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- PDB-8id7: Crystal structure of YbiW in complex with 1,5-anhydroglucitol-6-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8id7
タイトルCrystal structure of YbiW in complex with 1,5-anhydroglucitol-6-phosphate in Escherichia coli
要素Probable dehydratase YbiW
キーワードLYASE / glycyl radical enzyme / YbiW / 1 / 5-anhydroglucitol-6-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycyl radical enzyme, PFL2/glycerol dehydratase family / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,5-anhydro-6-O-phosphono-D-glucitol / Probable dehydratase YbiW
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Ma, K.L. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: A Widespread Radical-Mediated Glycolysis Pathway.
著者: Ma, K. / Xue, B. / Chu, R. / Zheng, Y. / Sharma, S. / Jiang, L. / Hu, M. / Xie, Y. / Hu, Y. / Tao, T. / Zhou, Y. / Liu, D. / Li, Z. / Yang, Q. / Chen, Y. / Wu, S. / Tong, Y. / Robinson, R.C. ...著者: Ma, K. / Xue, B. / Chu, R. / Zheng, Y. / Sharma, S. / Jiang, L. / Hu, M. / Xie, Y. / Hu, Y. / Tao, T. / Zhou, Y. / Liu, D. / Li, Z. / Yang, Q. / Chen, Y. / Wu, S. / Tong, Y. / Robinson, R.C. / Yew, W.S. / Jin, X. / Liu, Y. / Zhao, H. / Ang, E.L. / Wei, Y. / Zhang, Y.
履歴
登録2023年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable dehydratase YbiW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3012
ポリマ－90,0571
非ポリマー2441
水2,972165
1
A: Probable dehydratase YbiW
ヘテロ分子

A: Probable dehydratase YbiW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,6024
ポリマ－180,1142
非ポリマー4882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_454-x-1/2,y,-z-1/21
Buried area2530 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area50880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.480, 207.170, 208.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 Probable dehydratase YbiW


分子量: 90056.977 Da / 分子数: 1 / 変異: E114A, E115A, K117A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: ybiW, b0823, JW0807 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P75793, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 糖 ChemComp-0WK / 1,5-anhydro-6-O-phosphono-D-glucitol / 1,5-アンヒドロ-D-グルシト-ル6-りん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 244.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
D-1-deoxy-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1M Tris, pH 8.0, 25% (w/v) PEG3350, 10 mM 1,5-anhydroglucitol-6-phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→57.27 Å / Num. obs: 36549 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.211 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 232578
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.589 / Num. measured all: 18068 / Num. unique obs: 2668 / CC1/2: 0.618 / Rpim(I) all: 0.66 / Rrim(I) all: 1.722 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I) obs: 1.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
xia2データ削減
PHENIX1.14精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→46.482 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2837 1947 5.46 %
Rwork0.2227 --
obs0.226 35659 97.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→46.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6264 0 15 165 6444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0088707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.6673826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051972
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071140
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.71630.42321250.35442258X-RAY DIFFRACTION92
2.7163-2.78970.46321260.3492270X-RAY DIFFRACTION94
2.7897-2.87180.40631360.33652284X-RAY DIFFRACTION94
2.8718-2.96450.42631440.31632346X-RAY DIFFRACTION96
2.9645-3.07040.34021360.29582362X-RAY DIFFRACTION96
3.0704-3.19330.38851380.29532394X-RAY DIFFRACTION98
3.1933-3.33860.37381360.27942407X-RAY DIFFRACTION98
3.3386-3.51460.30961450.25592448X-RAY DIFFRACTION99
3.5146-3.73470.28991380.23352439X-RAY DIFFRACTION99
3.7347-4.02290.31380.21322441X-RAY DIFFRACTION99
4.0229-4.42750.23691470.1892487X-RAY DIFFRACTION100
4.4275-5.06750.23541410.172484X-RAY DIFFRACTION100
5.0675-6.38190.22311450.18972496X-RAY DIFFRACTION100
6.3819-46.4820.20981520.16512596X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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