PDB-8yjo: Structure of E. coli glycyl radical enzyme PflD with bound malonate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yjo

タイトル

Structure of E. coli glycyl radical enzyme PflD with bound malonate

要素

Probable dehydratase PflD

キーワード

LYASE / Glycyl radical enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Xue, B. / Wei, Y. / Robinson, R.C. / Yew, W.S. / Zhang, Y.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: A Widespread Radical-Mediated Glycolysis Pathway.
著者: Ma, K. / Xue, B. / Chu, R. / Zheng, Y. / Sharma, S. / Jiang, L. / Hu, M. / Xie, Y. / Hu, Y. / Tao, T. / Zhou, Y. / Liu, D. / Li, Z. / Yang, Q. / Chen, Y. / Wu, S. / Tong, Y. / Robinson, R.C. ...

履歴

登録	2024年3月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yjo.cif.gz	328.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yjo.ent.gz	260.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yjo_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yjo_full_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示
XML形式データ	8yjo_validation.xml.gz	68.6 KB	表示
CIF形式データ	8yjo_validation.cif.gz	96.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/8yjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/8yjo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8id0C 8id7C 8yjnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable dehydratase PflD

B: Probable dehydratase PflD

ヘテロ分子

176 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable dehydratase PflD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
87.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable dehydratase PflD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
87.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.296, 127.662, 89.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Probable dehydratase PflD 分子量: 87748.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: pflD, yijL, b3951, JW3923 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P32674, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1052 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M TRIS pH 8.5, 1M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30.02 Å / Num. obs: 153436 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 0.49 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 541161
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / % possible obs: 74.1 % / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.744 / Num. measured all: 13620 / Num. unique obs: 5811 / CC_1/2: 0.472 / R_pim(I) all: 0.633 / R_rim(I) all: 0.984 / Χ²: 0.46 / Net I/σ(I) obs: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→30.02 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2023	7619	4.97 %
R_work	0.1702	-	-
obs	0.1718	153383	96.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12082	0	14	1052	13148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	12332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.876	16702
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.867	1678
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1862
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2194

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3509	177	0.3037	3628	X-RAY DIFFRACTION	72
1.82-1.85	0.3224	201	0.2921	3914	X-RAY DIFFRACTION	79
1.85-1.87	0.2921	217	0.2771	4290	X-RAY DIFFRACTION	84
1.87-1.89	0.3072	231	0.264	4352	X-RAY DIFFRACTION	88
1.89-1.92	0.2908	191	0.2419	4626	X-RAY DIFFRACTION	91
1.92-1.94	0.2603	272	0.2284	4691	X-RAY DIFFRACTION	95
1.94-1.97	0.2415	264	0.2124	4876	X-RAY DIFFRACTION	98
1.97-2	0.2357	258	0.1994	5026	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.2464	265	0.188	4998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.2152	292	0.1864	5005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.215	262	0.1837	4984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.14	0.235	240	0.1784	5023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.18	0.2089	238	0.177	5051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2101	297	0.1677	4962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2288	248	0.1657	5000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.2047	270	0.1639	5017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.1983	244	0.162	5010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.45	0.2046	272	0.1663	5033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.52	0.2221	275	0.1722	5003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6	0.2215	272	0.1857	5021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.2192	272	0.1832	4984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.2216	252	0.1891	5035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.93	0.2274	246	0.1894	5015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.08	0.2068	271	0.1825	5025	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.28	0.1995	236	0.1663	5069	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.53	0.183	263	0.1426	5008	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.88	0.1486	270	0.1333	5036	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.44	0.1475	249	0.119	5043	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.59	0.147	287	0.1316	5024	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-30.02	0.1579	287	0.1437	5015	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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