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- PDB-8xlp: Structure of inactive Photosystem II associated with CAC antenna ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xlp
タイトルStructure of inactive Photosystem II associated with CAC antenna from Rhodomonas Salina
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 14
  • CAC1
  • CAC2
  • CAC3
  • CAC4
  • CAC5
  • CAC6
  • NCP
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem II associated with CAC antenna from Rhodomonas Salina
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthesis / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL ...Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-IHT / Chem-II0 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE ...BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-IHT / Chem-II0 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / : / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / : / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodomonas salina (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Si, L. / Li, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the distinct core-antenna assembly of cryptophyte photosystem II.
著者: Long Si / Shumeng Zhang / Xiaodong Su / Mei Li /
要旨: Photosystem II (PSII) catalyzes the light-driven charge separation and water oxidation reactions of photosynthesis. Eukaryotic PSII core is usually associated with membrane-embedded light-harvesting ...Photosystem II (PSII) catalyzes the light-driven charge separation and water oxidation reactions of photosynthesis. Eukaryotic PSII core is usually associated with membrane-embedded light-harvesting antennae, which greatly increase the absorbance cross-section of the core. The peripheral antennae in different phototrophs vary considerably in protein composition and arrangement. Photosynthetic cryptophytes possess chlorophyll a/c binding proteins (CACs) that serve as their antennae. How these CACs assemble with the PSII core remains unclear. Here, we report the 2.57-Å resolution structure of cryptophyte PSII-CAC purified from cells at nitrogen-limited stationary growth phase. We show that each monomer of the PSII homodimer contains a core complex, six chlorophyll a/c binding proteins (CACs) and a previously unseen chlorophyll-binding protein (termed CAL-II). Six CACs are arranged as a double-layered arc-shaped non-parallel belt, and two such belts attach to the dimeric core from opposite sides. The CAL-II simultaneously interacts with a number of core subunits and five CACs. The distinct organization of CACs and the presence of CAL-II may play a critical role in stabilizing the dimeric PSII-CAC complex under stress conditions. Our study provides mechanistic insights into the assembly and function of the PSII-CAC complex as well as the possible adaptation of cryptophytes in response to environmental stresses.
履歴
登録2023年12月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II protein M
t: Photosystem II reaction center protein T
w: Photosystem II protein W
x: Photosystem II reaction center X protein
y: Photosystem II reaction center protein Psb30
z: Photosystem II reaction center protein Z
g: NCP
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II protein M
T: Photosystem II reaction center protein T
W: Photosystem II protein W
X: Photosystem II reaction center X protein
Y: Photosystem II reaction center protein Psb30
Z: Photosystem II reaction center protein Z
2: CAC2
3: CAC3
4: CAC4
5: CAC5
6: CAC6
G: NCP
1: CAC1
O: CAC2
P: CAC3
Q: CAC4
R: CAC5
S: CAC6
N: CAC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,134,952416
ポリマ－855,53246
非ポリマー279,420370
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
Photosystem II ... , 14種, 28分子 aAbBcCdDhHiIkKlLmMtTwWxXyYzZ

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 36342.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVT2, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56331.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MW31
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 53609.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVR2
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39220.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVR3, photosystem II
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7429.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MW35
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 4390.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVW0
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 5025.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVZ3
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4363.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVV3
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II protein M


分子量: 4300.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3708.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MW32
#13: タンパク質 Photosystem II protein W


分子量: 7864.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein


分子量: 4192.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVU5
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3662.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVU9
#16: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6656.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVZ2

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 eEfF

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9503.720 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVV5
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4860.847 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVV4

-
タンパク質 , 7種, 14分子 gG2O3P4Q5R6S1N

#17: タンパク質 NCP


分子量: 30760.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#18: タンパク質 CAC2


分子量: 23912.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#19: タンパク質 CAC3


分子量: 23723.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#20: タンパク質 CAC4


分子量: 23111.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#21: タンパク質 CAC5


分子量: 24738.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#22: タンパク質 CAC6


分子量: 24792.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#23: タンパク質 CAC1


分子量: 25265.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)

-
糖 , 1種, 4分子

#35: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 16種, 368分子

#24: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#25: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#26: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#27: 化合物...
ChemComp-WVN / 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1R)-2,6,6-trimethylcyclohex-2-en-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohexene / ALPHA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#28: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#29: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#30: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#31: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#32: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#33: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#34: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#36: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#37: 化合物...
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5
#38: 化合物...
ChemComp-II0 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Alloxanthin / アロキサンチン


分子量: 564.840 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2
#39: 化合物
ChemComp-IHT / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Allobetaxanthin / 7,8-ジデヒドロ-β-クリプトキサンチン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C40H54O
#40: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding protein
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#23 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112613 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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