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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xte | ||||||
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タイトル | Crystal structure of methyltransferase MpaG' in complex with SAH and FDHMP | ||||||
要素 | O-methyltransferase mpaG' | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / methyltransferase / MpaG' / MPA biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mycophenolic acid biosynthetic process / polyketide synthase activity / terpenoid biosynthetic process / O-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Penicillium brevicompactum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | You, C. / Pan, Y.J. / Li, S.Y. / Feng, Y.G. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024 タイトル: Structural basis for substrate flexibility of the O-methyltransferase MpaG' involved in mycophenolic acid biosynthesis. 著者: You, C. / Pan, Y. / Liu, R. / Li, S. / Feng, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xte.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xte.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8xte.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xte_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8xte_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8xte_validation.xml.gz | 108.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xte_validation.cif.gz | 159.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/8xte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/8xte | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8xtfC 8xtgC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43693.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium brevicompactum (菌類) / 株: NRRL 864 / 遺伝子: mpaG' / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0B5L781, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 化合物 | ChemComp-A1LWB / 分子量: 384.508 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H32O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.87 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 15% PEG3350, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.0 and 0.2 M sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→47.97 Å / Num. obs: 222904 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.177 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.03 Å / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.938 / Num. measured all: 54830 / Num. unique obs: 10735 / CC1/2: 0.728 / Rpim(I) all: 0.456 / Rrim(I) all: 1.045 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold 解像度: 1.99→47.92 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 211.62 / 位相誤差: 22.2849 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→47.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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