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- PDB-8yai: Crystal structure of glucose 1-dehydrogenase mutant1 from Limosil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yai
タイトルCrystal structure of glucose 1-dehydrogenase mutant1 from Limosilactobacillus fermentum
要素SDR family oxidoreductase
キーワードHYDROLASE / glucose 1-dehydrogenase
機能・相同性PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / SDR family oxidoreductase
機能・相同性情報
生物種Limosilactobacillus fermentum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Cong, L. / Wang, J.J. / Wei, H.L. / Liu, W.D. / You, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Scholarship Council 中国
引用ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2024
タイトル: Structure-Guided Engineering of a Short-Chain Dehydrogenase LfSDR1 for Efficient Biosynthesis of (R)-9-(2-Hydroxypropyl)adenine, the Key Intermediate of Tenofovir
著者: Wang, Q. / Cong, L. / Guo, J. / Wang, J. / Han, X. / Zhang, W. / Liu, W. / Wei, H. / You, S.
履歴
登録2024年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SDR family oxidoreductase
B: SDR family oxidoreductase
D: SDR family oxidoreductase
C: SDR family oxidoreductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2844
ポリマ－105,2844
非ポリマー00
水6,107339
1
A: SDR family oxidoreductase
B: SDR family oxidoreductase
D: SDR family oxidoreductase

C: SDR family oxidoreductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2844
ポリマ－105,2844
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y+1/2,-z1
Buried area12380 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area30820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.205, 104.514, 72.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 188 or resid 206 through 247))
21chain B
31(chain C and (resid 2 through 188 or resid 206 through 247))
41(chain D and (resid 2 through 188 or resid 206 through 247))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYALAALA(chain A and (resid 2 through 188 or resid 206 through 247))AA2 - 1882 - 188
12LYSLYSGLNGLN(chain A and (resid 2 through 188 or resid 206 through 247))AA206 - 247206 - 247
21GLYGLYGLNGLNchain BBB2 - 2472 - 247
31GLYGLYALAALA(chain C and (resid 2 through 188 or resid 206 through 247))CD2 - 1882 - 188
32LYSLYSGLNGLN(chain C and (resid 2 through 188 or resid 206 through 247))CD206 - 247206 - 247
41GLYGLYALAALA(chain D and (resid 2 through 188 or resid 206 through 247))DC2 - 1882 - 188
42LYSLYSGLNGLN(chain D and (resid 2 through 188 or resid 206 through 247))DC206 - 247206 - 247

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要素

#1: タンパク質
SDR family oxidoreductase


分子量: 26321.000 Da / 分子数: 4 / 変異: G92V/E141L/G146D/V186A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Limosilactobacillus fermentum (バクテリア)
遺伝子: GC247_10055 / プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A843R2C6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.06 % / Mosaicity: 1.7 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1M Na Citrate pH 5.6, 0.15M NH4Ac, 29% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→30 Å / Num. obs: 45668 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 37.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.175 / Χ2: 0.747 / Net I/σ(I): 3.5 / Num. measured all: 289070
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.12-2.24.30.58344580.7840.3030.660.48396.9
2.2-2.284.70.53845900.8120.2660.6020.50799.1
2.28-2.3950.45345790.8660.2140.5030.49899.3
2.39-2.515.10.43844600.890.2050.4860.49996.8
2.51-2.676.60.44945460.9280.180.4850.52698.4
2.67-2.887.40.39246260.960.1490.420.55299.8
2.88-3.177.60.28645850.9770.1080.3060.6199.6
3.17-3.627.10.17745420.9860.0710.1910.77698.2
3.62-4.567.70.12446330.9920.0470.1321.1699.4
4.56-307.50.09746490.9960.0370.1041.37798.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7P7Y

7p7y


解像度: 2.13→28.58 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 1988 4.38 %
Rwork0.1828 43363 -
obs0.1842 45351 96.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.75 Å2 / Biso mean: 41.2966 Å2 / Biso min: 24.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.13→28.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6892 0 0 339 7231
Biso mean---42.39 -
残基数----928
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2756X-RAY DIFFRACTION5.996TORSIONAL
12B2756X-RAY DIFFRACTION5.996TORSIONAL
13C2756X-RAY DIFFRACTION5.996TORSIONAL
14D2756X-RAY DIFFRACTION5.996TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.13-2.210.2491430.22073406354976
2.21-2.30.28332100.21834391460197
2.3-2.40.23861990.20244437463699
2.4-2.530.22432080.19974357456597
2.53-2.690.21741970.19234381457897
2.69-2.90.22992110.20334479469099
2.9-3.190.24492100.20334465467599
3.19-3.650.21892000.18554462466298
3.65-4.590.17842060.15794469467599
4.59-28.580.20592040.16784516472098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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