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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8y46 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase bound to L-KDF or L-2,4-DKDF | ||||||
![]() | SDR family oxidoreductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / Rossmann Fold | ||||||
機能・相同性 | : / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Akagashi, M. / Watanabe, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase reveals a unique binding mode as a alpha-furanosyl hemiketal of substrates. 著者: Akagashi, M. / Watanabe, S. / Kwiatkowski, S. / Drozak, J. / Terawaki, S. / Watanabe, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 212.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 27596.275 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: E2K99_19890 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 896分子 ![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | 分子量: 162.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 化合物 | ChemComp-A1LXB / | 分子量: 160.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 25% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.29→44.99 Å / Num. obs: 230393 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.82 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.29→1.31 Å / Num. unique obs: 198053 / CC1/2: 0.88 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: AlphaFold 解像度: 1.29→44.99 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.29→44.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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