PDB-8y29: X-ray crystal structure of ALiS2-Streptavidine complex without cr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y29

タイトル

X-ray crystal structure of ALiS2-Streptavidine complex without cryo-protectant using a high-pressure cryocooling method

要素

Streptavidin

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / high-pressure cryo-cooling / streptavidin

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Higashiura, A. / Yamamoto, A. / Sugiyama, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding competition between substrates and cryoprotectants in protein crystals directly observed by a hybrid method of in-gel crystallization and high-pressure cryo-cooling in X-ray crystallography
著者: Higashiura, A. / Sugiyama, S.

履歴

登録	2024年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y29.cif.gz	220.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y29.ent.gz	177.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y29_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y29_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8y29_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	8y29_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y29	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xg4C 8xg5C 8xg6C 8y23C 8y24C 8y25C 8y26C 8y27C 8y28C 8y2aC 8y2bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

52.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.044, 85.983, 58.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 12764.833 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-MT6 / methyl 3-(4-oxo-4,5-dihydrofuro[3,2-c]pyridin-2-yl)benzoate 分子量: 269.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG1,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→48.03 Å / Num. obs: 85824 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.42→1.45 Å / Num. unique obs: 4343 / CC_1/2: 0.688

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.42→46.44 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1923	4317	5.03 %
R_work	0.1429	-	-
obs	0.1454	85782	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→46.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3510	0	80	639	4229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3785
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.799	5201
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.599	1270
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	568
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	654

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.44	0.3144	137	0.2234	2667	X-RAY DIFFRACTION	98
1.44-1.45	0.2386	132	0.2067	2695	X-RAY DIFFRACTION	98
1.45-1.47	0.2505	148	0.1897	2713	X-RAY DIFFRACTION	98
1.47-1.49	0.2296	150	0.1831	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
1.49-1.51	0.2255	135	0.1688	2749	X-RAY DIFFRACTION	98
1.51-1.53	0.2567	134	0.1655	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
1.53-1.55	0.2259	167	0.1592	2673	X-RAY DIFFRACTION	98
1.55-1.57	0.2207	153	0.1475	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
1.57-1.6	0.2286	175	0.1474	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6-1.63	0.2089	139	0.1407	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
1.63-1.65	0.1973	150	0.1337	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
1.65-1.68	0.199	130	0.1314	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
1.68-1.72	0.2015	131	0.1344	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
1.72-1.75	0.1943	131	0.1404	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
1.75-1.79	0.2044	143	0.1419	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
1.79-1.83	0.1865	131	0.1367	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
1.83-1.88	0.194	139	0.1338	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
1.88-1.93	0.1635	137	0.1316	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
1.93-1.98	0.1867	146	0.1295	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2.05	0.2155	132	0.1351	2770	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.12	0.1804	153	0.139	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.21	0.1732	141	0.1361	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.31	0.207	151	0.1402	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.43	0.1974	148	0.1465	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.58	0.1906	129	0.146	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.78	0.1875	150	0.1511	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-3.06	0.1714	149	0.1493	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.5	0.1917	158	0.1377	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-4.41	0.1758	156	0.1269	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
4.41-46.44	0.1838	142	0.1498	2691	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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