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Yorodumi- PDB-8yh4: Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8yh4 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) in complex with chitosanbiose (GlcN)2 | ||||||
Components | NodB homology domain-containing protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Vibrio campbellii / Chito oligosaccharide deacetylase / Deacetylase Enzyme / CE4 family member | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationhydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.128 Å | ||||||
Authors | Sirikan, P. / Tamo, F. / Robinson, R.C. / Wipa, S. | ||||||
| Funding support | Thailand, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2025Title: Structure and loop dynamics of a chitooligosaccharide deacetylase from the marine bacterium Vibrio campbellii (harveyi). Authors: Pongnan, S. / Robinson, R.C. / Lampela, O. / Juffer, A. / Fukamizo, T. / Suginta, W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 8yh4.cif.gz | 657.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8yh4.ent.gz | 543.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8yh4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8yh4_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8yh4_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
| Data in XML | 8yh4_validation.xml.gz | 80.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 8yh4_validation.cif.gz | 111.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/8yh4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8yfpC ![]() 9jenC ![]() 9jeoC ![]() 9jt0C ![]() 9jt8C C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 44522.875 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (bacteria)Gene: VIBHAR_03626 / Production host: ![]() #2: Polysaccharide | 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.91 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 277 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: TPS 05A / Wavelength: 0.90003 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 20, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.90003 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.128→50 Å / Num. obs: 5768039 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.2 % / CC1/2: 0.972 / CC star: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.231 / Net I/σ(I): 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.128→24.887 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.74 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.128→24.887 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Thailand, 1items
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