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- PDB-8ydm: Cryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ydm
タイトルCryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus
要素
  • (Light-harvesting protein B-808/866 ...) x 2
  • (Reaction center protein ...) x 2
  • Cytochrome c-554
  • hypothetical protein chain N
キーワードPHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Multiheme cytochrome c family profile. ...: / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Multiheme cytochrome c family profile. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, L subunit / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Chem-MQE / Chem-PGV / gamma-Carotene / Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain / Reaction center protein M chain / Light-harvesting protein B-808/866 beta chain ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Chem-MQE / Chem-PGV / gamma-Carotene / Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain / Reaction center protein M chain / Light-harvesting protein B-808/866 beta chain / Reaction center protein L chain / Cytochrome c-554
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Guoqiang, H. / Shishang, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of a minimal reaction center-light-harvesting complex from the phototrophic bacterium Chloroflexus aurantiacus.
著者: Guoqiang Huang / Shishang Dong / Lin Ma / Lin Li / Jinxin Ju / Mei-Jiao Wang / Jian-Ping Zhang / Sen-Fang Sui / Xiaochun Qin /
要旨: Photosynthetic organisms have developed various light-harvesting antenna systems to capture light and transfer energy to reaction centers (RCs). Simultaneous utilization of the integral membrane ...Photosynthetic organisms have developed various light-harvesting antenna systems to capture light and transfer energy to reaction centers (RCs). Simultaneous utilization of the integral membrane light-harvesting antenna (LH complex) and the extrinsic antenna (chlorosomes) makes the phototrophic bacterium Chloroflexus (Cfx.) aurantiacus an ideal model for studying filamentous anoxygenic phototrophs (FAPs). Here, we determined the structure of a minimal RC-LH photocomplex from Cfx. aurantiacus J-10-fl (CaRC-LH) at 3.05-Å resolution. The CaRC-LH binds only to seven LH subunits, which form a crescent-shaped antenna surrounding the movable menaquinone-10 (Q) binding site of CaRC. In this complex with minimal LH units, an extra antenna is required to ensure sufficient light-gathering, providing a clear explanation for the presence of chlorosomes in Cfx. aurantiacus. More importantly, the semicircle of the antenna represents a novel RC-LH assembly pattern. Our structure provides a basis for understanding the existence of chlorosomes in Cfx. aurantiacus and the possible assembly pattern of RC-LH.
履歴
登録2024年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain
B: Light-harvesting protein B-808/866 beta chain
C: Cytochrome c-554
D: Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain
E: Light-harvesting protein B-808/866 beta chain
F: Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain
G: Light-harvesting protein B-808/866 beta chain
H: Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain
I: Light-harvesting protein B-808/866 beta chain
J: Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain
K: Light-harvesting protein B-808/866 beta chain
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
N: hypothetical protein chain N
O: Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain
P: Light-harvesting protein B-808/866 beta chain
Q: Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain
R: Light-harvesting protein B-808/866 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,99566
ポリマ－210,35918
非ポリマー36,63648
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Light-harvesting protein B-808/866 ... , 2種, 14分子 ADFHJOQBEGIKPR

#1: タンパク質
Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain / Antenna pigment protein alpha chain / Bacteriochlorophyll a-binding protein


分子量: 6202.317 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
株: J-10-fl / 参照: UniProt: P07503
#2: タンパク質
Light-harvesting protein B-808/866 beta chain / Antenna pigment protein beta chain / Bacteriochlorophyll a-binding protein


分子量: 6327.378 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
株: J-10-fl / 参照: UniProt: P09927

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CN

#3: タンパク質 Cytochrome c-554 / Cytochrome c554


分子量: 45625.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
株: J-10-fl / 参照: UniProt: P33325
#6: タンパク質 hypothetical protein chain N


分子量: 6865.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

-
Reaction center protein ... , 2種, 2分子 LM

#4: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 35173.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
株: J-10-fl / 参照: UniProt: P11695
#5: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34987.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
株: J-10-fl / 参照: UniProt: P09438

-
非ポリマー , 7種, 48分子

#7: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#8: 化合物
ChemComp-U4Z / gamma-Carotene / 2-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E},19~{E})-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,3-trimethyl-cyclohexene


分子量: 536.873 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#9: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#10: 化合物 ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#11: 化合物 ChemComp-MQE / 2-methyl-3-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E,30E,34E,38E)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39,43-undecamethyltetratetraconta-2,6,10,1 4,18,22,26,30,34,38,42-undecaen-1-yl]naphthalene-1,4-dione / Menaquinone 11


分子量: 921.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C66H96O2
#12: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A


分子量: 889.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#13: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 粒子像の数: 36181 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.05 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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