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- PDB-8y4j: Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase bou... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8y4j | ||||||
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Title | Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase bound to D-KDP | ||||||
![]() | SDR family oxidoreductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / Rossmann Fold | ||||||
Function / homology | : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SDR family oxidoreductase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Akagashi, M. / Watanabe, S. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase reveals a unique binding mode as a alpha-furanosyl hemiketal of substrates. Authors: Akagashi, M. / Watanabe, S. / Kwiatkowski, S. / Drozak, J. / Terawaki, S. / Watanabe, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 373.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 43.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 64.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8xwkC ![]() 8y11C ![]() 8y46C ![]() 8y4bC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25931.482 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-TRS / | #3: Chemical | Mass: 148.114 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Formula: C5H8O5 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: evaporation Details: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 25% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 30, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.51→44.71 Å / Num. obs: 141071 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 18.17 % / CC1/2: 0.884 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.51→1.54 Å / Num. unique obs: 6876 / CC1/2: 0.791 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: AlphaFold Resolution: 1.51→44.71 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.51→44.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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