PDB-9jen: Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jen

タイトル

Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) complex Tetraacetyl-Chitotetraose Oligosaccharide (GlcNAc)4

要素

NodB homology domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Vibrio campbellii / Chito oligosaccharide deacetylase / Deacetylase Enzyme / CE4 family member

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Sirikan, P. / Tamo, F. / Robinson, R.C. / Wipa, S.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structure and loop dynamics of a chitooligosaccharide deacetylase from the marine bacterium Vibrio campbellii (harveyi).
著者: Pongnan, S. / Robinson, R.C. / Lampela, O. / Juffer, A. / Fukamizo, T. / Suginta, W.

履歴

登録	2024年9月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jen.cif.gz	357.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jen.ent.gz	288.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jen_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jen_full_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示
XML形式データ	9jen_validation.xml.gz	43.7 KB	表示
CIF形式データ	9jen_validation.cif.gz	62.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/9jen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/9jen	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yfpC 8yh4C 9jeoC 9jt0C 9jt8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NodB homology domain-containing protein

B: NodB homology domain-containing protein

ヘテロ分子

90 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NodB homology domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NodB homology domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.343, 102.927, 77.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.04, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質

NodB homology domain-containing protein / Chito oligosaccharide deacetylase

分子量: 44522.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (バクテリア)
遺伝子: VIBHAR_03626 / 発現宿主:

Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: A7MSF4

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 585.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2N]/1-2-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpN]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 768分子

#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Sodium iodide, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% W/V PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.97622 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97622 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 103025 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.831 / CC star: 0.953 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.78-1.82	3.4	0.854	5037	0.833	0.953	0.271	0.519	0.843	96.2
1.82-1.86	3.4	0.359	5070	0.879	0.967	0.22	0.422	0.848	95.7
1.86-1.9	3.5	0.28	5061	0.919	0.979	0.171	0.329	0.863	96.3
1.9-1.96	3.5	0.22	5134	0.947	0.986	0.134	0.259	0.885	96.8
1.96-2.01	3.5	0.173	5157	0.964	0.991	0.105	0.203	0.9	97
2.01-2.08	3.5	0.134	5107	0.978	0.994	0.082	0.157	0.911	97.1
2.08-2.15	3.5	0.11	5156	0.984	0.996	0.067	0.129	0.915	97.5
2.15-2.24	3.5	0.088	5204	0.987	0.997	0.054	0.104	0.92	98.1
2.24-2.34	3.6	0.076	5192	0.989	0.997	0.046	0.089	0.904	98.3
2.34-2.46	3.6	0.064	5241	0.991	0.998	0.039	0.075	0.906	98.9
2.46-2.62	3.7	0.054	5255	0.993	0.998	0.032	0.063	0.859	99.2
2.62-2.82	3.8	0.048	5256	0.993	0.998	0.029	0.056	0.89	99.5
2.82-3.11	3.8	0.04	5290	0.996	0.999	0.024	0.046	0.838	99.5
3.11-3.55	3.8	0.035	5301	0.996	0.999	0.021	0.041	0.806	99.4
3.55-4.48	3.8	0.032	5314	0.997	0.999	0.019	0.037	0.729	99.8
4.48-50	3.7	0.03	5324	0.997	0.999	0.018	0.035	0.606	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
iMOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→29.06 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1975	4813	5.09 %
R_work	0.1694	-	-
obs	0.1708	94523	89.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6262	0	56	761	7079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6495
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.793	8910
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.246	2234
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	977
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1173

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.2571	61	0.232	1069	X-RAY DIFFRACTION	32
1.67-1.69	0.2558	67	0.2396	1335	X-RAY DIFFRACTION	40
1.69-1.71	0.2988	79	0.2244	1604	X-RAY DIFFRACTION	48
1.71-1.73	0.2572	111	0.2341	1987	X-RAY DIFFRACTION	60
1.73-1.76	0.269	129	0.2351	2467	X-RAY DIFFRACTION	74
1.76-1.78	0.263	150	0.2348	2839	X-RAY DIFFRACTION	83
1.78-1.81	0.2265	145	0.2267	2979	X-RAY DIFFRACTION	90
1.81-1.83	0.2802	167	0.2202	3060	X-RAY DIFFRACTION	91
1.83-1.86	0.2383	197	0.204	3122	X-RAY DIFFRACTION	94
1.86-1.89	0.2275	172	0.1962	3193	X-RAY DIFFRACTION	95
1.89-1.92	0.2291	173	0.1914	3203	X-RAY DIFFRACTION	97
1.92-1.96	0.1895	182	0.1873	3234	X-RAY DIFFRACTION	96
1.96-2	0.2161	153	0.1796	3254	X-RAY DIFFRACTION	97
2-2.04	0.2095	187	0.1714	3231	X-RAY DIFFRACTION	97
2.04-2.08	0.2094	197	0.1703	3242	X-RAY DIFFRACTION	97
2.08-2.13	0.1718	178	0.1661	3252	X-RAY DIFFRACTION	98
2.13-2.18	0.2238	168	0.1693	3260	X-RAY DIFFRACTION	98
2.18-2.24	0.1885	164	0.1617	3331	X-RAY DIFFRACTION	98
2.24-2.31	0.21	163	0.1672	3307	X-RAY DIFFRACTION	98
2.31-2.38	0.2116	179	0.1684	3293	X-RAY DIFFRACTION	99
2.38-2.47	0.2101	188	0.1694	3306	X-RAY DIFFRACTION	99
2.47-2.57	0.2062	177	0.1763	3317	X-RAY DIFFRACTION	99
2.57-2.68	0.2055	177	0.1694	3336	X-RAY DIFFRACTION	99
2.68-2.82	0.1896	199	0.1751	3309	X-RAY DIFFRACTION	99
2.82-3	0.1885	175	0.1648	3344	X-RAY DIFFRACTION	99
3-3.23	0.1998	186	0.1699	3353	X-RAY DIFFRACTION	99
3.23-3.56	0.2029	154	0.1554	3372	X-RAY DIFFRACTION	99
3.56-4.07	0.159	165	0.1412	3374	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-5.12	0.151	181	0.132	3382	X-RAY DIFFRACTION	100
5.13-29.06	0.1675	189	0.1641	3355	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -8.708 Å / Origin y: 23.4211 Å / Origin z: 12.5503 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0309 Å²	0.0151 Å²	0.0023 Å²	-	0.025 Å²	0.0248 Å²	-	-	0.0357 Å²
L	1.0969 °²	0.3914 °²	-0.0702 °²	-	1.1568 °²	0.3103 °²	-	-	0.7097 °²
S	0.0464 Å °	-0.0316 Å °	-0.0057 Å °	0.1083 Å °	-0.0511 Å °	0.0543 Å °	0.0737 Å °	-0.0333 Å °	0.0016 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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