PDB-8yh4: Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yh4

タイトル

Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) in complex with chitosanbiose (GlcN)2

要素

NodB homology domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Vibrio campbellii / Chito oligosaccharide deacetylase / Deacetylase Enzyme / CE4 family member

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.128 Å

データ登録者

Sirikan, P. / Tamo, F. / Robinson, R.C. / Wipa, S.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structure and loop dynamics of a chitooligosaccharide deacetylase from the marine bacterium Vibrio campbellii (harveyi).
著者: Pongnan, S. / Robinson, R.C. / Lampela, O. / Juffer, A. / Fukamizo, T. / Suginta, W.

履歴

登録	2024年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / reflns Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yh4.cif.gz	657.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yh4.ent.gz	543.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8yh4_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yh4_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8yh4_validation.xml.gz	80.8 KB	表示
CIF形式データ	8yh4_validation.cif.gz	111.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yh4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8yfpC 9jenC 9jeoC 9jt0C 9jt8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NodB homology domain-containing protein

B: NodB homology domain-containing protein

C: NodB homology domain-containing protein

D: NodB homology domain-containing protein

ヘテロ分子

180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NodB homology domain-containing protein

B: NodB homology domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
89.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NodB homology domain-containing protein

D: NodB homology domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.894, 118.458, 252.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

NodB homology domain-containing protein / Chito oligosaccharide deacetylase

分子量: 44522.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (バクテリア)
遺伝子: VIBHAR_03626 / 発現宿主:

Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: A7MSF4

#2: 多糖

2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 340.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNb1-4DGlcpNb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*N]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpN]{[(4+1)][b-D-GlcpN]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION

分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.90003 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.90003 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.128→50 Å / Num. obs: 5768039 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.972 / CC star: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_pim(I) all: 0.091 / R_rim(I) all: 0.231 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.13-2.17	6.3	0.21	5090	0.973	0.993	0.09	0.229	0.865	99.3
2.17-2.21	6.7	0.183	5024	0.981	0.995	0.076	0.198	0.889	98.9
2.21-2.25	6.9	0.161	5101	0.986	0.997	0.066	0.174	0.863	99.5
2.25-2.29	7.1	0.154	5052	0.988	0.997	0.062	0.166	0.899	99.2
2.29-2.34	7.1	0.135	5108	0.99	0.998	0.054	0.145	0.892	99.1
2.34-2.4	7.2	0.119	5053	0.992	0.998	0.047	0.128	0.871	100
2.4-2.46	7.3	0.105	5096	0.994	0.998	0.041	0.113	0.876	99.3
2.46-2.53	7.3	0.097	5128	0.994	0.999	0.038	0.104	0.864	99.9
2.53-2.6	7.4	0.084	5079	0.995	0.999	0.033	0.09	0.866	99.5
2.6-2.68	7.4	0.071	5122	0.996	0.999	0.028	0.076	0.85	99.6
2.68-2.78	7.4	0.063	5145	0.996	0.999	0.024	0.067	0.868	99.7
2.78-2.89	7.4	0.052	5154	0.997	0.999	0.02	0.056	0.891	100
2.89-3.02	7.4	0.044	5119	0.998	1	0.017	0.048	0.903	99.8
3.02-3.18	7.4	0.036	5152	0.998	1	0.014	0.039	0.855	99.9
3.18-3.38	7.4	0.029	5186	0.999	1	0.011	0.031	0.771	99.9
3.38-3.64	7.4	0.024	5163	0.999	1	0.009	0.025	0.761	99.9
3.64-4.01	7.3	0.023	5227	0.999	1	0.009	0.024	0.836	99.9
4.01-4.59	7.3	0.02	5244	0.999	1	0.008	0.021	0.799	99.8
4.59-5.78	7.2	0.018	5297	0.999	1	0.007	0.019	0.623	99.9
5.78-50	6.8	0.017	5476	0.999	1	0.007	0.019	0.637	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2-3874-000)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.128→24.887 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1824	8524	4.96 %
R_work	0.1507	-	-
obs	0.1523	171802	86.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.128→24.887 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12551	0	103	1400	14054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	13027
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.553	17894
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.628	7523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1972
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1281-2.1523	0.2207	173	0.1777	3175	X-RAY DIFFRACTION	50
2.1523-2.1776	0.1872	173	0.1673	3321	X-RAY DIFFRACTION	53
2.1776-2.2042	0.1578	162	0.1578	3421	X-RAY DIFFRACTION	55
2.2042-2.232	0.2065	168	0.1602	3628	X-RAY DIFFRACTION	57
2.232-2.2614	0.1813	180	0.1566	3722	X-RAY DIFFRACTION	59
2.2614-2.2924	0.2044	219	0.1507	3922	X-RAY DIFFRACTION	63
2.2924-2.3251	0.1849	225	0.1459	4205	X-RAY DIFFRACTION	67
2.3251-2.3598	0.2034	235	0.1477	4440	X-RAY DIFFRACTION	71
2.3598-2.3966	0.174	235	0.1443	4750	X-RAY DIFFRACTION	76
2.3966-2.4359	0.2011	262	0.1471	5161	X-RAY DIFFRACTION	82
2.4359-2.4778	0.1937	319	0.1536	5436	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4778-2.5228	0.1984	284	0.1555	5847	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5228-2.5713	0.1933	358	0.1565	5932	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5713-2.6238	0.2111	340	0.1587	6207	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6238-2.6807	0.1996	290	0.1572	6218	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6807-2.743	0.2142	368	0.1674	6271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.743-2.8115	0.1954	300	0.1636	6208	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8115-2.8874	0.2025	323	0.166	6360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8874-2.9723	0.1829	311	0.1749	6192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9723-3.068	0.2109	363	0.1761	6210	X-RAY DIFFRACTION	100
3.068-3.1775	0.2021	320	0.167	6294	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1775-3.3044	0.1924	320	0.1644	6258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3044-3.4544	0.1886	332	0.1541	6230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4544-3.6361	0.1816	283	0.142	6310	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6361-3.8631	0.1505	314	0.137	6305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8631-4.1601	0.1623	349	0.1311	6230	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1601-4.5764	0.1671	336	0.12	6266	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5764-5.2332	0.146	290	0.1271	6272	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2332-6.5732	0.1814	360	0.1566	6242	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6025	-0.1268	0.0484	1.2561	-0.0637	1.3232	0.0217	-0.2062	-0.0692	0.3286	0.017	-0.0117	0.0029	0.012	0.0065	0.1699	-0.0159	-0.033	0.0776	0.0448	0.1194	13.3679	-16.7869	-42.9261
2	0.8512	-0.6958	-0.0362	1.7793	0.4941	0.1775	0.0785	-0.6419	-0.4624	0.984	-0.1519	-0.0937	0.1693	-0.0523	0.039	0.4012	-0.1119	-0.0936	0.3141	0.2077	0.3125	10.1518	-28.2478	-42.0016
3	0.9049	0.0702	0.2071	0.9772	0.093	0.3447	0.0402	0.0025	-0.2188	0.0462	0.0205	0.0118	0.1513	-0.0203	0.0026	0.1194	-0.0066	-0.0221	0.0997	0.0087	0.1661	9.2881	-23.7249	-57.5851
4	0.5633	0.4405	0.0256	1.3418	1.0076	0.985	-0.0596	0.0039	0.2604	-0.2295	-0.1089	0.6687	-0.2664	-0.3023	-0.0345	0.1039	0.0265	-0.0203	0.1775	0.0093	0.3271	-7.4714	1.7282	-62.142
5	0.5111	0.1613	-0.0185	0.5769	0.2663	0.1671	0.0291	0.0763	0.163	-0.0758	-0.0208	0.1635	-0.1048	-0.0944	-0.0004	0.1274	0.0235	0.0051	0.107	-0.0175	0.173	11.7391	21.9431	-53.6659
6	0.3708	0.0621	0.0831	0.3247	-0.0363	0.1112	0.0184	-0.2777	0.0643	0.2783	0.0131	0.1819	-0.1158	-0.1006	-0.0022	0.1778	-0.0139	0.0118	0.1477	-0.0108	0.1167	12.7105	15.0173	-43.642
7	0.5157	-0.1384	-0.0806	0.3748	-0.0249	0.0434	0.0184	-0.4411	-0.044	0.4238	0.083	-0.0713	0.0318	0.0104	0.0352	0.2556	-0.0176	-0.0776	0.2554	0.0015	0.1719	24.0628	10.2845	-39.3552
8	0.2464	-0.091	0.0344	0.0488	-0.0303	0.0592	-0.0536	-0.1994	-0.2095	0.102	-0.0021	-0.0037	0.0376	-0.0053	-0.0014	0.1442	-0.0111	-0.029	0.1344	0.0097	0.1855	16.3618	9.6622	-54.4673
9	0.1997	-0.1359	-0.4583	0.5448	0.2328	1.8975	-0.019	-0.1662	0.0839	0.1416	0.0524	-0.3353	-0.2141	0.5357	-0.0019	0.144	-0.0112	-0.0855	0.1936	-0.0252	0.2819	36.114	13.8159	-51.1851
10	0.6554	-0.1015	-0.4286	0.2989	-0.4099	1.0542	0.1479	-0.346	0.3278	0.511	-0.0552	-0.3329	-0.3778	0.1762	0.0776	0.2784	-0.0572	-0.0305	0.2326	-0.0812	0.2524	23.8213	26.5431	-51.0454
11	0.6486	0.2019	0.23	0.5434	-0.2589	0.3753	-0.0168	0.0223	0.1995	0.0621	0.0266	-0.1376	-0.1775	0.02	-0.0021	0.1999	-0.0096	-0.0153	0.1007	-0.0226	0.2059	21.0836	28.1409	-57.3756
12	0.2026	0.0626	-0.167	0.2009	0.1268	0.2792	-0.0119	0.0511	0.0394	-0.1076	-0.0182	-0.0149	-0.0632	-0.0732	-0	0.1339	0.0054	-0.0368	0.1137	-0.0002	0.1356	17.4355	5.1496	-72.2821
13	0.4705	0.3157	0.1021	0.9549	-0.4458	0.3855	-0.0398	0.0747	-0.1373	-0.1969	0.0245	-0.3358	0.1677	0.1756	-0.0137	0.1109	0.0186	-0.01	0.1103	-0.0081	0.2344	35.315	-8.882	-67.9587
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16	0.4769	0.3188	-0.0182	0.4047	-0.2031	0.2187	0.0287	0.1561	-0.1631	-0.0421	0.002	-0.1524	-0.1318	0.1388	-0.0702	0.2053	-0.0198	-0.0355	0.1825	-0.0647	0.1166	20.5995	9.8033	-111.0088
17	0.3682	0.5498	-0.3931	0.8685	-0.4978	0.9257	-0.1215	0.1754	0.2536	-0.1244	0.1814	0.3049	-0.3506	-0.4239	0.1012	0.2776	-0.0038	-0.0762	0.2408	-0.0131	0.2114	3.1911	17.9246	-117.4803
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23	0.5619	0.2171	-0.0268	0.7862	-0.009	0.2939	-0.0578	0.3753	-0.0223	-0.195	0.1381	-0.0339	-0.1061	0.1152	0.051	0.1913	-0.0466	0.0219	0.352	-0.1004	0.181	29.0344	-6.6266	-130.91
24	0.6136	0.2686	-0.1774	0.736	-0.6148	1.2717	-0.1258	0.2906	-0.2361	-0.0744	-0.0046	-0.261	0.0677	0.3231	-0.9507	0.145	-0.06	0.0261	0.4372	-0.1924	0.2175	42.2433	-8.5856	-126.5872
25	0.1313	-0.2392	0.2553	1.7986	-0.2498	0.6025	0.0027	0.8163	-0.2443	-0.575	-0.1009	-0.048	0.1179	0.1663	-0.2773	0.3057	0.0038	0.0116	0.6694	-0.2588	0.3416	29.7532	-20.7441	-136.8952
26	0.3061	0.0846	-0.1632	0.3467	0.0329	0.7476	-0.1459	0.3319	-0.3993	-0.2756	0.0454	-0.0049	0.1454	0.0179	-0.7135	0.1618	0.0109	0.0263	0.3847	-0.365	0.3702	30.3689	-24.6675	-131.29
27	0.0125	0.0127	0.0363	0.1756	0.111	0.1108	-0.0054	0.1093	-0.0675	-0.2094	0.0195	-0.0033	-0.0155	0.0038	0.0717	0.2794	-0.1199	-0.0146	0.4282	-0.6442	0.5323	17.7692	-30.3939	-138.3356
28	0.0282	-0.0007	-0.0142	0.1273	0.093	0.0668	-0.0001	0.0738	-0.3781	0.1598	0.0051	0.0526	0.1918	-0.0264	-0.0022	0.1938	-0.0035	0.0194	0.2157	-0.0574	0.3331	22.011	-21.8746	-110.0484
29	0.0599	-0.0718	0.0273	0.1942	0.0948	0.1554	-0.0451	0.0264	-0.0727	0.1609	0.1551	0.1714	0.1132	-0.0576	0.0113	0.1652	0.0068	0.0173	0.2328	-0.0146	0.2341	25.6663	-12.3321	-101.7821
30	0.0693	-0.0909	0.0238	0.4237	-0.1296	0.0422	-0.0567	-0.1821	0.0641	0.4684	-0.036	-0.262	-0.2128	0.2604	0.0012	0.2073	-0.0145	-0.021	0.3328	-0.0811	0.2351	40.8786	-4.023	-101.2011

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 195 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 196 through 223 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 224 through 365 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 366 through 405 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 42 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 43 through 79 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 80 through 123 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 124 through 150 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 151 through 196 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 197 through 223 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 224 through 298 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 299 through 365 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 366 through 405 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 2 through 80 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 81 through 123 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 124 through 150 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 151 through 196 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 197 through 223 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 224 through 339 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 340 through 365 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 366 through 405 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 2 through 63 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 64 through 170 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 171 through 196 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 197 through 223 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 224 through 280 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 281 through 298 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 299 through 339 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 340 through 365 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 366 through 405 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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