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- EMDB-39177: Cryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39177
タイトルCryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 7種
キーワードPHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding ...organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit ...: / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, L subunit / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain / Reaction center protein M chain / Light-harvesting protein B-808/866 beta chain / Reaction center protein L chain / Cytochrome c-554
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Guoqiang H / Shishang D
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of a minimal reaction center-light-harvesting complex from the phototrophic bacterium Chloroflexus aurantiacus.
著者: Guoqiang Huang / Shishang Dong / Lin Ma / Lin Li / Jinxin Ju / Mei-Jiao Wang / Jian-Ping Zhang / Sen-Fang Sui / Xiaochun Qin /
要旨: Photosynthetic organisms have developed various light-harvesting antenna systems to capture light and transfer energy to reaction centers (RCs). Simultaneous utilization of the integral membrane ...Photosynthetic organisms have developed various light-harvesting antenna systems to capture light and transfer energy to reaction centers (RCs). Simultaneous utilization of the integral membrane light-harvesting antenna (LH complex) and the extrinsic antenna (chlorosomes) makes the phototrophic bacterium Chloroflexus (Cfx.) aurantiacus an ideal model for studying filamentous anoxygenic phototrophs (FAPs). Here, we determined the structure of a minimal RC-LH photocomplex from Cfx. aurantiacus J-10-fl (CaRC-LH) at 3.05-Å resolution. The CaRC-LH binds only to seven LH subunits, which form a crescent-shaped antenna surrounding the movable menaquinone-10 (Q) binding site of CaRC. In this complex with minimal LH units, an extra antenna is required to ensure sufficient light-gathering, providing a clear explanation for the presence of chlorosomes in Cfx. aurantiacus. More importantly, the semicircle of the antenna represents a novel RC-LH assembly pattern. Our structure provides a basis for understanding the existence of chlorosomes in Cfx. aurantiacus and the possible assembly pattern of RC-LH.
履歴
登録2024年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39177.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39177.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 269.856 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 269.856 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 269.856 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8433 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.1980493 - 1.8073786
平均 (標準偏差)0.004752331 (±0.06459762)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 269.856 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39177_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39177_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus

全体名称: Cryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-808/866 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c-554
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: hypothetical protein chain N
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: gamma-Carotene
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: 2-methyl-3-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E,30E,34E,38E)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39,43-undecamethyltetratetraconta-2,6,10,1 4,18,22,26,30,34,38,42-undecaen-1-yl]naphthalene-1,4-dione
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

+
超分子 #1: Cryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus

超分子名称: Cryo-EM structure of CaRC-LH complex from Chloroflexus aurantiacus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

+
分子 #1: Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain

分子名称: Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
株: J-10-fl
分子量理論値: 6.202317 KDa
配列文字列:
MQPRSPVRTN IVIFTILGFV VALLIHFIVL SSPEYNWLSN AEGGALLLSA ARALFGI

UniProtKB: Light-harvesting protein B-808/866 alpha chain

+
分子 #2: Light-harvesting protein B-808/866 beta chain

分子名称: Light-harvesting protein B-808/866 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
株: J-10-fl
分子量理論値: 6.327378 KDa
配列文字列:
MRDDDDLVPP KWRPLFNNQD WLLHDIVVKS FYGFGVIAAI AHLLVYLWKP WLP

UniProtKB: Light-harvesting protein B-808/866 beta chain

+
分子 #3: Cytochrome c-554

分子名称: Cytochrome c-554 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
株: J-10-fl
分子量理論値: 45.625227 KDa
配列文字列: MQSSRPSDRQ LAIVVSVAVG IVVAVITTAT FWWVYDLTLG RAQREAAQTA GARWSPSDGI KVITSSPPVT PTDGRQNWMG TQAWNEGVQ AGQAWIQQYP NTVNVQVLIG MSSAQIWTYM QQYVSGALGV GCQYCHNINN FASDEYPQKI AARNMLRLVR D VNAEFIVN ...文字列:
MQSSRPSDRQ LAIVVSVAVG IVVAVITTAT FWWVYDLTLG RAQREAAQTA GARWSPSDGI KVITSSPPVT PTDGRQNWMG TQAWNEGVQ AGQAWIQQYP NTVNVQVLIG MSSAQIWTYM QQYVSGALGV GCQYCHNINN FASDEYPQKI AARNMLRLVR D VNAEFIVN LPNWQGNYVQ CATCHNNAPN NLEGFGAQFI NSVPPIKVTV DPLDANGMAI LDPAQKPEAI REPVLLKDAI LF YIYNYQV WKPFDPNDPE SGRGSLALTY DGGRTQDQVT INQNVMNYQA WSLGVGCTFC HNSRNFVAYE LNPAGDNVLN PLY AYNKLK AQRMLLLTTW LAENWPRYGA IAKPEIPTGS GAASRYSYQR LGDGQIYNVP GCYTCHQGNN IPLASINQAN IPSG DAGIV VLPPQIRGR

UniProtKB: Cytochrome c-554

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分子 #4: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
株: J-10-fl
分子量理論値: 35.173309 KDa
配列文字列: MSRAKAKDPR FPDFSFTVVE GARATRVPGG RTIEEIEPEY KIKGRTTFSA IFRYDPFDFW VGPFYVGFWG FVSVIGIIFG SYFYINETI LKGPYSIPQN FFAGRIDPPP PELGLGFAAP GEPGFAWQMT VLFATIAFFG WMMRQVDISM KLDMGYHVPI A FGVAFSAW ...文字列:
MSRAKAKDPR FPDFSFTVVE GARATRVPGG RTIEEIEPEY KIKGRTTFSA IFRYDPFDFW VGPFYVGFWG FVSVIGIIFG SYFYINETI LKGPYSIPQN FFAGRIDPPP PELGLGFAAP GEPGFAWQMT VLFATIAFFG WMMRQVDISM KLDMGYHVPI A FGVAFSAW LVLQVIRPIA LGMWHEGFVL GIMPHLDWVS NFGYRYNNFF YNPFHAIGIT GLFASTWLLA CHGSLILSAA QY RGPEGGD IENVFFRDVQ YYSVGESGVH RLGYIFAIGG ILSADLCILL SGWPVQDWVS FWNFWNNLPF WSGV

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #5: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
株: J-10-fl
分子量理論値: 34.987316 KDa
配列文字列: MATINMTPGD LELGRDRGRI GKPIEIPLLE NFGFDSQLGP FYLGFWNAVA YITGGIFTFI WLMVMFAQVN YNPVAFAKYF VVLQIDPPS SRYGLSFPPL NEGGWWLIAT FFLTVSIFAW YMHIYTRAKA LGIKPYLAYG FTGAIALYLV IYIIRPVWMG D WSEAPAHG ...文字列:
MATINMTPGD LELGRDRGRI GKPIEIPLLE NFGFDSQLGP FYLGFWNAVA YITGGIFTFI WLMVMFAQVN YNPVAFAKYF VVLQIDPPS SRYGLSFPPL NEGGWWLIAT FFLTVSIFAW YMHIYTRAKA LGIKPYLAYG FTGAIALYLV IYIIRPVWMG D WSEAPAHG IKALLDWTNN VSVRYGNFYY NPFHMLSIFF LLGSTLLLAM HAGTIWALEK YAAHEEWNEI QAPGTGTERA QL FWRWCMG FNANAYSIHL WAFWFAWLCG ITGALGVFFS MPDFVNNWFQ WGIEAGINYP QGPTPPVSLP

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #6: hypothetical protein chain N

分子名称: hypothetical protein chain N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
分子量理論値: 6.865124 KDa
配列文字列:
MPSGLGEATQ MIGPLTPAIL CWASLILTVL GLGLTFLWTN ITAYARRTRT GRKPTAGSVI KSQR

+
分子 #7: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 24 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #8: gamma-Carotene

分子名称: gamma-Carotene / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 13 / 式: U4Z
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-U4Z:
gamma-Carotene / γ-カロテン

+
分子 #9: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #10: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

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分子 #11: 2-methyl-3-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E,30E,34E,38E)-3,7,11,15,19,...

分子名称: 2-methyl-3-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E,30E,34E,38E)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39,43-undecamethyltetratetraconta-2,6,10,1 4,18,22,26,30,34,38,42-undecaen-1-yl]naphthalene-1,4-dione
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: MQE
分子量理論値: 921.467 Da

+
分子 #12: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #13: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 使用した粒子像数: 36181
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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