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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8y6b | ||||||
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タイトル | Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / synaptic modulator / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 LGI-ADAM interactions / axon initial segment / negative regulation of cell adhesion / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission / synaptic cleft / axon guidance / central nervous system development / postsynaptic density membrane / metalloendopeptidase activity ...LGI-ADAM interactions / axon initial segment / negative regulation of cell adhesion / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission / synaptic cleft / axon guidance / central nervous system development / postsynaptic density membrane / metalloendopeptidase activity / neuron projection development / integrin binding / nervous system development / positive regulation of cell growth / cell adhesion / axon / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / dendrite / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.49 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, H. / Xu, F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121 著者: Liu, H. / Xu, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8y6b.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8y6b.ent.gz | 1014 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8y6b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8y6b_validation.pdf.gz | 525.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8y6b_full_validation.pdf.gz | 577.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8y6b_validation.xml.gz | 108 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8y6b_validation.cif.gz | 143.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/8y6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/8y6b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1w8aS 3g5cS 5sxmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53743.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAM22, MDC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0K1 #2: タンパク質 | 分子量: 60616.598 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGI1, EPT, UNQ775/PRO1569 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95970 #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.8M sodium/potassium tartrate, 0.1M Tris pH=7.0, 0.2M lithium sulfate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.49→50 Å / Num. obs: 58327 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 14.582 |
反射 シェル | 解像度: 3.49→3.56 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.806 / Num. unique obs: 2737 / Rsym value: 0.466 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1W8A, 5SXM, 3G5C 解像度: 3.49→42.46 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.95
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.49→42.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -18.7544 Å / Origin y: -6.8129 Å / Origin z: -24.0239 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |