PDB-8y26: X-ray crystal structure of ALiS5-Streptavidine complex without cr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y26

タイトル

X-ray crystal structure of ALiS5-Streptavidine complex without cryo-protectant using a high-pressure cryocooling method

要素

Streptavidin

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / streptavidin

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.23 Å

データ登録者

Higashiura, A. / Yamamoto, A. / Sugiyama, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding competition between substrates and cryoprotectants in protein crystals directly observed by a hybrid method of in-gel crystallization and high-pressure cryo-cooling in X-ray crystallography
著者: Higashiura, A. / Sugiyama, S.

履歴

登録	2024年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y26.cif.gz	230.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y26.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y26_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y26_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8y26_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	8y26_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xg4C 8xg5C 8xg6C 8y23C 8y24C 8y25C 8y27C 8y28C 8y29C 8y2aC 8y2bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

52 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.000, 85.768, 58.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.19, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 12764.833 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-A1LXQ / dimethyl 5-(4-oxidanylidene-5~{H}-furo[3,2-c]pyridin-2-yl)benzene-1,3-dicarboxylate 分子量: 327.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₃NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.23→47.86 Å / Num. obs: 553345 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.23→1.25 Å / Num. unique obs: 6591 / CC_1/2: 0.685

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.23→46.4 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1777	6588	4.99 %
R_work	0.1452	-	-
obs	0.1468	132140	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.23→46.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3579	0	64	747	4390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3918
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	5412
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.426	1343
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	605
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	683

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.23-1.24	0.2401	218	0.2356	4192	X-RAY DIFFRACTION	100
1.24-1.26	0.259	201	0.2293	4191	X-RAY DIFFRACTION	100
1.26-1.27	0.2688	227	0.2301	4177	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.29	0.2451	245	0.2216	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.31	0.2546	227	0.2213	4219	X-RAY DIFFRACTION	100
1.31-1.32	0.2369	231	0.2083	4158	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.34	0.2483	222	0.1969	4185	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.36	0.2317	220	0.1803	4146	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.39	0.2044	225	0.1736	4196	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.41	0.1904	231	0.1578	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.43	0.2047	233	0.1555	4171	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.46	0.2045	216	0.1451	4205	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.49	0.1647	218	0.1422	4146	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.52	0.2013	202	0.1342	4210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.55	0.1615	198	0.1358	4217	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.59	0.1697	200	0.1333	4179	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.63	0.1688	227	0.1262	4210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.67	0.1492	216	0.1212	4182	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.72	0.1545	219	0.1187	4192	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.77	0.171	217	0.126	4168	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.84	0.1573	205	0.125	4182	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.91	0.1842	226	0.1273	4193	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-2	0.1621	231	0.1301	4188	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.1	0.1778	217	0.1372	4181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.23	0.1579	244	0.1347	4203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.41	0.1731	197	0.1438	4193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.65	0.1672	224	0.1497	4223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-3.03	0.1909	232	0.1496	4198	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.82	0.1558	210	0.1384	4219	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-46.4	0.1763	209	0.1458	4196	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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