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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8y6z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Marinitoga sp. Csx1-Crn2 fusion ribonuclease of type III CRISPR | ||||||
要素 | CRISPR-associated protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / type III CRISPR / self-limiting ribonuclease / ring nuclease / Csx1 / Crn2. | ||||||
機能・相同性 | STIV B116-like / STIV B116-like superfamily / STIV B116-like / CRISPR-associated protein DxTHG, conserved site / CRISPR system endoribonuclease Csx1-like / CRISPR system endoribonuclease Csx1, HEPN domain / CRISPR system endoribonuclease Csx1-like domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Marinitoga sp. 1155 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.65 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, D. / Yuan, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024 タイトル: Structural insight into the Csx1-Crn2 fusion self-limiting ribonuclease of type III CRISPR system. 著者: Zhang, D. / Du, L. / Gao, H. / Yuan, C. / Lin, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8y6z.cif.gz | 228.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8y6z.ent.gz | 184.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8y6z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8y6z_validation.pdf.gz | 430.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8y6z_full_validation.pdf.gz | 438 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8y6z_validation.xml.gz | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8y6z_validation.cif.gz | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/8y6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/8y6z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8y75C 8y7fC 8y7gC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66528.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Marinitoga sp. 1155 (バクテリア) 遺伝子: X274_06335 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2SHM8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.95 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 8% w/v Polyethylene glycol 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.65→38.39 Å / Num. obs: 10761 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 34.1 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.65→3.78 Å / Num. unique obs: 1046 / CC1/2: 0.955 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.65→38.39 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.65→38.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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