PDB-8y28: X-ray crystal structure of ALiS5-Streptavidine complex with 20% g...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y28

タイトル

X-ray crystal structure of ALiS5-Streptavidine complex with 20% glycerol using a high-pressure cryocooling method

要素

Streptavidin

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / streptavidin

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

Higashiura, A. / Yamamoto, A. / Sugiyama, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding competition between substrates and cryoprotectants in protein crystals directly observed by a hybrid method of in-gel crystallization and high-pressure cryo-cooling in X-ray crystallography
著者: Higashiura, A. / Sugiyama, S.

履歴

登録	2024年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y28.cif.gz	216.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y28.ent.gz	173.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y28.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y28_validation.pdf.gz	469.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y28_full_validation.pdf.gz	472 KB	表示
XML形式データ	8y28_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	8y28_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y28	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xg4C 8xg5C 8xg6C 8y23C 8y24C 8y25C 8y26C 8y27C 8y29C 8y2aC 8y2bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

51.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.666, 85.553, 58.343
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 12764.833 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.33→47.8 Å / Num. obs: 102434 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.33→1.35 Å / Num. unique obs: 4963 / CC_1/2: 0.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.33→46.11 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1852	5048	4.93 %
R_work	0.1479	-	-
obs	0.1498	102304	98.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.33→46.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3569	0	32	540	4141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3828
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.779	5252
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.978	1244
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	581
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	665

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.33-1.35	0.2898	164	0.2291	3198	X-RAY DIFFRACTION	98
1.35-1.36	0.2489	152	0.21	3170	X-RAY DIFFRACTION	97
1.36-1.38	0.228	167	0.1997	3239	X-RAY DIFFRACTION	98
1.38-1.39	0.2493	167	0.1878	3150	X-RAY DIFFRACTION	98
1.39-1.41	0.2506	166	0.1757	3229	X-RAY DIFFRACTION	98
1.41-1.43	0.2306	163	0.181	3196	X-RAY DIFFRACTION	98
1.43-1.45	0.1895	163	0.1736	3221	X-RAY DIFFRACTION	98
1.45-1.47	0.2094	168	0.1602	3188	X-RAY DIFFRACTION	99
1.47-1.5	0.1931	162	0.1509	3232	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5-1.52	0.2096	183	0.1444	3215	X-RAY DIFFRACTION	99
1.52-1.55	0.1961	171	0.1418	3198	X-RAY DIFFRACTION	98
1.55-1.58	0.2144	159	0.1377	3203	X-RAY DIFFRACTION	98
1.58-1.61	0.1735	162	0.1453	3293	X-RAY DIFFRACTION	99
1.61-1.64	0.1713	164	0.1479	3195	X-RAY DIFFRACTION	99
1.64-1.68	0.1892	183	0.1463	3255	X-RAY DIFFRACTION	98
1.68-1.71	0.1786	172	0.1437	3215	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.76	0.2054	193	0.1399	3228	X-RAY DIFFRACTION	99
1.76-1.81	0.1959	168	0.1408	3248	X-RAY DIFFRACTION	99
1.81-1.86	0.1484	170	0.1292	3261	X-RAY DIFFRACTION	99
1.86-1.92	0.1617	152	0.1279	3263	X-RAY DIFFRACTION	99
1.92-1.99	0.1641	138	0.1283	3293	X-RAY DIFFRACTION	99
1.99-2.07	0.1673	151	0.1342	3268	X-RAY DIFFRACTION	99
2.07-2.16	0.1751	165	0.1381	3322	X-RAY DIFFRACTION	99
2.16-2.27	0.1671	153	0.145	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.42	0.1981	201	0.1506	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.6	0.1907	177	0.1526	3285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.87	0.1828	179	0.15	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.28	0.1771	162	0.146	3303	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-4.13	0.1593	192	0.1345	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-46.11	0.1975	181	0.16	3282	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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