PDB-8y4j: Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y4j

タイトル

Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase bound to D-KDP

要素

SDR family oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / Rossmann Fold

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Herbaspirillum huttiense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Akagashi, M. / Watanabe, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase reveals a unique binding mode as a alpha-furanosyl hemiketal of substrates.
著者: Akagashi, M. / Watanabe, S. / Kwiatkowski, S. / Drozak, J. / Terawaki, S. / Watanabe, Y.

履歴

登録	2024年1月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y4j.cif.gz	373.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y4j.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y4j_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y4j_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8y4j_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	8y4j_validation.cif.gz	64.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/8y4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/8y4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xwkC 8y11C 8y46C 8y4bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: SDR family oxidoreductase

B: SDR family oxidoreductase

C: SDR family oxidoreductase

D: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー

2

B: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26 kDa, 1 ポリマー

3

C: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー

4

D: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.785, 112.009, 129.557
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SDR family oxidoreductase 分子量: 25931.482 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Herbaspirillum huttiense (バクテリア) 遺伝子: RJN63_08795 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAE4G800
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-A1LXD / D-2-keto-3-deoxypentonate / (2~{S},4~{S})-2,4-bis(oxidanyl)oxolane-2-carboxylic acid 分子量: 148.114 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 25% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→44.71 Å / Num. obs: 141071 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.17 % / CC_1/2: 0.884 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.51→1.54 Å / Num. unique obs: 6876 / CC_1/2: 0.791

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.51→44.71 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2109	7082	5.1 %
R_work	0.1877	-	-
obs	0.1889	138934	98.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→44.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7078	0	45	755	7878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7283
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	9898
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.785	2531
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1200
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1279

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.53	0.2869	232	0.2748	4386	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.3006	247	0.2484	4453	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.56	0.2493	244	0.2225	4332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.2371	234	0.2172	4482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.2489	253	0.2073	4359	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2176	240	0.1952	4472	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.65	0.2358	250	0.2007	4370	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.67	0.2342	245	0.1964	4410	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.7	0.2242	231	0.196	4428	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.73	0.2549	227	0.222	4345	X-RAY DIFFRACTION	98
1.73-1.76	0.286	230	0.2463	4413	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.2622	252	0.2338	4406	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.82	0.2152	223	0.2096	4460	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.86	0.225	246	0.1996	4418	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.2354	261	0.2029	4217	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9-1.95	0.265	212	0.2143	3979	X-RAY DIFFRACTION	90
1.95-2	0.2394	202	0.1956	4423	X-RAY DIFFRACTION	98
2-2.05	0.2162	259	0.1939	4393	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.11	0.2317	253	0.2202	4276	X-RAY DIFFRACTION	96
2.11-2.18	0.2076	221	0.1968	4445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.26	0.2079	214	0.2065	4274	X-RAY DIFFRACTION	95
2.26-2.35	0.1825	197	0.1779	4042	X-RAY DIFFRACTION	90
2.35-2.45	0.2311	221	0.1935	4464	X-RAY DIFFRACTION	99
2.45-2.58	0.2108	248	0.1916	4366	X-RAY DIFFRACTION	98
2.58-2.74	0.2066	227	0.2004	4423	X-RAY DIFFRACTION	98
2.74-2.96	0.2429	245	0.1927	4467	X-RAY DIFFRACTION	99
2.96-3.25	0.211	235	0.1823	4484	X-RAY DIFFRACTION	99
3.25-3.72	0.2099	262	0.1735	4470	X-RAY DIFFRACTION	99
3.72-4.69	0.1537	232	0.1427	4590	X-RAY DIFFRACTION	99
4.69-44.71	0.1655	239	0.1608	4805	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2415	-0.0329	0.1244	0.3277	0.2575	0.5667	-0.0147	0.0255	-0.0226	-0.0364	0.0398	0.0023	0.0242	0.1602	0.0023	0.1163	0.0153	0.0147	0.165	-0.005	0.1409	16.7105	5.9659	20.3458
2	0.1758	0.3632	0.0087	0.2511	0.1908	0.9578	-0.0273	-0.0354	-0.0044	0.1493	0.0172	0.0079	0.2195	0.0937	-0.0515	0.1855	0.0814	-0.0021	0.151	0.0083	0.1323	14.3329	7.3889	50.8436
3	0.2344	-0.155	0.0721	0.4187	0.3851	0.7792	-0.0258	0.0464	0.0366	-0.2249	0.0059	0.0474	-0.3305	0.0499	-0.0104	0.2691	-0.0448	-0.0098	0.1316	0.0186	0.1514	10.4096	35.0228	19.9692
4	0.1362	0.0916	-0.1606	0.6877	0.0729	0.3325	-0.0261	-0.0235	0.0225	0.0572	0.0704	-0.0852	-0.0874	0.1653	0.0022	0.1435	-0.0243	-0.0257	0.1945	-0.0185	0.1733	21.5826	36.4254	47.9853

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 6 through 254)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 7 through 254)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 6 through 254)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 6 through 254)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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