PDB-8xtg: Crystal structure of methyltransferase MpaG' in complex with SAH ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xtg

タイトル

Crystal structure of methyltransferase MpaG' in complex with SAH and DMMPA

要素

O-methyltransferase mpaG'

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / methyltransferase / MpaG' / MPA biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

mycophenolic acid biosynthetic process / polyketide synthase activity / terpenoid biosynthetic process / O-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Penicillium brevicompactum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

You, C. / Pan, Y.J. / Li, S.Y. / Feng, Y.G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for substrate flexibility of the O-methyltransferase MpaG' involved in mycophenolic acid biosynthesis.
著者: You, C. / Pan, Y. / Liu, R. / Li, S. / Feng, Y.

履歴

登録	2024年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xtg.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xtg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xtg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8xtg_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xtg_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	8xtg_validation.xml.gz	99.4 KB	表示
CIF形式データ	8xtg_validation.cif.gz	143.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/8xtg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/8xtg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8xteC 8xtfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O-methyltransferase mpaG'

B: O-methyltransferase mpaG'

C: O-methyltransferase mpaG'

D: O-methyltransferase mpaG'

E: O-methyltransferase mpaG'

F: O-methyltransferase mpaG'

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
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1

A: O-methyltransferase mpaG'

B: O-methyltransferase mpaG'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
88.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: O-methyltransferase mpaG'

D: O-methyltransferase mpaG'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: O-methyltransferase mpaG'

F: O-methyltransferase mpaG'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	199.541, 199.541, 67.154
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Space group name Hall	P3₂

#1: タンパク質	O-methyltransferase mpaG' / Mycophenolic acid biosynthesis cluster protein G' 分子量: 43693.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium brevicompactum (菌類) / 株: NRRL 864 / 遺伝子: mpaG' / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0B5L781, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1LWD / O-desmethyl mycophenolic acid / (~{E})-4-methyl-6-[7-methyl-4,6-bis(oxidanyl)-3-oxidanylidene-1~{H}-2-benzofuran-5-yl]hex-4-enoic acid 分子量: 306.311 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1776 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.22 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 15% PEG3350 (w/v), 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0 and 0.2 M magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.97 Å / Num. obs: 202861 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.29 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.146 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.942 / Num. measured all: 48859 / Num. unique obs: 9929 / CC_1/2: 0.666 / R_pim(I) all: 0.472 / R_rim(I) all: 1.056 / Χ²: 0.9 / Net I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2→47.93 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 164.13 / 位相誤差: 35.2064
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2112	10417	5.14 %	RANDOM
R_work	0.1618	192412	-	-
obs	0.1649	202829	99.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18239	0	288	1776	20303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	18983
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6516	25822
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0432	2814
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	3391
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.5379	2748

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.2625	528	0.232	9487	X-RAY DIFFRACTION	93.09
2.03-2.07	0.2553	498	0.2212	9643	X-RAY DIFFRACTION	95.06
2.07-2.11	0.2826	474	0.2145	9708	X-RAY DIFFRACTION	95.34
2.11-2.15	0.2689	541	0.2094	9604	X-RAY DIFFRACTION	94.64
2.15-2.2	0.2568	526	0.2025	9570	X-RAY DIFFRACTION	94.72
2.2-2.25	0.2505	528	0.1934	9665	X-RAY DIFFRACTION	94.81
2.25-2.31	0.2554	466	0.1896	9684	X-RAY DIFFRACTION	95.4
2.31-2.37	0.2565	558	0.1849	9565	X-RAY DIFFRACTION	94.45
2.37-2.44	0.2547	541	0.183	9566	X-RAY DIFFRACTION	94.62
2.44-2.52	0.2222	499	0.176	9697	X-RAY DIFFRACTION	95.11
2.52-2.61	0.216	490	0.1741	9646	X-RAY DIFFRACTION	95.16
2.61-2.71	0.2391	507	0.1696	9628	X-RAY DIFFRACTION	95
2.71-2.83	0.2119	510	0.1657	9703	X-RAY DIFFRACTION	95.01
2.83-2.98	0.2087	548	0.1589	9557	X-RAY DIFFRACTION	94.58
2.98-3.17	0.2008	549	0.1526	9642	X-RAY DIFFRACTION	94.58
3.17-3.41	0.2036	530	0.1401	9594	X-RAY DIFFRACTION	94.76
3.41-3.76	0.185	567	0.1342	9599	X-RAY DIFFRACTION	94.36
3.76-4.3	0.1552	502	0.1214	9634	X-RAY DIFFRACTION	95.03
4.3-5.42	0.1817	577	0.1295	9552	X-RAY DIFFRACTION	94.21
5.42-47.93	0.2165	471	0.1803	9675	X-RAY DIFFRACTION	95.21

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.288258787238	-0.00724575677666	-0.222419802625	0.852579829682	-0.121641925942	0.941823721971	-0.0189620015621	0.0295472623363	-0.0774924493215	0.0166646524822	-0.00221231105965	0.0724369842017	0.164117367072	-0.215700666501	0.0115641494086	0.304843348938	-0.0663035096539	-0.0203799224291	0.303121337447	-0.0113896817062	0.0875341038944	35.5061456245	-0.602474302496	1.56188559581
2	0.667520384478	0.537677471667	0.363111433986	1.39451914142	0.743516650296	0.970902443603	0.000728627666633	-0.00270741209781	-0.0398363958646	0.0031475095074	-0.0232929173315	-0.0308438811219	0.0501451787083	-0.0382314017887	0.0226110479881	0.235932276291	-0.0361240806696	-0.00286573651881	0.244768924153	0.00614681102889	0.0849687428797	39.7065845644	-16.5742362463	-20.6539951049
3	2.94601593193	-1.69575603196	-1.28166129774	5.65532833345	3.50010859533	3.20739344268	-0.450502918813	-0.281794016797	-0.194110850463	0.503827994601	0.08626756019	0.56438382552	0.105638903565	-0.516686838819	0.328553797915	0.310218943495	0.028545744296	0.0207026980786	0.637080539706	-0.0156131134748	0.200871181854	15.3137519833	4.75363041467	4.31681799453
4	0.154575103656	-0.0361026799849	-0.0820405775034	0.251452611095	0.209867015252	0.504988407372	0.0294738648876	0.0464956143199	0.00473742507133	-0.0764453552441	-0.0281634019138	0.0200635413986	-0.0217441092754	-0.0997796863844	0.00105543998748	0.232662539674	-0.0205067056106	-0.0120110009202	0.275949454344	0.0163982607902	0.0860970961411	36.0087260099	18.6009116833	0.27490507037
5	5.36321313567	-1.95904732523	-0.91530446961	1.0617918977	0.609545733607	0.404973216658	0.398206762688	0.386572101958	0.601660248409	-0.368869549772	-0.0870881516694	-0.258500169782	-0.275979693298	-0.0900643962632	-0.175266770065	0.26019321758	-0.0191470600992	0.00121692591479	0.356069301584	0.0679325046838	0.133229729422	34.4336115056	39.8197171355	11.2591357344
6	0.344972344215	-0.12976080845	-0.479740287728	0.882210031989	0.413266165122	1.11575658305	-0.0327720279078	-0.0314777347719	0.0662410251071	0.0904532312851	0.0214975790556	0.0877793995049	0.135739968262	0.0608802321584	-0.000876299229508	0.262386520023	-0.0041241901293	-0.0240472624695	0.336048313593	0.0122476125351	0.0603327968041	33.0337095156	22.3276729356	23.0937032805
7	0.747557157755	-0.0575818814166	0.250109286753	0.352233834754	0.0284227202166	0.609894593854	-0.00388064940121	0.025824453319	0.0603794418408	0.00473164272321	-0.0152501872525	-0.0251226540313	-0.0670365431928	0.0980219913573	0.0177688627838	0.240039091878	-0.0197148519205	0.00117182058394	0.284412720795	0.0126132372326	0.0869631605637	71.2904947069	33.6226795528	-4.30764225012
8	0.894014939352	-0.421409775848	0.20784879065	1.64049847873	-0.306192687933	0.638958035553	-0.01000604015	0.0740466003856	0.00986430582443	-0.0841844963924	0.00831518156086	0.0669748463986	-0.146420656585	0.0804650187184	0.000199376703456	0.258302027482	-0.0459572111307	0.00241376377548	0.242210802296	0.0107201094769	0.0799800350129	59.9518314149	44.5050427287	-26.9246979351
9	7.01765994884	-2.56759715546	3.56207329533	4.7602969455	-1.99828984879	2.15740826385	-0.626503263695	-0.553680414645	0.646368895533	0.432903508465	0.17681176902	-0.577819612103	-0.522015462795	0.434800915079	0.394134590866	0.405724117474	-0.0894690383176	-0.0794545951141	0.536599369274	0.0260265388973	0.242263475975	92.0434639085	43.6521791252	-0.684411200131
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 5 through 181 )	A	A	5 - 181	1 - 177
2	2	chain 'A' and (resid 182 through 398 )	A	A	182 - 398	178 - 394
3	3	chain 'B' and (resid 4 through 42 )	B	D	4 - 42	1 - 39
4	4	chain 'B' and (resid 43 through 252 )	B	D	43 - 252	40 - 249
5	5	chain 'B' and (resid 253 through 284 )	B	D	253 - 284	250 - 281
6	6	chain 'B' and (resid 285 through 398 )	B	D	285 - 398	282 - 395
7	7	chain 'C' and (resid 6 through 201 )	C	G	6 - 201	1 - 196
8	8	chain 'C' and (resid 202 through 398 )	C	G	202 - 398	197 - 393
9	9	chain 'D' and (resid 4 through 42 )	D	J	4 - 42	1 - 39
10	10	chain 'D' and (resid 43 through 252 )	D	J	43 - 252	40 - 249
11	11	chain 'D' and (resid 253 through 284 )	D	J	253 - 284	250 - 281
12	12	chain 'D' and (resid 285 through 398 )	D	J	285 - 398	282 - 395
13	13	chain 'E' and (resid 8 through 42 )	E	M	8 - 42	1 - 35
14	14	chain 'E' and (resid 43 through 69 )	E	M	43 - 69	36 - 62
15	15	chain 'E' and (resid 70 through 108 )	E	M	70 - 108	63 - 101
16	16	chain 'E' and (resid 109 through 142 )	E	M	109 - 142	102 - 135
17	17	chain 'E' and (resid 143 through 181 )	E	M	143 - 181	136 - 174
18	18	chain 'E' and (resid 182 through 221 )	E	M	182 - 221	175 - 214
19	19	chain 'E' and (resid 222 through 284 )	E	M	222 - 284	215 - 277
20	20	chain 'E' and (resid 285 through 344 )	E	M	285 - 344	278 - 337
21	21	chain 'E' and (resid 345 through 398 )	E	M	345 - 398	338 - 391
22	22	chain 'F' and (resid 5 through 181 )	F	P	5 - 181	1 - 177
23	23	chain 'F' and (resid 182 through 398 )	F	P	182 - 398	178 - 389

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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