PDB-8y3r: ASFV p72 in complex with Fab H3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y3r

タイトル

ASFV p72 in complex with Fab H3

要素

B646L
Heavy chain of H3
Light chain of H3

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ASFV / P72 / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / viral capsid / structural molecule activity / B646L

機能・相同性情報

生物種

African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

Sus scrofa (ブタ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å

データ登録者

Wang, X. / Fu, W. / Yu, Q.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: p72 antigenic mapping reveals a potential supersite of vulnerability for African swine fever virus.
著者: Qi Yu / Dening Liang / Wangjun Fu / Li Zhang / Jinglin Wang / Zhenjiang Zhang / Yao Sun / Dandan Zhu / BinYang Zheng / Ling Zhu / Ye Xiang / Dongming Zhao / Xiangxi Wang /

履歴

登録	2024年1月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y3r.cif.gz	368.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y3r.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/8y3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/8y3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	38896MC 38893C 38894C 38895C 60223C 8y3oC 8y3pC 8y3qC 8zl9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: B646L

B: Heavy chain of H3

L: Light chain of H3

C: B646L

E: Heavy chain of H3

G: Light chain of H3

D: B646L

F: Heavy chain of H3

H: Light chain of H3

311 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	B646L / B646L protein / Major capsid protein / Protein B646L / p72 分子量: 78930.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 遺伝子: p72, B646L, B646L CDS, ASFV-Georgia_4-106 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5IZK2
#2: 抗体	Heavy chain of H3 分子量: 13375.200 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ)
#3: 抗体	Light chain of H3 分子量: 11487.748 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: ASFV p72 in complex with Fab H3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	1	African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)	10497
2	1	Sus scrofa (ブタ)	9823

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	1	Homo sapiens (ヒト)	9606
2	1	Sus scrofa (ブタ)	9823

緩衝液

pH: 8

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: DARK FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223575 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	16179
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.55	22056
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.262	2169
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.045	2400
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	2862

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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