PDB-8xte: Crystal structure of methyltransferase MpaG' in complex with SAH ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xte

タイトル

Crystal structure of methyltransferase MpaG' in complex with SAH and FDHMP

要素

O-methyltransferase mpaG'

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / methyltransferase / MpaG' / MPA biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

mycophenolic acid biosynthetic process / polyketide synthase activity / terpenoid biosynthetic process / O-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Penicillium brevicompactum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

You, C. / Pan, Y.J. / Li, S.Y. / Feng, Y.G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for substrate flexibility of the O-methyltransferase MpaG' involved in mycophenolic acid biosynthesis.
著者: You, C. / Pan, Y. / Liu, R. / Li, S. / Feng, Y.

履歴

登録	2024年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xte.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
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PDBx/mmJSON形式	8xte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8xte_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xte_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	8xte_validation.xml.gz	108.7 KB	表示
CIF形式データ	8xte_validation.cif.gz	159.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/8xte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/8xte	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8xtfC 8xtgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O-methyltransferase mpaG'

B: O-methyltransferase mpaG'

C: O-methyltransferase mpaG'

D: O-methyltransferase mpaG'

E: O-methyltransferase mpaG'

F: O-methyltransferase mpaG'

ヘテロ分子

267 kDa, 6 ポリマー
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1

A: O-methyltransferase mpaG'

B: O-methyltransferase mpaG'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
88.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: O-methyltransferase mpaG'

F: O-methyltransferase mpaG'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.9 kDa, 2 ポリマー
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3

D: O-methyltransferase mpaG'

E: O-methyltransferase mpaG'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	208.769, 208.769, 67.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Space group name Hall	P3₂

#1: タンパク質	O-methyltransferase mpaG' / Mycophenolic acid biosynthesis cluster protein G' 分子量: 43693.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium brevicompactum (菌類) / 株: NRRL 864 / 遺伝子: mpaG' / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0B5L781, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-A1LWB / 4-farnesyl-3,5-dihydroxy-6-methylphthalide / 4-methyl-5,7-bis(oxidanyl)-6-[(2~{E},6~{E})-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienyl]-3~{H}-2-benzofuran-1-one 分子量: 384.508 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.87 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 15% PEG3350, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.0 and 0.2 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→47.97 Å / Num. obs: 222904 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 20 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.177 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.99→2.03 Å / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.938 / Num. measured all: 54830 / Num. unique obs: 10735 / CC_1/2: 0.728 / R_pim(I) all: 0.456 / R_rim(I) all: 1.045 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.99→47.92 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 211.62 / 位相誤差: 22.2849
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2194	10903	4.89 %	RANDOM
R_work	0.1695	211966	-	-
obs	0.1715	222869	99.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→47.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18318	0	324	2403	21045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	19104
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7136	25985
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0447	2827
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	3417
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.7602	2793

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.03	0.2746	511	0.222	10342	X-RAY DIFFRACTION	92.27
2.03-2.07	0.2717	576	0.2083	10500	X-RAY DIFFRACTION	94.78
2.07-2.11	0.2408	554	0.2079	10708	X-RAY DIFFRACTION	95.07
2.11-2.15	0.2579	562	0.1985	10533	X-RAY DIFFRACTION	94.89
2.15-2.19	0.2763	561	0.1969	10610	X-RAY DIFFRACTION	94.93
2.2-2.25	0.2235	572	0.186	10599	X-RAY DIFFRACTION	94.87
2.25-2.3	0.2364	594	0.1816	10567	X-RAY DIFFRACTION	94.64
2.3-2.36	0.2314	494	0.178	10657	X-RAY DIFFRACTION	95.55
2.36-2.43	0.2229	556	0.1804	10593	X-RAY DIFFRACTION	95
2.43-2.51	0.2224	480	0.1775	10660	X-RAY DIFFRACTION	95.67
2.51-2.6	0.248	592	0.1702	10590	X-RAY DIFFRACTION	94.68
2.6-2.71	0.2426	544	0.1673	10662	X-RAY DIFFRACTION	95.14
2.71-2.83	0.237	531	0.1693	10561	X-RAY DIFFRACTION	95.2
2.83-2.98	0.2154	580	0.1622	10576	X-RAY DIFFRACTION	94.78
2.98-3.17	0.219	522	0.1567	10671	X-RAY DIFFRACTION	95.33
3.17-3.41	0.2082	490	0.1514	10693	X-RAY DIFFRACTION	95.62
3.41-3.75	0.2078	555	0.1466	10593	X-RAY DIFFRACTION	95
3.75-4.3	0.1626	534	0.1365	10643	X-RAY DIFFRACTION	95.22
4.3-5.41	0.1872	568	0.1456	10582	X-RAY DIFFRACTION	94.9
5.41-47.92	0.2202	524	0.2047	10629	X-RAY DIFFRACTION	95.11

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.10706260947	-0.355631419249	-0.0461295593616	1.0278189348	-0.271843439235	1.22390702647	0.0467507097951	0.0595214128281	0.0189259562564	-0.0184924044858	-0.0531091089242	-0.0333124817979	-0.0415471109655	0.116986699822	0.00368322983381	0.155433757295	0.0117072705357	-0.0187483576655	0.207732831791	0.00210979452571	0.0856111436602	-16.9728918429	89.6437612017	-16.3600045387
2	1.43326006106	-0.202059367806	0.581453746165	0.705493911286	0.0843344072802	1.1187982271	0.00702037158754	-0.0616648766992	-0.0468277429052	0.0277895376369	-0.0234576367667	-0.015236199115	-0.0495588328045	-0.0356112705828	0.0147249868517	0.133586899154	-0.000240461536715	0.00469845771936	0.117563691011	0.0172271639051	0.0877370614289	-5.1536275485	77.9779321307	5.80086120232
3	5.56665594248	-1.3715779889	2.90224794227	4.50832309141	-3.45888631872	3.49622730339	-0.219916735355	0.263695968766	0.680960432239	-0.201468040058	-0.151510641103	-0.349800769593	-0.265009168591	0.235363548575	0.351920382084	0.460358833058	-0.0916125043715	-0.0059660048926	0.315478158313	0.0350290840255	0.191009879019	-11.6979903056	109.816852096	-19.209546171
4	3.5172322587	-1.25387310007	-0.347088710107	0.533657287942	-0.0326272763762	0.370245498097	0.0716815005624	0.132850739177	0.131163527475	-0.0563410062918	-0.0151781576546	-0.0336038861559	0.0391042924403	-0.0363450152003	-0.0583158732314	0.20043292299	0.0231175731711	0.00595379523785	0.176458213375	0.00975964528099	0.118132996301	-21.8606263045	90.9136372235	-8.53183813114
5	3.25165467056	-0.122322565552	0.292608713451	1.77743054416	-0.397837671571	4.44501598587	-0.084490273703	-0.153696135924	-0.00537929556466	0.448437038786	0.23110051472	0.135214207163	-0.696221532515	-0.403117346633	-0.114640423438	0.356198923797	0.178629772555	0.0206478308419	0.349909112708	-0.00205247816991	0.148316432364	-34.4031405704	102.343086193	5.74749728685
6	0.959408417462	-0.287005543197	0.107039419431	0.802408722496	-0.284277807338	1.19856206005	-0.0413337673648	-0.153309426685	0.0382926810944	0.210595130093	0.021785689116	0.0384780833924	-0.0404109233918	-0.104834285747	0.00544215827772	0.177265886849	0.0298052717051	-0.00631005094386	0.154594654726	0.016220919414	0.0867799564758	-29.3431231756	95.3981617391	-7.17515279229
7	3.81189341369	-2.37043627731	-0.0379336815986	2.02065036196	-0.110936597685	0.185102350009	0.16744700608	0.0950299885282	-0.686128561336	-0.299454703214	-0.093083593249	0.439594249412	0.0104381164254	-0.100968785267	-0.0530530518256	0.195700384322	0.000982662814031	-0.0531055677895	0.227042524426	-0.0238594708101	0.208161259924	-39.7584677267	86.7402492255	-24.6264921346
8	0.788433327468	-0.672348329167	0.306516261051	2.73777445675	-1.60069276799	1.55595981674	0.000148592702198	-0.106677160851	0.0532886426817	-0.0234352786142	5.40579661855E-6	-0.0178537803648	-0.0107127348786	0.0222159695226	0.00342549051073	0.160349798689	-0.00151237829644	0.0203029709063	0.1431787679	-0.00780089785462	0.124325326793	-40.7412188786	115.246169231	-31.3690243332
9	1.59156754062	2.43462266755	-0.756798635936	6.62646060981	-2.40388768485	2.2749560089	0.140795448975	-0.119433130241	0.106425335554	0.50630003094	0.00810438603933	0.572935506255	-0.297569728259	-0.310367232984	-0.0989388463773	0.169449041408	0.00537766814032	0.0374450289688	0.187889706339	0.00455672320953	0.168207190156	-52.050763869	109.604828636	-26.2644658223
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37	1.05119180868	-0.333862082374	-0.750773548338	0.679480470573	-0.186719344868	1.38557194284	-0.0189334626854	0.0142559254703	0.127946931476	0.114129022243	0.0599864647867	0.0350836728525	-0.0921835881717	-0.121361225862	-0.0282650452468	0.25196143773	-0.0400881654146	0.000620771714055	0.152520011606	-0.0104876909131	0.0922403463495	-43.3683190547	16.4478947246	49.92961615
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 181 )	A	A	4 - 181	1 - 178
2	2	chain 'A' and (resid 182 through 398 )	A	A	182 - 398	179 - 395
3	3	chain 'B' and (resid 4 through 42 )	B	D	4 - 42	1 - 39
4	4	chain 'B' and (resid 43 through 69 )	B	D	43 - 69	40 - 66
5	5	chain 'B' and (resid 70 through 95 )	B	D	70 - 95	67 - 92
6	6	chain 'B' and (resid 96 through 157 )	B	D	96 - 157	93 - 154
7	7	chain 'B' and (resid 158 through 201 )	B	D	158 - 201	155 - 198
8	8	chain 'B' and (resid 202 through 253 )	B	D	202 - 253	199 - 250
9	9	chain 'B' and (resid 254 through 284 )	B	D	254 - 284	251 - 281
10	10	chain 'B' and (resid 285 through 309 )	B	D	285 - 309	282 - 306
11	11	chain 'B' and (resid 310 through 344 )	B	D	310 - 344	307 - 341
12	12	chain 'B' and (resid 345 through 398 )	B	D	345 - 398	342 - 395
13	13	chain 'C' and (resid 4 through 157 )	C	G	4 - 157	1 - 154
14	14	chain 'C' and (resid 158 through 181 )	C	G	158 - 181	155 - 178
15	15	chain 'C' and (resid 182 through 336 )	C	G	182 - 336	179 - 333
16	16	chain 'C' and (resid 337 through 398 )	C	G	337 - 398	334 - 395
17	17	chain 'D' and (resid 4 through 42 )	D	J	4 - 42	1 - 39
18	18	chain 'D' and (resid 43 through 69 )	D	J	43 - 69	40 - 66
19	19	chain 'D' and (resid 70 through 108 )	D	J	70 - 108	67 - 105
20	20	chain 'D' and (resid 109 through 143 )	D	J	109 - 143	106 - 140
21	21	chain 'D' and (resid 144 through 181 )	D	J	144 - 181	141 - 178
22	22	chain 'D' and (resid 182 through 252 )	D	J	182 - 252	179 - 249
23	23	chain 'D' and (resid 253 through 284 )	D	J	253 - 284	250 - 281
24	24	chain 'D' and (resid 285 through 336 )	D	J	285 - 336	282 - 333
25	25	chain 'D' and (resid 337 through 374 )	D	J	337 - 374	334 - 371
26	26	chain 'D' and (resid 375 through 398 )	D	J	375 - 398	372 - 395
27	27	chain 'E' and (resid 4 through 42 )	E	M	4 - 42	1 - 39
28	28	chain 'E' and (resid 43 through 181 )	E	M	43 - 181	40 - 178
29	29	chain 'E' and (resid 182 through 284 )	E	M	182 - 284	179 - 281
30	30	chain 'E' and (resid 285 through 398 )	E	M	285 - 398	282 - 395
31	31	chain 'F' and (resid 4 through 42 )	F	P	4 - 42	1 - 39
32	32	chain 'F' and (resid 43 through 69 )	F	P	43 - 69	40 - 66
33	33	chain 'F' and (resid 70 through 143 )	F	P	70 - 143	67 - 140
34	34	chain 'F' and (resid 144 through 181 )	F	P	144 - 181	141 - 178
35	35	chain 'F' and (resid 182 through 252 )	F	P	182 - 252	179 - 249
36	36	chain 'F' and (resid 253 through 284 )	F	P	253 - 284	250 - 281
37	37	chain 'F' and (resid 285 through 336 )	F	P	285 - 336	282 - 333
38	38	chain 'F' and (resid 337 through 375 )	F	P	337 - 375	334 - 372
39	39	chain 'F' and (resid 376 through 398 )	F	P	376 - 398	373 - 395

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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