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- PDB-8xtf: Crystal structure of methyltransferase MpaG' in complex with SAH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xtf
タイトルCrystal structure of methyltransferase MpaG' in complex with SAH and FDHMP-3C
要素O-methyltransferase mpaG'
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / methyltransferase / MpaG' / MPA biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


mycophenolic acid biosynthetic process / polyketide synthase activity / terpenoid biosynthetic process / O-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / O-methyltransferase mpaG'
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium brevicompactum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者You, C. / Pan, Y.J. / Li, S.Y. / Feng, Y.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070125 中国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for substrate flexibility of the O-methyltransferase MpaG' involved in mycophenolic acid biosynthesis.
著者: You, C. / Pan, Y. / Liu, R. / Li, S. / Feng, Y.
履歴
登録2024年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-methyltransferase mpaG'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4523
ポリマ－43,6931
非ポリマー7592
水3,315184
1
A: O-methyltransferase mpaG'
ヘテロ分子

A: O-methyltransferase mpaG'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9046
ポリマ－87,3862
非ポリマー1,5184
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_444x-y-1/3,-y-2/3,-z-2/31
Buried area8890 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area29710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.754, 211.754, 67.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"

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要素

#1: タンパク質 O-methyltransferase mpaG' / Mycophenolic acid biosynthesis cluster protein G'


分子量: 43693.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium brevicompactum (菌類) / 株: NRRL 864 / 遺伝子: mpaG' / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0B5L781, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-A1LWC / 4-farnesyl-3,5-dihydroxy-6-methylphthalide-3C / (4~{E},8~{E})-4,8-dimethyl-10-[7-methyl-4,6-bis(oxidanyl)-3-oxidanylidene-1~{H}-2-benzofuran-5-yl]deca-4,8-dienoic acid


分子量: 374.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 10%PEG 8000, 0.1 M CHES, pH 9.5 and 0.2 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→63.36 Å / Num. obs: 32213 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.33 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.5 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Num. measured all: 5160 / Num. unique obs: 2619 / CC1/2: 0.614 / Rpim(I) all: 0.433 / Rrim(I) all: 0.612 / Χ2: 0.51 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.13→37.91 Å / SU ML: 0.2464 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.6239
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2101 1558 4.84 %RANDOM
Rwork0.1691 30627 --
obs0.1711 32185 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→37.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3053 0 53 184 3290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00733181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83224327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0501471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9573464
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.20.28961420.23082760X-RAY DIFFRACTION99.73
2.2-2.280.25811470.21062763X-RAY DIFFRACTION99.86
2.28-2.370.26171570.20982756X-RAY DIFFRACTION99.86
2.37-2.480.2431370.19822762X-RAY DIFFRACTION99.9
2.48-2.610.26681530.19772760X-RAY DIFFRACTION99.86
2.61-2.770.24081540.19392764X-RAY DIFFRACTION99.97
2.77-2.990.27611420.19172772X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.290.21271160.17962803X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.760.19281420.15972806X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.740.1391390.12492814X-RAY DIFFRACTION100
4.74-37.910.15271290.13452867X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.97859908276-0.9959984471860.1878305698863.242538163770.9725526984971.68122495014-0.151013677439-0.0931274672402-0.004312512755070.542057642888-0.1104027608560.7323968917140.0151916189637-0.5411449591330.2217449467170.251069375450.01023288769240.04438727760490.385343081847-0.09396092621350.349298446067-19.3923857536-58.4277313286-16.9671356544
20.8311445425270.287219594643-0.09740610731122.23949321275-0.2945244796291.72751174306-0.01033258236630.1321186084890.0927718551059-0.271371866128-0.002140557929710.00267383051305-0.252706258439-0.0696453071903-0.006315631893680.225581960750.03196770368520.004222457910410.143806169987-0.008059503821840.1171311415211.11642489707-54.8430770406-35.5935491201
31.4927390859-0.3801675492530.3675959023731.4604248636-0.4789545354031.883072013160.04853103515830.1947456233460.046307556521-0.22688092906-0.09200636827640.114603079687-0.0868782645705-0.03106434634210.05708185071420.2423952104780.0310257846227-0.008358838036270.161036794343-0.02767303040260.147973886956-0.46773191962-48.4332707257-30.7529795989
41.795322354050.543580842586-0.4374285433983.58195213833-1.31746828160.7120662533020.126251193158-0.173070365196-0.02924611160270.393008069465-0.168984790947-0.4683445988720.1048357108650.08105369845440.02979709220860.264941054462-0.00273291582127-0.04671905824050.217150972944-0.03652693425030.25456450784616.3554655349-59.7389531918-9.44545113098
51.26715792076-0.611924725919-0.8013662293471.03972418750.6613540172361.448950642410.01905906213030.06837704615730.00113540110341-0.0259376311129-0.04290783896090.0272502049766-0.0554528828926-0.1172942034670.01811435697220.162884186634-0.0119756205317-0.006399837305860.154978256171-0.002510747297040.2089106283060.469180298915-35.9421698258-8.37976369342
64.91257995349-0.985708799364-2.058598941091.209561997891.230779034842.157677355530.2797722625080.3244204072740.40511510528-0.184359382525-0.0486192911714-0.217128269477-0.375010908342-0.0155384211647-0.2202808284880.1935856998130.001772350302740.01504629675790.1624595580540.03222695363930.2198426789044.65292474379-26.9431094559-10.1538844511
71.62910049368-0.07171209325530.01222505477611.871984297380.5326291953161.32276272483-0.0958237568253-0.0950211108435-0.03884740750350.07520725368510.0850924884625-0.03737976499280.08884798341180.0745727091566-0.005461607820080.163849415029-0.00268493016164-0.01543299699060.165755917329-0.01036498386510.1822654901534.7381618126-37.0970460723.67889212989
80.455995489527-0.473540164413-0.255399152241.527124355620.4889638311963.12749631816-0.02188032853530.0536537119506-0.1317985560780.03289386579480.0775551748546-0.0528246476190.0656893202046-0.132341726487-0.06813171178760.255164296668-0.03252264740070.01427055588610.210723228729-0.02386242182680.2022123686920.765051139034-53.2955645267-1.0705321908
93.33972747660.2989982525010.7540999890672.235477766510.3304439763151.142463250920.00275094613345-0.149292862941-0.05180769020250.112978132453-0.1225363291990.1994786973350.18111436969-0.4386833579280.1041488201380.18031984082-0.05078610795770.01942334116870.186337665866-0.02150246245290.182998442383-7.1878052977-42.47606746873.46172700195
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 42 )4 - 421 - 39
22chain 'A' and (resid 43 through 108 )43 - 10840 - 105
33chain 'A' and (resid 109 through 143 )109 - 143106 - 140
44chain 'A' and (resid 144 through 181 )144 - 181141 - 178
55chain 'A' and (resid 182 through 252 )182 - 252179 - 249
66chain 'A' and (resid 253 through 284 )253 - 284250 - 281
77chain 'A' and (resid 285 through 336 )285 - 336282 - 333
88chain 'A' and (resid 337 through 375 )337 - 375334 - 372
99chain 'A' and (resid 376 through 398 )376 - 398373 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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