PDB-8y24: X-ray crystal structure of ALiS4-Streptavidine complex with 10% g...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y24

タイトル

X-ray crystal structure of ALiS4-Streptavidine complex with 10% glycerol using a high-pressure cryocooling method

要素

Streptavidin

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / streptavidin

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Higashiura, A. / Yamamoto, A. / Sugiyama, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding competition between substrates and cryoprotectants in protein crystals directly observed by a hybrid method of in-gel crystallization and high-pressure cryo-cooling in X-ray crystallography
著者: Higashiura, A. / Sugiyama, S.

履歴

登録	2024年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y24.cif.gz	219.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y24.ent.gz	176.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y24.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y24_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y24_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	8y24_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	8y24_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y24	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xg4C 8xg5C 8xg6C 8y23C 8y25C 8y26C 8y27C 8y28C 8y29C 8y2aC 8y2bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

51.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.988, 85.622, 58.242
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 12764.833 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→47.75 Å / Num. obs: 80494 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / Num. unique obs: 3997 / CC_1/2: 0.686

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→46.413 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1842	3931	4.89 %
R_work	0.1362	-	-
obs	0.1385	80455	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→46.413 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3556	0	45	609	4210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3763
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.794	5149
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.334	1218
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	572
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4676	0.2623	153	0.1924	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4676-1.4862	0.2468	133	0.1788	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4862-1.5058	0.1986	133	0.1654	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5058-1.5264	0.2042	128	0.1584	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5264-1.5482	0.2315	141	0.1454	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5482-1.5713	0.203	144	0.1372	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5713-1.5959	0.1942	115	0.1391	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5959-1.622	0.2334	121	0.1342	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.622-1.65	0.1851	151	0.1325	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.68	0.1895	128	0.1244	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.7123	0.1942	137	0.1301	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7123-1.7473	0.2044	144	0.1298	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7473-1.7853	0.1794	131	0.1302	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7853-1.8268	0.1832	144	0.1291	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8268-1.8725	0.2017	127	0.1264	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8725-1.9231	0.1798	146	0.1263	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9231-1.9797	0.1675	164	0.1189	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9797-2.0436	0.1762	142	0.1255	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0436-2.1167	0.1929	159	0.1294	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1167-2.2014	0.1977	132	0.1314	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2014-2.3016	0.1707	156	0.1367	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3016-2.4229	0.2141	130	0.1404	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4229-2.5747	0.2024	147	0.1446	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5747-2.7735	0.1766	150	0.1507	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7735-3.0526	0.1712	149	0.1437	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0526-3.4941	0.18	144	0.1296	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4941-4.4017	0.1646	129	0.1227	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4017-46.4	0.1748	153	0.1478	2725	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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