PDB-8ydw: Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Om...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ydw

タイトル

Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Omicron XBB.1.5 variant spike protein in complex with CeSPIACE

要素

SARS-CoV-2 inhibiting peptide CeSPIACE
Spike protein S1

キーワード

VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / RBD / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Nakamura, S. / Numoto, N. / Fujiyoshi, Y.

資金援助

日本, 2件

組織	認可番号	国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP21fk0108462, JP21fk0108585, JP21ae0121028, JP18ae0101046	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20H00451	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of a short-peptide inhibiting any SARS-CoV-2 variants based on structural biology
著者: Nakamura, S. / Tanimura, Y. / Nomura, R. / Suzuki, H. / Nishikawa, K. / Kamegawa, A. / Numoto, N. / Tanaka, A. / Kawabata, S. / Sakaguchi, S. / Emi, A. / Suzuki, Y. / Fujiyoshi, Y.

履歴

登録	2024年2月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ydw.cif.gz	66.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ydw.ent.gz	45.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ydw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ydw_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ydw_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	8ydw_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	8ydw_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/8ydw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/8ydw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	39184C 39185C 39186C 8ydpC 8ydqC 8ydrC 8ydsC 8ydtC 8yduC 8ydvC 8ydxC 8ydyC 8ydzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SARS-CoV-2 inhibiting peptide CeSPIACE

B: Spike protein S1

ヘテロ分子

31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.760, 74.760, 100.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質・ペプチド	SARS-CoV-2 inhibiting peptide CeSPIACE 分子量: 4721.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質	Spike protein S1 分子量: 26204.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES (pH 9.5), 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 34940 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.09
反射シェル	解像度: 1.72→1.82 Å / Num. unique obs: 5379 / CC_1/2: 0.702

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→39.622 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2538	1111	4.963 %
R_work	0.223	21276	-
all	0.225	-	-
obs	-	22387	99.893 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.885 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.838 Å²	1.419 Å²	0 Å²
2-	-	2.838 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-9.206 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.622 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1889	0	7	73	1969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.346	1.648	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.769	1.569	4078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.284	5	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.672	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.127	10	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.776	10	95
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.041	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.061	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.734	6.622	942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.732	6.622	942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.813	11.864	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.809	11.866	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.099	7.019	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.082	7.015	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.609	12.709	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.606	12.71	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.858	63.679	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.848	63.698	2217

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.308	80	0.407	1543	0.402	1623	0.801	0.822	100	0.369
2.052-2.108	0.319	77	0.389	1492	0.385	1573	0.825	0.844	99.7457	0.355
2.108-2.169	0.385	80	0.346	1477	0.348	1558	0.865	0.885	99.9358	0.305
2.169-2.235	0.375	72	0.33	1419	0.333	1492	0.915	0.913	99.933	0.299
2.235-2.308	0.269	72	0.274	1392	0.274	1464	0.922	0.94	100	0.246
2.308-2.389	0.298	70	0.254	1336	0.256	1407	0.929	0.95	99.9289	0.229
2.389-2.479	0.291	70	0.253	1303	0.255	1374	0.944	0.955	99.9272	0.229
2.479-2.58	0.267	62	0.235	1239	0.236	1305	0.947	0.962	99.6935	0.213
2.58-2.694	0.258	63	0.221	1196	0.223	1260	0.959	0.964	99.9206	0.207
2.694-2.825	0.333	62	0.231	1150	0.235	1212	0.932	0.963	100	0.22
2.825-2.977	0.284	60	0.246	1100	0.248	1160	0.955	0.96	100	0.233
2.977-3.156	0.289	56	0.246	1040	0.249	1096	0.945	0.958	100	0.244
3.156-3.373	0.322	50	0.246	969	0.25	1019	0.926	0.963	100	0.236
3.373-3.641	0.232	49	0.23	926	0.23	975	0.957	0.969	100	0.233
3.641-3.985	0.33	42	0.209	846	0.214	892	0.935	0.974	99.5516	0.222
3.985-4.45	0.196	41	0.181	775	0.182	817	0.972	0.979	99.8776	0.206
4.45-5.127	0.197	33	0.175	696	0.176	730	0.972	0.983	99.863	0.204
5.127-6.253	0.182	32	0.197	598	0.196	630	0.98	0.98	100	0.239
6.253-8.735	0.221	24	0.184	468	0.186	492	0.976	0.979	100	0.224
8.735-39.622	0.191	16	0.176	303	0.177	321	0.975	0.977	99.3769	0.225

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)