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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8y3p | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | ASFV p72 in complex with Fab C9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ASFV / P72 / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / viral capsid / structural molecule activity / B646L![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Wang, X. / Fu, W. / Yu, Q. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: p72 antigenic mapping reveals a potential supersite of vulnerability for African swine fever virus. 著者: Qi Yu / Dening Liang / Wangjun Fu / Li Zhang / Jinglin Wang / Zhenjiang Zhang / Yao Sun / Dandan Zhu / BinYang Zheng / Ling Zhu / Ye Xiang / Dongming Zhao / Xiangxi Wang / ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 394.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 62.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 96.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 38894MC ![]() 8y3oC ![]() 8y3qC ![]() 8y3rC ![]() 8zl9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78930.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: p72, B646L, B646L CDS, ASFV-Georgia_4-106 / 発現宿主: ![]() #2: 抗体 | 分子量: 13586.333 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 11621.887 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ASFV p72 in complex with Fab C9 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223575 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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