PDB-8y23: X-ray crystal structure of ALiS4-Streptavidine complex without cr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y23

タイトル

X-ray crystal structure of ALiS4-Streptavidine complex without cryo-protectant using a high-pressure cryocooling method

要素

Streptavidin

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / streptavidin

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Higashiura, A. / Yamamoto, A. / Sugiyama, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding competition between substrates and cryoprotectants in protein crystals directly observed by a hybrid method of in-gel crystallization and high-pressure cryo-cooling in X-ray crystallography
著者: Higashiura, A. / Sugiyama, S.

履歴

登録	2024年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y23.cif.gz	222.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y23.ent.gz	179.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y23.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y23_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y23_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8y23_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	8y23_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/8y23	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xg4C 8xg5C 8xg6C 8y24C 8y25C 8y26C 8y27C 8y28C 8y29C 8y2aC 8y2bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

52.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.918, 86.004, 58.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 12764.833 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-6FX / methyl 5-(4-oxidanylidene-5~{H}-furo[3,2-c]pyridin-2-yl)pyridine-3-carboxylate / methyl 5-(4-oxo-4,5-dihydrofuro[3,2-c]pyridin-2-yl)nicotinate 分子量: 270.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₀N₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→47.89 Å / Num. obs: 76085 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.48→1.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3763 / CC_1/2: 0.715

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.48→46.32 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1929	3805	5 %
R_work	0.1383	-	-
obs	0.141	76050	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→46.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3560	0	80	674	4314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3795
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.782	5207
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.279	1274
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	655

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.48-1.5	0.2666	147	0.2162	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.2269	116	0.194	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.54	0.2692	150	0.191	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.56	0.263	146	0.1753	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.2531	146	0.1782	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.2197	148	0.1611	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.64	0.2449	136	0.1526	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.66	0.1949	159	0.1429	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.2322	143	0.1361	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.2072	142	0.1357	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.1684	144	0.1262	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8	0.2049	149	0.1302	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.84	0.2012	118	0.1264	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.89	0.1962	147	0.1318	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.94	0.2115	157	0.1324	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2	0.1867	143	0.1283	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.06	0.1908	146	0.1271	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.13	0.1838	144	0.1302	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.22	0.1812	133	0.1306	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.32	0.2085	129	0.1325	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.44	0.2023	167	0.1432	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.6	0.1886	141	0.142	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.8	0.2118	136	0.1388	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.08	0.1754	113	0.1398	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.52	0.1488	122	0.1293	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-4.44	0.1719	124	0.124	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-46.32	0.1926	159	0.1493	2668	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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