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Yorodumi- PDB-8xte: Crystal structure of methyltransferase MpaG' in complex with SAH ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8xte | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of methyltransferase MpaG' in complex with SAH and FDHMP | ||||||
Components | O-methyltransferase mpaG' | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / methyltransferase / MpaG' / MPA biosynthesis | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmycophenolic acid biosynthetic process / polyketide synthase activity / terpenoid biosynthetic process / O-methyltransferase activity / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / methyltransferase activity / methylation / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Penicillium brevicompactum (fungus) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.99 Å | ||||||
Authors | You, C. / Pan, Y.J. / Li, S.Y. / Feng, Y.G. | ||||||
| Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2024Title: Structural basis for substrate flexibility of the O-methyltransferase MpaG' involved in mycophenolic acid biosynthesis. Authors: You, C. / Pan, Y. / Liu, R. / Li, S. / Feng, Y. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8xte.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8xte.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 8xte.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8xte_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8xte_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | |
| Data in XML | 8xte_validation.xml.gz | 108.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 8xte_validation.cif.gz | 159.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/8xte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/8xte | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8xtfC ![]() 8xtgC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 43693.082 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Penicillium brevicompactum (fungus) / Strain: NRRL 864 / Gene: mpaG' / Plasmid: pETM-11 / Production host: ![]() References: UniProt: A0A0B5L781, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases #2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Chemical | ChemComp-A1LWB / Mass: 384.508 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: obtained synthetically / Formula: C24H32O4 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.23 Å3/Da / Density % sol: 61.87 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion Details: 15% PEG3350, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.0 and 0.2 M sodium chloride |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97853 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 8, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.99→47.97 Å / Num. obs: 222904 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.177 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.1 |
| Reflection shell | Resolution: 1.99→2.03 Å / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.938 / Num. measured all: 54830 / Num. unique obs: 10735 / CC1/2: 0.728 / Rpim(I) all: 0.456 / Rrim(I) all: 1.045 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: AlphaFold Resolution: 1.99→47.92 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 211.62 / Phase error: 22.2849 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 21.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.99→47.92 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Penicillium brevicompactum (fungus)
X-RAY DIFFRACTION
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