[日本語] English
万見
- PDB-8xn7: Crystal structure of HPK1 kinase domain T165E,S171E phosphomimeti... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xn7
タイトルCrystal structure of HPK1 kinase domain T165E,S171E phosphomimetic mutant in complex with compound 9f
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Huang, W.X. / Liu, R. / Ding, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071446 中国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of 5-aminopyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one derivatives as new hematopoietic progenitor kinase 1 (HPK1) inhibitors.
著者: Qiu, X. / Liu, R. / Ling, H. / Zhou, Y. / Ren, X. / Zhou, F. / Zhang, J. / Huang, W. / Wang, Z. / Ding, K.
履歴
登録2023年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3224
ポリマ－66,3012
非ポリマー1,0212
水97354
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 33.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6612
ポリマ－33,1501
非ポリマー5111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 33.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6612
ポリマ－33,1501
非ポリマー5111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.865, 76.997, 89.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and (resid 6 through 292 or resid 301))

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.527270595902, 0.0862666476516, 0.845306917161), (0.119146788445, -0.992510282727, 0.0269700108263), (0.841302419764, 0.0864951107503, -0.53359988223)ベクター: 26. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.527270595902, 0.0862666476516, 0.845306917161), (0.119146788445, -0.992510282727, 0.0269700108263), (0.841302419764, 0.0864951107503, -0.53359988223)
ベクター: 26.8331356375, -36.2828332354, -44.1731968598)

-
要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 33150.496 Da / 分子数: 2 / 変異: T165E,S171E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1LVT / 5-amino-2-((6-methoxy-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-7-yl)amino)-8-(2-(trifluoromethyl)benzyl)pyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one


分子量: 510.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H25F3N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M Tris, 8%(w/v)PEG 20000, pH=8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL17B / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→44.77 Å / Num. obs: 17275 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 40.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.78 Å / Num. unique obs: 1750 / CC1/2: 0.965

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NFY

6nfy


解像度: 2.65→44.77 Å / SU ML: 0.3053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.8028
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2302 1724 10 %
Rwork0.2144 15516 -
obs0.2159 17240 94.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→44.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4544 0 74 54 4672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90936395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0645701
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064798
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.75741763
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.901806539852 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.730.28931030.3002955X-RAY DIFFRACTION69.51
2.73-2.820.35371280.29511118X-RAY DIFFRACTION83.79
2.82-2.920.30881400.2771262X-RAY DIFFRACTION92.72
2.92-3.030.29811490.27611299X-RAY DIFFRACTION95.33
3.03-3.170.29581380.28061330X-RAY DIFFRACTION98.33
3.17-3.340.32051480.26961366X-RAY DIFFRACTION99.02
3.34-3.550.251570.24291354X-RAY DIFFRACTION99.34
3.55-3.820.23331540.21391362X-RAY DIFFRACTION99.28
3.82-4.210.1961500.18471344X-RAY DIFFRACTION99.67
4.21-4.810.17511550.16631364X-RAY DIFFRACTION99.54
4.81-6.060.16881460.18061376X-RAY DIFFRACTION99.48
6.06-44.770.19131560.16911386X-RAY DIFFRACTION97.66
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.7578875182 Å / Origin y: -18.0339654619 Å / Origin z: -21.8932628476 Å
111213212223313233
T0.31253406365 Å20.000892252192434 Å20.0394520235047 Å2-0.235702562463 Å20.0242232376113 Å2--0.235205598872 Å2
L0.580020429789 °2-0.409799702482 °2-0.453573641411 °2-1.2747565631 °20.525585512337 °2--0.804339411199 °2
S0.00188007854075 Å °0.0342958457936 Å °0.0297122562897 Å °-0.100177793763 Å °0.0222161963261 Å °-0.0786207447072 Å °0.0749414781311 Å °0.0303982274296 Å °-0.029486819429 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る