PDB-8xy4: Crystal structure of VACV N1 protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xy4

タイトル

Crystal structure of VACV N1 protein

要素

N1L

キーワード

VIRAL PROTEIN / VACV / N1

機能・相同性

Orthopoxvirus, Protein N1 / Poxvirus Bcl-2-like / Poxvirus domain superfamily / Poxvirus Bcl-2-like proteins / symbiont-mediated perturbation of host defense response / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / Protein OPG035

機能・相同性情報

生物種

Vaccinia virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Ni, X.C. / Lei, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2025
タイトル: Structural insights into MPXV P1 protein and its orthologs reveal conformational dynamics and a conserved antiviral pocket.
著者: Ni, X. / Wang, Y. / Fan, X. / Yu, J. / Lei, J.

履歴

登録	2024年1月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xy4.cif.gz	43.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xy4.ent.gz	27.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xy4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xy4_validation.pdf.gz	419.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xy4_full_validation.pdf.gz	419.9 KB	表示
XML形式データ	8xy4_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	8xy4_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/8xy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/8xy4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xy1C 8xy2C 8xy3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N1L

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N1L

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, cross-linking
32.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.860, 77.860, 111.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-280- HOH

#1: タンパク質	N1L / N1L protein 分子量: 16149.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) 遺伝子: VACV_BRZ_SERRO2_026, N1L, 44/47.1_rMVA_020, List025, m8028L, mO028L 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q49PX0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→42.94 Å / Num. obs: 8116 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 35.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 2.42→2.51 Å / Num. unique obs: 826 / CC_1/2: 0.911

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.42→42.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 6.324 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2062	405	5.005 %
R_work	0.1701	7687	-
all	0.172	-	-
obs	-	8092	99.84 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.187 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.969 Å²	0.484 Å²	-0 Å²
2-	-	0.969 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.143 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→42.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1014	0	0	85	1099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.66	1.642	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.412	1.589	2264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.466	5	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.98	22.429	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.65	15	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.452	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	896
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.108	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.776	4.352	495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.763	4.346	494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.162	6.517	619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.164	6.525	620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.81	4.782	560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.778	4.77	558
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.615	6.973	806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.613	6.975	806
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.436	50.254	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.442	50.179	1235

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.42-2.483	0.328	34	0.246	536	X-RAY DIFFRACTION	99.1304
2.483-2.551	0.281	31	0.24	531	X-RAY DIFFRACTION	99.6454
2.551-2.625	0.33	28	0.22	525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.625-2.705	0.25	20	0.187	514	X-RAY DIFFRACTION	99.8131
2.705-2.794	0.207	25	0.174	495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.794-2.892	0.163	19	0.151	490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.892-3.001	0.253	21	0.166	464	X-RAY DIFFRACTION	100
3.001-3.123	0.246	22	0.171	452	X-RAY DIFFRACTION	99.7895
3.123-3.261	0.201	19	0.177	431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.261-3.42	0.242	23	0.173	412	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.605	0.17	21	0.18	399	X-RAY DIFFRACTION	100
3.605-3.823	0.25	24	0.18	368	X-RAY DIFFRACTION	99.7455
3.823-4.086	0.227	16	0.137	368	X-RAY DIFFRACTION	100
4.086-4.412	0.2	19	0.134	328	X-RAY DIFFRACTION	100
4.412-4.831	0.135	15	0.139	320	X-RAY DIFFRACTION	100
4.831-5.397	0.17	26	0.138	271	X-RAY DIFFRACTION	100
5.397-6.226	0.265	10	0.181	263	X-RAY DIFFRACTION	100
6.226-7.609	0.159	14	0.169	223	X-RAY DIFFRACTION	100
7.609-10.693	0.128	10	0.132	179	X-RAY DIFFRACTION	100
10.693-42.94	0.249	8	0.274	118	X-RAY DIFFRACTION	98.4375

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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