+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xzo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of folE riboswitch with Guanine | ||||||
![]() | RNA (53-MER) | ||||||
![]() | RNA / riboswitch / Guanine | ||||||
機能・相同性 | GUANINE / SPERMINE / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, C.Y. / Ren, A.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based characterization and compound identification of the wild-type THF class-II riboswitch. 著者: Li, C. / Xu, X. / Geng, Z. / Zheng, L. / Song, Q. / Shen, X. / Wu, J. / Zhao, J. / Li, H. / He, M. / Tai, X. / Zhang, L. / Ma, J. / Dong, Y. / Ren, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 28.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 686.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 686.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 17174.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他) | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SPM / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-GUN / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.08 M Sodium chloride, 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 30% v/v MPD, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→37.82 Å / Num. obs: 34010 / % possible obs: 67.4 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.75 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 367905 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.32 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 1.603 / Num. unique obs: 1286 / CC1/2: 0.303 / Rpim(I) all: 0.79 / Rrim(I) all: 0.199 / Χ2: 0.64 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→26.23 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|