EMDB-60223: ASFV p72 in complex with Fab G6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-60223

タイトル

ASFV p72 in complex with Fab G6

マップデータ

試料

複合体: ASFV p72 in complex with Fab G6
- タンパク質・ペプチド: G6 Light chain
- タンパク質・ペプチド: G6 Heavy chain
- タンパク質・ペプチド: B646L

キーワード

ASFV / P72 / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / viral capsid / structural molecule activity / B646L

機能・相同性情報

生物種

African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) /

Sus scrofa (ブタ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.36 Å

データ登録者

Wang X / Fu W / Yu Q

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: p72 antigenic mapping reveals a potential supersite of vulnerability for African swine fever virus.
著者: Qi Yu / Dening Liang / Wangjun Fu / Li Zhang / Jinglin Wang / Zhenjiang Zhang / Yao Sun / Dandan Zhu / BinYang Zheng / Ling Zhu / Ye Xiang / Dongming Zhao / Xiangxi Wang /

履歴

登録	2024年5月17日	-
置き換え	2024年10月9日	ID: EMD-38897
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年10月9日	-
マップ公開	2024年10月9日	-
更新	2024年10月30日	-
現状	2024年10月30日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_60223.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_60223.map.gz	59.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-60223-v30.xml emd-60223.xml	15.8 KB 15.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_60223.png	18.4 KB
Filedesc metadata	emd-60223.cif.gz	5.8 KB
その他	emd_60223_half_map_1.map.gz emd_60223_half_map_2.map.gz	59.3 MB 59.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60223 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60223	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zl9MC 38893C 38894C 38895C 38896C 8y3oC 8y3pC 8y3qC 8y3rC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_60223.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 273.92 Å	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 273.92 Å	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 273.92 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.07 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.51
最小 - 最大	-2.3708668 - 3.4405878
平均 (標準偏差)	-0.0014922088 (±0.05870147)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_60223_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_60223_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : ASFV p72 in complex with Fab G6

全体	名称: ASFV p72 in complex with Fab G6
要素	複合体: ASFV p72 in complex with Fab G6 タンパク質・ペプチド: G6 Light chain タンパク質・ペプチド: G6 Heavy chain タンパク質・ペプチド: B646L

-
超分子 #1: ASFV p72 in complex with Fab G6

超分子	名称: ASFV p72 in complex with Fab G6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1, #3
由来(天然)	生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

-
分子 #1: G6 Heavy chain

分子	名称: G6 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量	理論値: 13.25496 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: EVKLVESGGG LVQPGGSLTL SCVGSGYTFS SYPICWVRQA PGKGLEWLSC IDSSGSKMHL ADSVLSRFTI SKDNSQNTAY LQMNSLRTE DTARYYCARG RWCYGVICDM DLWGPGVEVV VSS

-
分子 #2: G6 Light chain

分子	名称: G6 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量	理論値: 12.384794 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: IVLTQTPLSL SVSPGEPASI SCRSSQSLEE YGKNWLSWYQ QKPGQSPRLL IYQATNRASW VPERFSGSGS GTDFTLKISR VEAEDAGVY YCQQYKEFPW TFGQGTKLEL K

-
分子 #3: B646L

分子	名称: B646L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量	理論値: 78.930531 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: MHHHHHHHHH HGSDYKDHDG DYKDHDIDYK DDDDKELENL YFQGAGSMAS GGAFCLIAND GKADKIILAQ DLLNSRISNI KNVNKSYGK PDPEPTLSQI EETHLVHFNA HFKPYVPVGF EYNKVRPHTG TPTLGNKLTF GIPQYGDFFH DMVGHHILGA C HSSWQDAP ...文字列: MHHHHHHHHH HGSDYKDHDG DYKDHDIDYK DDDDKELENL YFQGAGSMAS GGAFCLIAND GKADKIILAQ DLLNSRISNI KNVNKSYGK PDPEPTLSQI EETHLVHFNA HFKPYVPVGF EYNKVRPHTG TPTLGNKLTF GIPQYGDFFH DMVGHHILGA C HSSWQDAP IQGTSQMGAH GQLQTFPRNG YDWDNQTPLE GAVYTLVDPF GRPIVPGTKN AYRNLVYYCE YPGERLYENV RF DVNGNSL DEYSSDVTTL VRKFCIPGDK MTGYKHLVGQ EVSVEGTSGP LLCNIHDLHK PHQSKPILTD ENDTQRTCSH TNP KFLSQH FPENSHNIQT AGKQDITPIT DATYLDIRRN VHYSCNGPQT PKYYQPPLAL WIKLRFWFNE NVNLAIPSVS IPFG ERFIT IKLASQKDLV NEFPGLFVRQ SRFIAGRPSR RNIRFKPWFI PGVINEISLT NNELYINNLF VTPEIHNLFV KRVRF SLIR VHKTQVTHTN NNHHDEKLMS ALKWPIEYMF IGLKPTWNIS DQNPHQHRDW HKFGHVVNAI MQPTHHAEIS FQDRDT ALP DACSSISDIS PVTYPITLPI IKNISVTAHG INLIDKFPSK FCSSYIPFHY GGNAIKTPDD PGAMMITFAL KPREEYQ PS GHINVSRARE FYISWDTDYV GSITTADLVV SASAINFLLL QNGSAVLRYS T UniProtKB: B646L

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 265660
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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