+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8xzp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of folE riboswitch with 8-CH3 Guanine | ||||||
![]() | RNA (53-MER) | ||||||
![]() | RNA / riboswitch / 8-CH3 Guanine | ||||||
Function / homology | : / SPERMINE / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, C.Y. / Ren, A.M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-based characterization and compound identification of the wild-type THF class-II riboswitch. Authors: Li, C. / Xu, X. / Geng, Z. / Zheng, L. / Song, Q. / Shen, X. / Wu, J. / Zhao, J. / Li, H. / He, M. / Tai, X. / Zhang, L. / Ma, J. / Dong, Y. / Ren, A. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 43.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 643.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 644 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 4.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 5.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8xzeC ![]() 8xzkC ![]() 8xzlC ![]() 8xzmC ![]() 8xznC ![]() 8xzoC ![]() 8xzqC ![]() 8xzrC ![]() 8xzwC C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: RNA chain | Mass: 17174.043 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (others) | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-A1LXN / | Mass: 165.153 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Formula: C6H7N5O / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: Chemical | ChemComp-SPM / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.86 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.08 M Sodium chloride, 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 30% v/v MPD, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 3, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.18→50 Å / Num. obs: 9713 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.5 % / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.117 / Net I/σ(I): 6.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.18→25.05 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|