PDB-8y2b: X-ray crystal structure of ALiS2-Streptavidine complex with 20% g...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y2b

タイトル

X-ray crystal structure of ALiS2-Streptavidine complex with 20% glycerol using a high-pressure cryocooling method

要素

Streptavidin

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / streptavidin

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Higashiura, A. / Yamamoto, A. / Sugiyama, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding competition between substrates and cryoprotectants in protein crystals directly observed by a hybrid method of in-gel crystallization and high-pressure cryo-cooling in X-ray crystallography
著者: Higashiura, A. / Sugiyama, S.

履歴

登録	2024年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y2b.cif.gz	222.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y2b.ent.gz	179 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y2b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y2b_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y2b_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8y2b_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	8y2b_validation.cif.gz	43.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y2b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xg4C 8xg5C 8xg6C 8y23C 8y24C 8y25C 8y26C 8y27C 8y28C 8y29C 8y2aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

51.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.116, 86.041, 57.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 12764.833 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-MT6 / methyl 3-(4-oxo-4,5-dihydrofuro[3,2-c]pyridin-2-yl)benzoate 分子量: 269.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→47.64 Å / Num. obs: 72852 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 3636 / CC_1/2: 0.803

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→31.59 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1795	3593	4.93 %
R_work	0.1323	-	-
obs	0.1347	72815	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→31.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3571	0	58	648	4277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3803
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.799	5210
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.655	1257
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	570
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	655

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2456	151	0.1671	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.54	0.2446	146	0.1628	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.56	0.222	113	0.1594	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.59	0.203	147	0.1508	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.61	0.2358	131	0.1477	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.64	0.235	152	0.1506	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.67	0.2128	118	0.1456	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.7	0.2259	139	0.1371	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.73	0.2096	137	0.1343	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.2094	137	0.1279	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8	0.2018	156	0.1283	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.84	0.1979	113	0.1182	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.89	0.2029	135	0.1215	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.94	0.1863	136	0.1178	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2	0.1617	135	0.1238	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.06	0.1935	152	0.1207	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.14	0.1671	132	0.1187	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.22	0.1674	146	0.1155	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.32	0.1979	123	0.1275	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.45	0.1967	124	0.1391	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.6	0.1766	141	0.1434	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.8	0.2088	144	0.1454	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.08	0.1767	162	0.1372	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.53	0.1726	124	0.1263	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-4.44	0.1415	152	0.1214	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-31.59	0.1517	147	0.144	2642	X-RAY DIFFRACTION	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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