+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8xzm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of folE riboswitch with DHN | ||||||
![]() | RNA (53-MER) | ||||||
![]() | RNA / riboswitch / DHN | ||||||
Function / homology | Chem-NPR / SPERMINE / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, C.Y. / Ren, A.M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-based characterization and compound identification of the wild-type THF class-II riboswitch. Authors: Li, C. / Xu, X. / Geng, Z. / Zheng, L. / Song, Q. / Shen, X. / Wu, J. / Zhao, J. / Li, H. / He, M. / Tai, X. / Zhang, L. / Ma, J. / Dong, Y. / Ren, A. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 44.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 29 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 690.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 691.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 4.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 5.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8xzeC ![]() 8xzkC ![]() 8xzlC ![]() 8xznC ![]() 8xzoC ![]() 8xzpC ![]() 8xzqC ![]() 8xzrC ![]() 8xzwC C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: RNA chain | Mass: 17174.043 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (others) | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-NPR / | #4: Chemical | ChemComp-SPM / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.59 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.08 M Sodium chloride, 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 30% v/v MPD, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.98→50 Å / Num. obs: 12927 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 11.6 % / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 2.265 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 149384 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.98→28.54 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|