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- PDB-7p7y: X-ray structure of Lactobacillus kefir alcohol dehydrogenase muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p7y
タイトルX-ray structure of Lactobacillus kefir alcohol dehydrogenase mutant Q126K
要素NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / ketoreductase / R-specific
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP-dependent (R)-specific alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus kefiri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Bischoff, D. / Walla, B. / Janowski, R. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SPP 1934 ドイツ
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2021
タイトル: Transfer of a Rational Crystal Contact Engineering Strategy between Diverse Alcohol Dehydrogenases
著者: Walla, B. / Bischoff, D. / Janowski, R. / von den Eichen, N. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.
履歴
登録2021年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / entity
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9557
ポリマ－27,7111
非ポリマー2446
水6,197344
1
A: NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,82028
ポリマ－110,8454
非ポリマー97524
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area17360 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area32330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.840, 80.040, 114.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

MG

21A-410-

HOH

31A-629-

HOH

41A-711-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase / NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase / SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase


分子量: 27711.252 Da / 分子数: 1 / 変異: Q126K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
由来: (組換発現) Lactobacillus kefiri (バクテリア)
遺伝子: adhR, fabG3, DNL43_05835, LKE01_04370 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WVP7
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 50 mM Tris/HCl, 25 mM magnesium chloride, 5 % (w/v) PEG 550, 10 mM HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 71194 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.62 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 49.61
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 14.32 / Num. unique obs: 10958 / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.109 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSJan 31, 2020データ削減
XSCALEJan 31, 2020データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7P36

7p36


解像度: 1.25→45.796 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / WRfactor Rfree: 0.12 / WRfactor Rwork: 0.1 / SU B: 0.671 / SU ML: 0.014 / Average fsc free: 0.9835 / Average fsc work: 0.9872 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1175 1419 2.001 %
Rwork0.1005 69511 -
all0.101 --
obs-70930 99.347 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 9.684 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.207 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.792 Å20 Å2
3----0.584 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→45.796 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1865 0 12 344 2221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131971
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7781.6412669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6641.5874387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5085265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.00723.29485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.7215342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.938159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.170.21782
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2990
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.190.27
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1310.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8660.7781036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8660.7781035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11.1771306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0991.1771307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3470.981935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3470.982936
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6661.3981362
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6651.3981363
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.33611.5262347
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other1.90610.42247
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.87233867
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.25-1.2820.144970.09147340.09252190.9750.98492.56560.074
1.282-1.3180.1321000.08849040.08850760.9720.98198.58160.072
1.318-1.3560.097990.07148660.07249650.9880.991000.06
1.356-1.3970.101960.06547190.06548150.9880.9911000.055
1.397-1.4430.094940.06545700.06546640.9880.9911000.057
1.443-1.4940.099900.06344470.06345370.9890.9921000.056
1.494-1.550.086870.06242620.06343490.9910.9921000.056
1.55-1.6130.09840.06341150.06341990.9890.9921000.059
1.613-1.6850.114810.07539660.07540470.9840.9891000.071
1.685-1.7670.131770.08337880.08438650.9810.9871000.08
1.767-1.8630.11750.08736300.08837050.9830.9871000.086
1.863-1.9750.093690.09234080.09234770.9880.9881000.094
1.975-2.1110.1660.09532140.09532810.9870.98899.96950.101
2.111-2.280.098610.09730190.09730800.9880.9881000.104
2.28-2.4970.122570.10627850.10628420.9840.9851000.117
2.497-2.7910.128520.11925370.11925890.980.981000.136
2.791-3.2210.147450.12522170.12622630.970.97899.95580.147
3.221-3.940.115390.13719240.13719630.9760.9811000.16
3.94-5.5510.168310.13415060.13515370.9720.9831000.168
5.551-45.7960.173190.1879000.1879200.9720.9699.89130.228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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