	57	0.203	1170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.534	0.288	49	0.198	1091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.736	0.261	51	0.209	1015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.736-2.996	0.22	53	0.222	919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.996-3.349	0.263	42	0.202	849	X-RAY DIFFRACTION	100
3.349-3.864	0.186	40	0.196	743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.864-4.726	0.236	52	0.185	619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.726-6.657	0.243	31	0.209	493	X-RAY DIFFRACTION	100
6.657-28.169	0.234	16	0.197	277	X-RAY DIFFRACTION	97.9933

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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