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万見
- PDB-8xmb: NTP-bound Pol IV transcription elongation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xmb
タイトルNTP-bound Pol IV transcription elongation complex
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase IV subunit ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit ...) x 2
  • DNA-directed RNA polymerases II and IV subunit 5A
  • Nontemplate_DNA
  • RNA
  • RNA-dependent RNA polymerase 2
  • Template_DNA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA/RNA / Transcription / elongation / Pol IV / RNA polymerase / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


stomatal complex patterning / siRNA-mediated long-distance post-transcriptional gene silencing / RNA polymerase IV complex / RNA polymerase V complex / transposable element silencing by siRNA-mediated heterochromatin formation / gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / stomatal complex development / siRNA transcription / DNA/RNA hybrid binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing ...stomatal complex patterning / siRNA-mediated long-distance post-transcriptional gene silencing / RNA polymerase IV complex / RNA polymerase V complex / transposable element silencing by siRNA-mediated heterochromatin formation / gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / stomatal complex development / siRNA transcription / DNA/RNA hybrid binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / regulation of immune response / defense response to fungus / RNA polymerase II, core complex / heterochromatin / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase IV/V subunit 1, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase IV/V subunit 1, N-terminal / Protein of unknown function (DUF3223) / RNA-dependent RNA polymerase, eukaryotic-type / RNA dependent RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon ...DNA-directed RNA polymerase IV/V subunit 1, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase IV/V subunit 1, N-terminal / Protein of unknown function (DUF3223) / RNA-dependent RNA polymerase, eukaryotic-type / RNA dependent RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerases II and IV subunit 5A / RNA-dependent RNA polymerase 2 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 3 / DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 4 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerases II and IV subunit 5A / RNA-dependent RNA polymerase 2 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 3 / DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 4 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A / DNA-directed RNA polymerase IV subunit 7 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12 / DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase IV subunit 1 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 8B
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Huang, K. / Fang, C.L. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Transcription of the Plant RNA polymerase IV is prone to backtracking
著者: Huang, K. / Fang, C.L. / Zhang, Y.
履歴
登録2023年12月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase IV subunit 1
B: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2
C: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 3
D: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 4
E: DNA-directed RNA polymerases II and IV subunit 5A
F: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A
G: DNA-directed RNA polymerase IV subunit 7
H: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 8B
I: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A
J: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10
K: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11
L: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12
M: RNA-dependent RNA polymerase 2
N: Nontemplate_DNA
O: RNA
Q: Template_DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)629,11928
ポリマ－627,95916
非ポリマー1,16012
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase IV subunit ... , 2種, 2分子 AG

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase IV subunit 1 / DNA-directed RNA polymerase D subunit 1 / AtNRPD1a / Nuclear RNA polymerase D 1a / Protein RNA- ...DNA-directed RNA polymerase D subunit 1 / AtNRPD1a / Nuclear RNA polymerase D 1a / Protein RNA-DIRECTED DNA METHYLATION DEFECTIVE 3 / Protein SILENCING DEFECTIVE 4 / Protein SILENCING MOVEMENT DEFICIENT 2 / RNA polymerase IV subunit 1a / POL IV 1a


分子量: 168101.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NRPD1, NRPD1a, RMD3, RPD1, SDE4, SMD2, At1g63020, F16M19.19, F16P17.19
発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: Q9LQ02, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase IV subunit 7


分子量: 19873.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LE42

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DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit ... , 2種, 2分子 BD

#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase D subunit 2a / AtNRPD2a / Nuclear RNA polymerase D 2a / Nuclear RNA ...DNA-directed RNA polymerase D subunit 2a / AtNRPD2a / Nuclear RNA polymerase D 2a / Nuclear RNA polymerase E 2 / Protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 2 / Protein DEFECTIVE IN RNA-DIRECTED DNA METHYLATION 2 / RNA polymerase IV subunit 2a / POL IV 2a


分子量: 132848.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LK40, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 4 / Protein RNA-DIRECTED DNA METHYLATION 2 / RNA polymerase II / Rpb4 / core protein


分子量: 22447.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q6DBA5

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DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit ... , 7種, 7分子 CFHIJKL

#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 3 / DNA-directed RNA polymerase II 36 kDa polypeptide A / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3-A ...DNA-directed RNA polymerase II 36 kDa polypeptide A / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3-A / RNA polymerase II subunit 3-A / RNA polymerase II subunit B3-A


分子量: 35503.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q39211
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A / RNA polymerase Rpb6


分子量: 16670.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FJ98
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 8B / RNA polymerase Rpb8


分子量: 16626.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M1A8
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A


分子量: 13297.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q6NLH0
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10 / DNA-directed RNA Polymerase II subunit L


分子量: 8323.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LFJ6
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11 / DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit J / ...DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit J / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / RNA polymerase II subunit B11


分子量: 13582.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q38859
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12 / DNA-directed RNA Polymerase II subunit K


分子量: 5905.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FLM8

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タンパク質 , 2種, 2分子 EM

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II and IV subunit 5A / RPB5a / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RNA polymerase I / II and III 24.3 kDa subunit / AtRPB24.3


分子量: 24340.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O81098
#13: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase 2 / AtRDRP2 / Protein SILENCING MOVEMENT DEFICIENT 1 / RNA-directed RNA polymerase 2


分子量: 129494.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O82504, RNA-directed RNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 NQ

#14: DNA鎖 Nontemplate_DNA


分子量: 6211.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖 Template_DNA


分子量: 9938.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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RNA鎖 , 1種, 1分子 O

#15: RNA鎖 RNA


分子量: 4794.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 12分子

#17: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#18: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#19: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NTP-bound Pol IV transcription elongation complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.65 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 89938 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00136069
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3849140
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.24912920
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0385710
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0036094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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