PDB-8xwk: Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xwk

タイトル

Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase from Herbaspillum huttiense (apo form)

要素

SDR family oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / Rossmann Fold

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :

機能・相同性情報

生物種

Herbaspirillum huttiense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Akagashi, M. / Watanabe, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of L-2-keto-3-deoxyfuconate 4-dehydrogenase reveals a unique binding mode as a alpha-furanosyl hemiketal of substrates.
著者: Akagashi, M. / Watanabe, S. / Kwiatkowski, S. / Drozak, J. / Terawaki, S. / Watanabe, Y.

履歴

登録	2024年1月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xwk.cif.gz	215.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xwk.ent.gz	171 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xwk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xwk_validation.pdf.gz	464.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xwk_full_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示
XML形式データ	8xwk_validation.xml.gz	46.5 KB	表示
CIF形式データ	8xwk_validation.cif.gz	70.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/8xwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/8xwk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8y11C 8y46C 8y4bC 8y4jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SDR family oxidoreductase

B: SDR family oxidoreductase

C: SDR family oxidoreductase

D: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
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1

A: SDR family oxidoreductase

登録者が定義した集合体
26 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SDR family oxidoreductase

登録者が定義した集合体
26 kDa, 1 ポリマー
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3

C: SDR family oxidoreductase

登録者が定義した集合体
26 kDa, 1 ポリマー
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4

D: SDR family oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.761, 112.364, 129.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SDR family oxidoreductase 分子量: 26032.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Herbaspirillum huttiense (バクテリア) 遺伝子: E2K99_19890 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P7ABK7
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1077 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M TRIS-HCl pH8.5, 25% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→48.39 Å / Num. obs: 239340 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.45 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.27→1.29 Å / Num. unique obs: 23572 / CC_1/2: 0.821

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.27→45 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2005	12129	5.07 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1798	239295	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7137	0	21	1077	8235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7501
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.836	10206
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.051	1119
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1223
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.27-1.28	0.2942	388	0.2726	7510	X-RAY DIFFRACTION	99
1.28-1.3	0.2943	455	0.2688	7354	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3-1.32	0.2869	411	0.2659	7448	X-RAY DIFFRACTION	99
1.32-1.33	0.2687	398	0.2579	7486	X-RAY DIFFRACTION	99
1.33-1.35	0.2495	364	0.2523	7477	X-RAY DIFFRACTION	99
1.35-1.37	0.2723	408	0.2486	7540	X-RAY DIFFRACTION	99
1.37-1.39	0.2569	385	0.244	7498	X-RAY DIFFRACTION	99
1.39-1.41	0.264	395	0.2379	7460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.43	0.2531	423	0.2301	7524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.2293	422	0.2157	7504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.48	0.2133	383	0.206	7539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.51	0.2206	391	0.2027	7513	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.2148	404	0.1963	7564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.57	0.2085	407	0.1852	7528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.2119	387	0.1872	7565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.64	0.199	413	0.1859	7500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.68	0.2086	409	0.1846	7580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.72	0.2205	397	0.1856	7552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.77	0.2111	381	0.19	7574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.83	0.2153	415	0.1906	7575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.9	0.2224	385	0.1851	7623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.97	0.2064	416	0.1826	7563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.06	0.1887	424	0.1779	7560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.17	0.1912	421	0.1721	7628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.31	0.1921	409	0.1676	7640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.49	0.1935	386	0.1705	7655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.74	0.2061	440	0.1669	7643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.13	0.1892	369	0.166	7763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.95	0.1793	389	0.1533	7781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-45	0.1624	454	0.1499	8019	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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