PDB-8xy2: Crystal structure of MPXV P1 protein S87P mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xy2

タイトル

Crystal structure of MPXV P1 protein S87P mutant

要素

Protein OPG035

キーワード

VIRAL PROTEIN / MPXV / P1

機能・相同性

Orthopoxvirus, Protein N1 / Poxvirus Bcl-2-like / Poxvirus domain superfamily / Poxvirus Bcl-2-like proteins / symbiont-mediated perturbation of host defense response / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / Protein OPG035

機能・相同性情報

生物種

Monkeypox virus (サル痘ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Ni, X.C. / Lei, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2025
タイトル: Structural insights into MPXV P1 protein and its orthologs reveal conformational dynamics and a conserved antiviral pocket.
著者: Ni, X. / Wang, Y. / Fan, X. / Yu, J. / Lei, J.

履歴

登録	2024年1月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xy2.cif.gz	120.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xy2.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xy2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xy2_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xy2_full_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示
XML形式データ	8xy2_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	8xy2_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/8xy2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/8xy2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xy1SC 8xy3C 8xy4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Protein OPG035

C: Protein OPG035

A: Protein OPG035

D: Protein OPG035

64.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Protein OPG035

A: Protein OPG035

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, cross-linking
32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protein OPG035

D: Protein OPG035

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.366, 155.500, 131.736
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Protein OPG035 / Protein N1 分子量: 16175.423 Da / 分子数: 4 / 変異: S87P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: OPG035, P1L, MPXVgp023 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTN4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 14.4% w/v PEG 8000, 80 mM Sodium cacodylate/ Hydrochloric acid pH 6.5, 160 mM Calcium acetate, 20% v/v Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→43.91 Å / Num. obs: 29804 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.24→2.31 Å / Num. unique obs: 2712 / CC_1/2: 0.949

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8XY1

8xy1

解像度: 2.24→42.461 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 9.132 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.241 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2718	1502	5.044 %
R_work	0.2186	28274	-
all	0.221	-	-
obs	-	29776	99.923 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.581 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.975 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.605 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→42.461 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3875	0	0	392	4267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3949
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.646	5332
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.369	1.593	8665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.189	5	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.22	21.146	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.312	15	749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.424	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	893
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	896
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.159	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.087	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.242	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.847	4.058	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.845	4.057	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.421	6.073	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.42	6.074	2312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.59	4.48	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.589	4.482	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.804	6.545	3020
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.803	6.547	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.429	46.697	4688
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.402	46.48	4621
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.079	0.05	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.102	0.05	3716
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.098	0.05	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.087	0.05	3774
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.077	0.05	3821
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.078	0.05	3779

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.24-2.298	0.37	119	0.32	2060	X-RAY DIFFRACTION	99.8168
2.298-2.361	0.355	100	0.299	2031	X-RAY DIFFRACTION	99.9062
2.361-2.429	0.387	121	0.299	1903	X-RAY DIFFRACTION	99.9506
2.429-2.504	0.422	105	0.299	1905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.504-2.586	0.321	91	0.28	1853	X-RAY DIFFRACTION	99.9486
2.586-2.677	0.322	98	0.259	1790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.677-2.778	0.292	95	0.22	1723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.778-2.891	0.287	89	0.217	1651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.891-3.019	0.312	89	0.227	1581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.019-3.167	0.263	77	0.23	1548	X-RAY DIFFRACTION	99.9385
3.167-3.338	0.291	81	0.233	1455	X-RAY DIFFRACTION	99.9349
3.338-3.54	0.244	71	0.213	1389	X-RAY DIFFRACTION	99.8632
3.54-3.783	0.227	60	0.19	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
3.783-4.086	0.223	54	0.182	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
4.086-4.474	0.221	50	0.168	1123	X-RAY DIFFRACTION	100
4.474-5	0.209	54	0.147	1038	X-RAY DIFFRACTION	99.9085
5-5.77	0.221	57	0.189	904	X-RAY DIFFRACTION	100
5.77-7.057	0.315	40	0.225	785	X-RAY DIFFRACTION	99.8789
7.057-9.94	0.161	35	0.176	621	X-RAY DIFFRACTION	99.8478
9.94-42.46	0.281	16	0.247	373	X-RAY DIFFRACTION	97.9849

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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